加強事業單位財務管理內部控制的基礎與前提，主要是完善財務管理制度，只有進壹步完善財務管理制度，才能夠保證事業單位財務管理活動的開展有制度可遵循。財務管理制度的建設貫穿於事業單位的整個管理過程，為了強化內部控制，應當確保財務監督、財務公開、財務預算、財務計劃、審批權限以及先進管理等壹系列財務管理活動均有相應的制度進行規範;同時，事業單位還要根據自身的實際狀況，結合國家財政財經法規制度，建立壹個合理、完善的財務管理體系，將具體的責任落實到位，對責任進行細化，做到早發現、早解決，以此強化財務管理內部控制。除此之外，事業單位在內部應當建立壹個科學合理的支出約束機制，按照規章制度辦事，重視各個部門在資金成本方面應用效益的提升。
（二）建立壹個完善的財務管理內部控制制度
經費管理是事業單位財務管理工作中非常主要的壹個環節，事業單位財務管理人員應當充分重視經費開支的合理控制，建立壹個完善的內部控制制度，對財務管理起到約束作用。事業單位財務管理內部控制制度的建立，主要包括以下幾個方面：
（1）建立票證、貨幣資金管理制度。安排專人保管現金，每日將現金賬結清，每月進行壹次結算，保證資金與賬目相互符合，確保現金余額處於庫存限額內;同時，還要安排專人對轉賬支票與現金支票進行保管，嚴格審查原始憑證。
（2）合理控制會計系統，實行會計制度。根據會計系統控制要求，對會計工作進行相應的設計，明確每壹位在崗人員具備的職責，在此基礎上形成壹個制衡機制。
（3）對崗位進行分工控制，合理分離不同的職務，只有對不同的職務進行合理的分離管理，才能夠保證事業單位內部管理中的有序性，提高事業單位財務管理內部控制的整體水平。
（4）充分重視事業單位內部審計工作的開展，建立壹個完善的事業單位內部審計工作制度;同時，內部審計部門應當對內部控制制度監督進行合理的評價，在此基礎上找尋內部控制中發生的壹些問題，提出合理的改進策略。
（三）重視外部審計、財政檢查以及內部控制
強化事業單位財務管理內部控制，首先應當對專門的內部財務管理機構進行設立，切實履行財務管理工作中的義務與職責，還要有機結合財政檢查外部設計與內部控制，以此更加全面的管理事業單位財務，將審計、監察的作用充分發揮出來，對財務管理程序進行嚴格的規範，明確財務管理的必要性。