根據法律規定，農村房屋的買賣必然涉及宅基地使用權的轉讓，由於宅基地的所有權屬於農村集體經濟組織，只有集體經濟組織的成員才可申請使用，因此這類房產有房產證無土地證，且不允許轉讓。即使將這類無土地證的房產買下，但其與賣主之間的房屋買賣協議無效。如今，各個地段的房屋升值較快，如果購買這種沒有土地證的房產，其日後的權益很難得到保障，因此盡量不要購買此類房產。
有房產證沒有土地證對房屋交易的影響。只有房產證沒有土地使用權證，勢必會給住宅地產購置及交易帶來風險。難以知曉在土地使用權上設定抵押權的情況，也就無法及時規避風險。難以發現開發商違規用地的事實。
二手房交易將受影響。《城市房地產管理法》規定，房地產上市交易，必須出示房屋所有權證和國有土地使用權證。
在拆遷補償時會遭受損失。《城市房屋拆遷估價指導意見》第三條規定，房屋拆遷評估價格為拆遷房屋的房地產市場價格。因此，拆遷補償金不僅包含房屋所有權價值，還包含了土地使用權價值。購房者如果未辦理土地使用權證，在拆遷過程中就可能得不到關於土地使用權的相應補償。