廈門大學和廈門集美大學是獨立的學校。
廈門大學是985工程院校，全國重點大學。集美大學是省屬學校。
廈門大學是教育部直屬的全國重點大學，由教育部、福建省和廈門市共建。是國家“211工程”和“985工程”重點建設高校，是國家“20165438計劃”重點建設高校。入選“111計劃”、“珠峰計劃”、“卓越工程師教育培養計劃”、“卓越博士教育培養計劃”和國家公辦研究生計劃建設高水平大學，是全國31初級中學。學校由著名愛國僑領陳嘉庚先生創建於1921。是中國近代教育史上第壹所由華僑創辦的大學。
廈門大學重點學科和優勢專業:
1，壹級學科，國家重點學科(5個)
理論經濟學、應用經濟學、化學、海洋科學、工商管理。
2、二級學科國家重點學科(不含壹級學科覆蓋面)(9個):
國際法、高等教育、專業史、基礎數學、凝聚態物理、動物學、水生生物學、細胞生物學、環境科學。
3.福建省重點特色學科(17)
理論經濟學、應用經濟學、法學、教育學、中國語言文學、中國歷史、物理學、生態學、統計學、儀器科學與技術、材料科學與工程、化學工程與技術、環境科學與工程、基礎醫學、管理科學與工程、工商管理與公共管理。
4、福建省重點學科(46個)
哲學、理論經濟學、應用經濟學、法學、政治學、社會學、民族學、教育學、中國語言文學、外國語言文學、新聞傳播學、考古學、中國史、世界史、數學、物理、化學、海洋科學、生物學、生態學、統計學、機械工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、電子科學與技術、信息與通信工程。建築學、土木工程、化學工程與工藝、航天科學與技術、環境科學與工程、生物醫學工程、軟件工程、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、管理科學與工程、工商管理、公共管理、音樂舞蹈、戲劇影視、美術與設計。
5、國家級專業(17):
會計，
金融，
行政管理，
經濟學，
金融，
物理，
英語，
法律，
歷史，
海洋科學，
化學，
生物科學，
統計數據，
數學和應用數學，
材料科學與工程，
國際經濟與貿易，
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3.集美大學，福建省重點大學，是交通運輸部與福建省、國家海洋局與福建省、福建省與廈門市共建的高校，具有博士學位授予權。
1918、集美師範學校由著名愛國僑領陳嘉庚先生創辦，1994、集美大學是在原集美航海學院、廈門水產學院、福建體育學院、集美財經學院、集美師範學院的基礎上組建而成。
2008年，學校以“優秀”的成績通過了教育部本科教學水平評估。集美大學在長期的辦學實踐中形成了航海、水產等海洋導向學科的特色和優勢，是我國培養高級航海人才的重要基地。航海教育在國內外影響較大，水產在國內有壹定優勢和影響力。
集美大學重點學科和優勢專業:
1，福建省特色重點學科(2個):
水產品、船舶和海洋工程
2、福建省重點學科(8個):
水產、食品科學與工程、船舶與海洋工程、交通運輸工程、體育、數學、應用經濟學、中國語言文學。
3、國家級特色專業(4個):
海洋工程、金融、航海技術、水產養殖
4、省級專業(10):
水產養殖、食品科學與工程、海洋工程、金融、法律、航海技術、計算機科學與技術、會計學、民族傳統體育、熱能與動力工程。
5、國家本科專業綜合改革試點項目(1):
航海技術
6、省級專業綜合改革試點(11):
水產養殖、航海技術、食品科學與工程、機械設計制造及其自動化、海洋工程、初等教育、通信工程、船舶與海洋工程、熱能與動力工程、計算機科學與技術、光信息科學與技術。