1、引爆摩天大樓
某天，柯南在整理信件時，發現了壹封寄給自己的信，原來是有名的建築師－－森谷帝二邀請新壹去參加他舉辦的茶會。沒辦法以新壹身份去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另壹個條件，要新壹和她在5月3日晚上十點壹起去看電影。原來5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把這件事給忘了。在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新壹約會的事。
到了5月3日當天下午，小蘭便出門了。柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同壹人之手；而後這個犯人打電話給新壹，聲稱手裏有炸彈，要新壹馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。柯南用滑板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩壹架來由不明的轟炸機。雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。 這時罪犯又來電話，說3點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。柯南來到車站，發現原來炸彈是放在壹個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，在倒數16秒這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走壹會兒就又開始跳動。柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸了，他也受了傷，進了醫院。
在醫院裏大家懷疑是新壹的仇家幹的，新壹曾破的最有影響的案子是前西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下臺，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公裏，或太陽下山了，那麽就會爆炸，提示是炸彈在“XX之X”，而偵探團的孩子也在車上。柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之間”，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。 白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。
看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市政廳中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點！
2、第十四個目標
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，就在第二天，小蘭的母親—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務所裏，緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷，每壹個兇案現場都分別留下了有關黑桃撲克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麽？難道是死亡……
根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮補。偵訊中，村上丈借口內急而挾持了來找小五郎的妃英理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過妃英理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大，她從此對父親失去了信心。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了……
怪異的連續襲擊事件是按照著撲克牌的順序進行的，這壹次出現的牌面是黑桃十。遭到犯人狙擊的是小五郎打高爾夫的球友辻弘樹。柯南等搭乘辻弘樹所駕駛的直升機，弘樹駕駛前必要點的眼藥水被人給掉包了，眼睛遇太陽刺眼得張不開，失去了視力，所幸柯南因駕駛過模型飛行而能安全降落，逃過了壹劫而黑桃十出現在辻弘樹家中。兇手的殺機籠罩著所有和小五郎有關的眾人……
為了名字裏有九的旭勝義，大家隨澤木公平來到了著名的海上娛樂中心樂樂廣場。柯南發現了現場的人們名字中都含有「數字」。難道犯人把所有的獵物都壹網打盡嗎？在海底餐廳裏，他們並沒有發現嫌犯--村上丈的蹤影，卻發現了主人旭勝義留下的紙條（其實是兇手留的）。在酒室中澤木公平遭襲。當大家回到餐廳時，卻發現了實業家旭勝義的屍體。
被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特兒小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有壹張黑桃七的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀的餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指正兇手時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上挾持妃英理做人質壹樣…… 其實在這部片子裏面，小蘭正是題目中所說的第十四個目標……
3、世紀末的魔術師
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，看還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。木暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。
到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀 也壹同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在壹個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。
但專門狙擊人右眼的神秘殺手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南(新壹)的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，“新壹”出現了……
4、瞳孔中的暗殺者
很有懸念的壹部。劇中小蘭身處案發現場，由於種種原因而失憶了。但是因為連續殺人犯在開槍時，被小蘭看到了他的模樣，而小蘭即遭到了隨時被狙擊的命運！同時這件殺人案又有可能牽連警察內部，平時值得信任的刑警也被當作了嫌犯。為了喚起小蘭的記憶最好的方法就是讓他見到新壹，但是……柯南又要如何化解這次的危機！究竟犯人是誰？會是普通小嘍嘍，或是為居高階級的警察官！？柯南即將面臨史上又壹次最大危機！！這次的高潮部分發生在新壹變小的那個遊樂場，這次柯南又要壹顯他特工般的滑板工夫了……
整個片子的基調還是比較陰暗的，大概因為被殺的是警察吧。經過前三部劇場版的鋪墊，終於將蘭的女主角的危險宿命發揮到頂峰！柯南壹次又壹次地保護失去自我保護能力的蘭。其中也含有《柯南》事發當日的追憶，新壹好浪漫啊！
5、通往天國的倒計時
該劇場景取材開始於永樂町的東京寶冢劇場正在興建的工地為題材.電梯的纜線斷裂的爆破場面、配電室的破壞所引發的停電、切換自己發電等等……壯觀場面為創作構想是第5彈的重點。劇場屋頂、觀眾席上方的興建工程，地下停車場…等等都是取景的所在地。 這次少年探偵団的戲份很多唷，少年偵探隊的大活躍呢!黑暗組織也隆重登場，當然啦，反派就是黑暗組織。請大家拭目以待 。
青山老師將會在原作配合第五彈電影劇情，再次讓黑暗組織出場，再讓電影劇情銜接。這是繼青山老師在漫畫中讓KID下戰帖，幫忙為「世紀末的魔術師」下伏筆之後，第二次幫電影銜接劇情。
終於那些家夥全員出動，看不見出口的殺人遊戲，現在，終於開始…… 危險的陷阱讓時間陷入停止。 那些黑衣人的背後擁有兇惡的陰謀，這些家夥目的到底為何 以地面上300公尺的摩天大樓為死亡舞臺，魔鬼般的手正在暗處悄悄伸向柯南！……
該劇的主題曲也是壹大看點，及其好聽的always!
6、貝克街的亡靈
東京·米花市·米花市政大樓，這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲……
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
本劇中，小蘭與灰原都有為柯南犧牲的表現！！！！！！！！！
7、迷宮的十字路口
這是壹部情節較為錯中復雜劇，其中平次的初戀情人是最大看點哦……還有該劇的主題曲time after time可以算是13部劇場版主題曲中最好聽的了，強烈推薦……
在東京有個“西國立市”神社，那裏有三名可疑男子在密談。突然有個戴著老翁面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此事件同時，大阪，京都也相繼發生了殺人事件。
根據搜查的結果，警視廳發布，被殺的5人都是往返東京?大阪?京都三大城市盜竊著名佛像和美術品的盜竊集團成員。他們似乎是以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。是對盜竊集團懷恨之人所為嗎？還是內部分裂而殺人呢？警視廳對犯罪動機也沒有掌握有力的線索…… 壹方面，小五郎帶著柯南，蘭，園子到訪京都。在由緒的寺院——山王寺的住持告訴他們，8年前國寶級的佛像被盜走了，委托他們解讀可以判斷佛像藏匿地點的迷樣的畫像。
柯南從佛像被盜的事情懷疑是盜竊集團所為，事件開始向破解的方向進展。但很快，在他到達義經?弁慶的傳說流傳的make by whyarmy歷史遺跡——最著名的京都五條大橋開始追尋時，有個手持竹刀的男人突然來襲！ 在京都的五條大橋上，高個男子弁慶揮起長刺刀，牛若丸刀直劈而下！在欄桿上瞬間閃過的柯南驚奇的看到那個男子！那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探-服部平次。平次是知道柯南的真實身份就是工藤新壹的少數幾人之壹。他也是為了追尋在大阪發生的盜竊集團成員被殺事件的真相到了京都。總是在較勁的柯南與平次這次為了查出事件的真相而戮力合作。
但是，兩人身邊有個戴著老翁面具的黑影男人！ 在綿密交織的京都十字路口上，隱藏於歷史暗影中的謎團與陷阱向柯南等人襲來！棘手案件與敏銳推理，友情與戀愛……還有全明星隊伍的聲優陣容！而且柯南的身體終於……？！
8、銀翼的魔術師
壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，小蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！
當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起。這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟夫王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
9、水平線上的陰謀
除了故事本身的不同，第九部劇場版的制作相當出彩，由於故事的場景設定在壹艘豪華遊輪上，這就為畫面的表現提供了很大的發揮空間，制作以後的效果也確實配得上這樣的背景，甚至影片上映前就有宣傳拿“泰坦尼克號”來相比了，雖說有些誇大，但未嘗不是壹個方面。實際比較柯南歷次劇場版以後，可以發現本片的場面還算是比較的恢宏奪目，理應屬於九部劇場版之中的上乘之制作。可以說這是壹部仿效好萊塢電影豪華場面的動畫片，特別是結尾驚心動魄的場景設置，聲畫視聽完全是壹幅動作片的手法，那麽不僅僅只局限於柯南迷們，所有喜歡動畫片的觀眾，似乎都適合看壹看這部電影。當然，對於柯南迷們而言，本片應該沒有讓他們失望，但是也沒有什麽新鮮的味道，只是華麗場面的增加而已。PS：毛利小五郎這次可是有勇有謀、文武雙全。
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。
時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。
鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿弗蘿蒂特號上，這是根據希臘神話中愛與美的女神阿弗蘿蒂特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
10、偵探們的鎮魂歌
接受謎樣男子的委托，小五郎和柯南壹行人前往橫濱。但是，卻中了那名男子的圈套，蘭和少年偵探團被扣為人質。男子限時12小時。該期間內若不能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新壹！
“關西的高中生偵探”服部平次、怪盜KID以及（基德扮的）白馬探也會登場！！
時間壹分壹秒的流逝。看四人的智慧較量與夥伴間的團結合作能否解開事件的關鍵、在規定時間內平安解救出蘭等人？謎壹般的委托人，黑影的真正身份是……
這壹部是本人看的第壹部，也是最驚心動魄的壹部，推薦……
11、深藍色的海盜旗
在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolly Roger”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
12、戰栗的樂譜
這是本人最喜愛的壹部，尤其是劇中華麗的管風琴，尤為震撼，強烈推薦……
戦栗の楽譜近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。
而在音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲,飄流在河流中,蘭等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了準確的音調,順利向警察求助,柯南等人在音樂會場外心急如焚,音樂會場內的所有人卻因為音樂館的隔音效果不知道任何危險的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最後，進入了音樂會場的柯南找出了兇手，柯南和會場內的所有人命懸壹線。千鈞壹發之際，灰原用元太的豎笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是阻擊（shoot)，佐藤從另壹個地方開槍，兇手手中的遙控器掉落,被高木抓獲。調音師說出了殺人的理由，和鋼琴家解除了誤會。
等小蘭他們要走時，發現柯南不見了。噴泉處傳來壹陣小提琴的聲音，小蘭聽出是新壹在演奏，便追了過去。結果卻看到柯南拿著小提琴，說新壹已經走了。故事在美麗的樂曲與月光下的蘭和柯南中結束。
13、漆黑的追跡者
該劇在大陸應該還未上映，大約會在10月份左右才會上映。
劇場版搬出了久違的[黑暗組織]，上壹次出現是第5部《天國的倒計時》。今次的故事劇情主要講述以東京為中心，發生了6件大範圍的連續殺人事件。並且每個死者臨死前都說了壹句：“七夕，節日……”隨後就死去。除了目暮警官、其他各縣的刑警們，還有小五郎都參加了搜查會議。在機緣巧合之下，柯南偶然發現從會議場溜出的壹位刑警乘上了壹輛跑車。柯南瞬間愕然，“那輛車…。難道，是琴酒的!!”這毫無疑問是[黑暗組織]中的壹人喬裝打扮進入會議場地，然後乘坐琴的跑車逃走。連續殺人事件的兇手毫無疑問是[黑暗組織]的人。故事在此刻壹觸即發!如果工藤新壹還活著的事被琴知道了，不僅是新壹，和他有關聯的柯南和其朋友們也會被抹殺掉。知道事情的極度嚴重性後，柯南開始了單獨搜查。
14、迷霧中的狙擊手
傳說中的第14不劇場版，具體情況還未知