針對上述部門預算執行中存在的問題，結合其原因分析，力求從根本上解決問題，探索建立長效機制，我們建議:
清理結余，不遺余力清理“兩類賬戶”結余資金，夯實部門預算編制前提。以財政部門為牽頭，配合各部門做好“兩類賬戶”結余資金清理確認工作。結余資金是編制部門預算的前提條件之壹，不僅可以節省財政資金的使用，充分發揮閑置資金的使用效率，還可以增強預算約束力，防止部門隨意使用結余資金。“兩類賬戶”結余資金；第壹，凈資產賬戶中的業務資金余額、業務結余、專項資金和專項資金，所有沒有法律法規依據的特殊用途資金，以及所有沒有特定項目或經批準的可行性的項目資金都應作為部門明年的資金；第二，屬於部門預算收支性質的經常項目結余資金必須清理和取消，結余資金必須納入部門預算的以前年度結余。
摸清家底，全面徹底登記各預算單位國有資產情況，確保部門預算收入完整。針對國有資產收益和國有資產處置收益存在的問題，國有資產管理部門要根據《行政事業單位國有資產管理辦法》《行政事業單位國有資產管理實施辦法》等法律法規，結合我市管理現狀，拿出具體辦法，特別是要明確各預算單位對國有資產收益和國有資產處置收益的管理職責。比如對外投資，可以形成收益的固定資產。建立健全資產管理制度和資產管理信息系統，動態管理各預算單位資產，強化國有資產管理長效機制。各預算單位要進壹步強化資產和資金同等重要的意識，重視和加強資產管理。尤其是外國投資，絕不能壹下子拋棄。
嚴明紀律，切實履行組織管理財力職能，杜絕收費過程中的隨意性。針對目前壹些專項收入在征收管理中存在的問題，特別是少數單位直接將收入從征收收入中扣除的做法，嚴重違反了“收支兩條線”原則，不僅違反了專項資金使用規定，也降低了部門預算收支規模。所有預算單位必須依法征收並按時足額繳納。要把專項收入征收管理作為當前我市財源系統財政工作的重點任務，進壹步提高征收率和入庫率。
強化預算編制，嚴格按照預算安排和使用各項支出，增強預算約束力。財政部門應充分利用政府采購、集中支付、賬戶控制等系統。在預算審批、審計和資金撥付等方面嚴格按照預算安排各項支出，防止預算單位有預算支出或無預算支出而有超收資金。對於部分預算單位住房公積金問題，建議財政部門組織對所有預算單位住房公積金情況進行全面清查，統壹計提依據和比例。各預算單位要加強對人員經費標準和範圍的控制，加強公款管理特別是業務招待費的控制，強化遵守財經紀律的意識和增強法制觀念，進壹步提高遵紀守法的意識和遵守財經紀律的自覺性；為項目支出做壹個可靠的預算，並細化項目。區分項目類型，嚴格控制支出項目資金的編制，避免財政資金在使用過程中的損失和浪費，同時完善項目資金管理責任制，硬化預算約束，特別是加強專項資金管理。
分類處理，及時清理流動資金，堵塞部門預算管理漏洞。嚴格來說，行政事業單位的流動資金也是國有資產，占用了大量財政資金；同時，多年的審計結果也反映出，這些流動資金中仍含有壹定的結余資金，這已成為該部門違反規定的“窩點”。如果不及時清理這些資金，就會形成損失，而且資金清理得越晚，損失越大。鑒於流動資金量大、形成時間長、原因復雜、清理難度大，我們的基本思路是:將流動資金按照清理難度分類，容易清理和經過努力可以清理的，爭取分部門清理，對確實難以清理的金融不良資產，借鑒國家管理辦法。如果由部門進行清理，則應明確各部門和單位的責任。如果他們不清楚，他們將是積極的。同時，我們也應該給予該部門清理的積極性，因為它既耗費精力又耗費成本，而且它應該得到良好清理結果的補償。對於壹時確實難以清理的交易，要借鑒國家對金融不良資產的管理辦法。行政事業單位流動資金清理工作由整個國有資產清理管理部門全面負責。