“雲南省瑞麗市HIV感染流行因素及艾滋病傳播特征研究”獲衛生部科技進步二等獎。公司作為第壹作者在國際公開雜誌發表論文26篇，在國內公開雜誌發表論文近20篇。
“全國艾滋病分子流行病學調查”獲衛生部科技進步三等獎。
作品:吳尊友主編《艾滋病流行與控制》作為第壹作者在國外公開雜誌發表論文14篇，在國內雜誌發表論文39篇，在第13屆國際艾滋病大會上發表口頭交流論文2篇，書面交流論文摘要5篇。
在2000-2001年翻譯並發表了HIV和AIDS的發病機理以及HIV感染的醫學治療。
主要由臨床病毒學實驗室完成的抗艾滋病藥物治療、護理和培訓指南已經出版。作為第壹作者單位全年發表論文52篇。
獎項和專利申請:
“SARS病毒核酸擴增（HIV）熒光檢測試劑盒”獲得新藥證書。
“跨膜型和分泌型HIV Gag抗原編碼基因及含有它們的艾滋病疫苗”獲得13項專利公開。作為第壹作者全年發表中文論文90篇，英文論文37篇，《科學》雜誌2篇，《艾滋病》雜誌2篇。
“中國HIV毒株遺傳變異和流行特征研究”項目通過中華醫學獎評審，獲壹等獎。“中國HIV主要毒株的遺傳變異和流行特征研究及數據庫建立”獲國家科技進步獎二等獎，“HIV感染診斷的替代檢測策略”獲中國預防醫學科學技術獎三等獎。
全年以第壹作者身份發表中文科技論文88篇，英文科技論文48篇，其中1篇發表在《柳葉刀》上。中國特刊第1期首次在具有國際影響力的英文雜誌《AIDS》上發表。該中心已發表第壹作者論文135篇，其中英文論文72篇，SCI論文69篇（N Engl J Med 1，PLoS Medicine 1；clin infect Dis AIDS 1）；參與或主編專著3部；獲得專利。