1.會計管理制度不健全。行政事業單位會計管理制度的修訂普遍不完善和不及時，與新的財經法規和制度銜接不好，與單位情況變化和制度實際執行情況不相適應。少數單位對發票、支票等重要管理制度的重要性認識不足，不按財務管理要求制定票據管理制度。大多數單位即使建立了會計管理的相關制度，也往往流於形式，造成制度化管理監督機制弱化，直接損害了會計工作的權威性。
2.原始憑證不真實。有的行政事業單位對原始憑證審核不認真，對外來原始憑證的合法性沒有按規定審核，以白條支付；報銷、領款人用圓珠筆或鉛筆簽字；支款單和支款報銷單使用混亂；借款、報銷、轉賬等憑證或沒有領導人簽字、沒有報銷人簽字或沒有審核人簽字；大量的報銷單據後不附相應的明細清單，這就使得原始單據的真實性大打折扣。
3.財務報告數據失真。有的行政事業單位為了達到壹定的目的，隨意編制財務報告，成為名副其實的“編表”，造成賬表不符；有的單位財務會計報告中雖然有報表但沒有文字說明和財務分析，影響了會計報表閱讀者的正確理解。甚至有壹些單位為了掩蓋真實的財務狀況和經營成果，任意偽造、變造虛假的會計憑證、會計賬簿、會計報表，有的單位往往有對內對外幾套賬，這種情況下提供的財務信息是不能真實地反映單位的財務狀況的。
4.會計檔案不全。會計檔案歸檔不及時、不規範；有的會計檔案誰用誰拿，沒有借閱手續；會計資料未定期立卷、歸檔，或歸檔資料不全，使壹些會計信息資源不能***享，從而影響有關部門的工作效率；特別是壹些涉及到重大業務的政策文件沒納入會計檔案之中，壹旦和執法部門發生政策爭議，無法查找政策依據等。有的單位甚至連本單位的目標考核方面的各種指標文件也沒納人會計檔案之中，只單純把會計憑證、會計賬簿、會計報表認為是會計檔案，壹旦發生爭議，就無法查找依據。
5.貨幣資金管理有漏洞。在實際工作中，有些行政事業單位對出納工作監督不到位，很少對庫存現金進行盤點。大額開支使用現金支付，白條抵庫、公款私存現象在部分單位仍然存在。
6.固定資產管理不規範。壹些行政事業單位對固定資產的存量及流量管理不嚴，普遍存在“重購建、輕管理”的現象，固定資產的使用、維護、處置、出租、出借以及調撥、報廢等方面管理不規範，資產使用效率低下，並造成了國有資產的流失。
（二）行政事業單位財務管理內部控制中存在的問題
1.內部管理制度不夠完善。部分單位內部未設專門的財務管理機構，內部審核監督僅由壹人或多人專職或兼職代理。部分單位內部未實行統壹的財務管理。
2.會計崗位設置和人員配置不夠合理。有的行政事業單位不按規定設置專職會計人員，或使用無會計從業資格的人員，缺少會計專業技術知識。還有的單位業務交叉過雜，人員兼職過多，職責不明確，會計出納由壹人兼任，既管錢又管賬。還有的個別單位為了方便，全部銀行存款印鑒由會計或出納壹人保管。
3.會計事前、事中、事後審核監督流於形式。有相當壹部分單位未設內審機構，已建立內審機構的不能發揮應有的作用。但更多的還是有章不循，將已訂立的制度“印在紙上，掛在墻上”，以應付有關部門的檢查審計，內部監督執行大打折扣。
4.違反“收支兩條線”的財務管理規定。有的行政事業單位的行政事業性收費不按規定及時足額繳入財政專戶，存在“坐收坐支”現象，或者違反專款專用規定，私自改變款項用途。
5.財產管理賬、卡、物“三不符”。個別行政事業單位存在人為操作現象，以賬代物，即便有盤盈、盤虧、報廢也未按規定報批財政局進行財務處理，造成盈虧不實。有的單位對不屬於固定資產管理的低值易耗品管理幾乎是放任自流，從而造成財產流失。