專職財政監督機構分為財政部監督檢查局、財政部駐地各地財政監察專員辦事處和地方專職財政監督機構的職責。
1、財政部監督檢查局的職責。制訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策的執行情況；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；依法查處重點違反財經紀律案件；管理財政部駐各地財政監察專員辦事處業務工作；監督檢查部內各單位執行財政法規、政策、制度和預算的情況；監督財政部所屬單位財務收支管理。
2．財政部駐地各地財政監察專員辦事處的職責。監督檢查有關部門和單位執行國家財稅政策、法規的情況；反映中央財政收支管理中的重大問題；提出加強中央財政管理的相關建議。實施中央財政收入監管，查處應征不征、越權減免、違規退付或調整中央預算收入等問題；開展中央預算收入對賬、分析工作；征收、監繳中央財政非稅性預算收入；辦理收入退庫事項的審查審批。實施中央財政支出監管。辦理國庫管理制度改革中有關試點資金的支付審核、中央財政直接撥付資金的支付審核、有關單位申請中央財政專項補貼（補助資金）的事前審核等事項；監督檢查中央財政支出資金的管理使用情況；開展中央駐京二級以下預算單位銀行賬戶監管和財務監管工作。監督檢查駐地二級以下預算單位及有關企業的會計信息質量。監督檢查有關會計師事務所及其註冊會計師的執業質量。監督檢查駐地中央級金融單位國有資產管理及會計核算等情況。
3．地方專職財政監督機構的職責。代表本級財政部門監督檢查本級和下級政府所屬的各個部門、各個單位的預算執行情況，並且對發現的違法違紀行為提出處理意見；監督檢查本級和下級政府所屬的各個部門、社會團體、企事業單位的財務收支，以及執行財稅法規、政策和財務以及會計制度的情況，並且對其違反財經法紀法規的行為和案件進行處理；檢查社會經濟中介機構執行財稅法規、政策和財務及會計制度的情況，及其貫徹社會監督公開性、合法性、公正性原則的情況，並且對其違法違紀行為進行處理；受理違反財稅法規、政策和財務以及會計制度的舉報事宜，辦理對堅持執行財經紀律人員進行打擊報復的重點案件；研究確定財政監督檢查的工作規劃與強化財政監督檢查的措施，提出改進和完善財稅法規、政策和財務以及會計制度的意見或建議；對本級政府的各項資產進行監督；根據授權辦理其他有關監督檢查的事項；配合有關部門開展財政法制的宣傳教育等。
財政部門業務管理機構包括預算管理機構、會計管理機構和國庫管理機構。
財政部門業務管理機構承擔的監督職責主要有：對財政部門頒布的財稅法令、政策和財務會計制度的執行情況進行監督；對本級政府各部門及下壹級政府預算、決算草案的真實性、準確性、合法性進行審查稽核，並根據政府授權對下級政府預算執行情況進行監督；對本級政府各部門及其所屬各單位的預算執行情況進行監督；對本級預算收入征收部門的收入征收情況和本級國庫辦理預算收入的收納、劃分、留解情況進行監督；對本級預算支出資金的撥付、使用和效益情況進行監督；對社會審計機構在執業活動中的公正性、合法性進行監督；對預算單位銀行賬戶開立使用情況進行監督；對會計管理情況進行監督，等等。