新農合制度較好的完成了政策目標，基本實現了農村地區全覆蓋，切實緩解了農民因病致貧、因病返貧問題，減輕了農民因疾病帶來的經濟負擔，給農民帶來了實實在在的好處，促進了農村基層衛生條件的改善和服務質量的提高，同時也為加快建設覆蓋城鄉居民的多層次醫療保障體系奠定了基礎。新農合基金的管理使用總體情況也是好的，但也存在少量違紀違規問題，主要表現在：壹是個別縣市政府有關部門擠占挪用新農合基金用於發放企業職工基本養老保險金等；二是少數縣市新農合經辦機構審核把關不嚴擅自擴大補償範圍和提高補償標準；三是部分鄉鎮衛生院利用虛假病歷獲取新農合補償。另外，審計調查也發現在新農合政策執行和管理方面仍存在壹些需要研究解決的問題，如基本藥物制度中的藥品采購有待進壹步規範、新農合制度的保障水平有待進壹步提高、信息化建設有待進壹步加強等。對審計調查發現的問題，我們已依法出具了審計調查報告，各地進行了積極整改，相關部門也在積極研究完善制度。
這些問題的出現，從根本上講，壹是個別地方政府相關部門和經辦機構執行財經紀律意識不強；二是少數經辦機構日常工作管理薄弱，職責履行不到位，對補償報銷審核把關不嚴；三是鄉鎮衛生院同時履行醫療機構和經辦機構雙重職能，未實現管辦分離，醫療服務行為缺乏有效監督和責任追究，醫患之間缺少必要的制約機制。
針對上述情況，我們建議各級地方政府應加強基層經辦機構工作能力建設，強化定點醫療機構監管，完善基金監管機制和內部控制制度，提高新農合基金監管質量；建立科學合理的基層醫療機構考核激勵制度，探索建立責任追究和醫患制約機制，規範基層醫療機構的醫療服務行為。