第壹，預算編制的分類依據不同。財政預算是將預算按照支出財政進行分類，單獨核算，最後匯總形成按照支出財政單獨列示的總體預算。部門預算是將預算按部門或單位分解，部門或單位將財政分類的資金全部納入部門預算。財務部門審核匯總各部門預算後，形成按部門列示的部門預算，並在此基礎上形成按財務列示的財務總預算。
第二，預算的範圍不同。財政預算的編制範圍僅限於財政預算中的資金預算，不涵蓋資金預算、預算外資金預算和部門依據國家法律組織的其他預算。部門預算的編制範圍涵蓋預算部門的全部收支，既包括壹般收支預算，也包括預算外資金收支和其他資金收支。
第三，預算管理的方式不同。財政預算是指壹個部門的不同財政資金分別由財政和各部門的不同機構管理。在財務部門，壹個機構管理幾個部門性質相同的資金，同壹部門不同的財務預算分別由不同的主管機構審批。部門預算是指壹個部門的不同財政資金在財政和部門都由同壹機構管理，而在財政上，壹個機構管理壹個部門的所有資金，同壹部門所有資金的所有預算都由壹個機構審核批準。
第四，預算的編制方式不同。財政預算編制的流程是自上而下的，即財政部門首先根據政府目標的需要，確定總體財政收支規模和支出構成，將財政分類的預算控制指標分解到部門，主管部門代表基層單位編制預算，層層分解。部門預算編制的流程是自下而上的，即從基層開始編制，逐級審核匯總，最後由財政部門審核匯總，形成整體財政預算。
第五，預算的詳細分類不同。預算是根據財務細化預算。部門預算以部門為單位，將部門內的資金按財政、預算科目細分到具體支出項目。