2. 第14個目標
3.世紀末的魔術師
4.瞳孔中的暗殺者
5.通往天國的倒計時
6.貝克街的亡靈
7.迷宮的十字路口
8. 銀翼的魔術師
9.水平線上的陰謀
10.偵探們的鎮魂歌
11. 紺碧之棺
12. 戰栗的樂譜
13.漆黑的追蹤者
14.天空的遇難船
15.沈默的15分鐘
16. 第11個前鋒
17.絕海的偵探
18.異次元的狙擊手（未上映）
特別篇：魯邦三世vs名偵探柯南（不納入正式劇場版）
特別劇場版：魯邦三世vs名偵探柯南THE MOVIE（未上映）
劇情簡介：
1、看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花電影院中了，而且……那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了……柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，壹紅壹藍，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點！
柯南突然想到森谷帝二說的“三分鐘”才知道是帝二給他過生日的時間。這時柯南無意中想起小蘭在帝二前說的她與新壹的幸運色，壹時才發現原來紅色的那根才是引爆線。可是因為大樓的突然爆炸。使柯南被撞出門外。警員又碰巧救出柯南。小蘭會剪斷那壹條呢？
2、被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有黑桃七和小鬼的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指認兇手就是澤木公平時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上丈挾持妃英理做人質壹樣。柯南射中小蘭的腿部，使兇手澤木公平不得不放了人質小蘭，同時小蘭也明白，父親當時並不是要擊中人質，而是為了救母親，當爆炸的最後壹刻，兇手澤木公平之前預定的直升機救了大家。
3、專門狙擊人右眼的神秘殺手“史考兵”也在人群之中…… 她再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在“白鳥”的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，“新壹”出現了……
本片中，怪盜基德的預告函以“世紀末的魔術師”署名，暗合20世紀末的播出時間。其實指的是彩蛋的制作者喜壹，是19世紀末的事了。
4、專針對警察的連續殺人案件發生了，已經連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著什麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而警視廳的內部秘密卻如高墻般難以窺探！
柯南與毛利小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但他們卻意外地守口如瓶。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：「Need not to know〔無須知道〕……」 這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關！
毛利小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤美和子警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，而佐藤警官也為了保護小蘭而挨槍。聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不留痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤警官重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去熱帶公園，卻誤認為找到真兇而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……最後在噴水池中，蘭想起了以前和新壹的事，找回了記憶，並狠揍了壹頓犯人。最後在大家的幫助下，犯人成功抓住。
5、柯南壹行人在露營回家的途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的所有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了……
而且，令人不敢相信的是“黑暗組織”的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是跟誰連絡……而柯南的真正身分會被那些家夥發現嗎？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300米高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手——“黑暗組織”展開壹場史上最恐怖的攻防戰……
兇手令眾人震驚不已，原因更是出乎意料，殺人手法別具壹格，黑衣組織的登場，驚心動魄的爆炸場面，可謂劇場版的壹個巔峰。
6、東京·米花市·米花市政大樓。這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的年代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。
柯南、灰原及少年偵探隊成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人－堅村，竟然在發表會會場遭到殺害，而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智慧闖入“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的 50 名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。”開始了壹場失控的遊戲。
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家－工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人安危，他也只能在控制室看著他們的表現。
柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的 19 世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用 50 條生命為賭註的遊戲即將開始！
7、在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子在等人時密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名「義經」，部下則以「弁慶」為首，各自以家將姓名相稱。
另壹方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的壹尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委托他們解讀壹幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他到達義經、弁慶的傳說流傳的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新壹的人物之壹。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前！
在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影的謎題及陷阱將襲擊柯南壹行人！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！而柯南的身體終於變回了工藤新壹……
8、這架飛往函館的飛機艙內，壹出精心設計的殺人劇碼竟然在眾人面前活生生地上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群之中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件之謎，當案件被終結之時。飛機駕駛員突然中毒暈倒！飛機失控！此時，隱藏在人群中的怪盜基德站出來，請柯南壹起駕駛飛機。基德對柯南說之所以他沒偷「命運的寶石」，是因為他發覺那顆寶石是假的。
後來，怪盜基德竟然當著柯南，蘭和園子的面逃走了！柯南只能讓蘭和園子駕駛飛機，自己則用手機和變聲器指揮蘭。
飛機的燃料所剩不多，簡陋的降落場地也沒有照明設施！此時蘭竟然對新壹抱怨起來，她波動的情緒無疑給飛機的降落雪上加霜。
基德真的就此逃跑嗎？柯南和蘭能夠化險為夷嗎？
相關疑點：本次劇場版有壹個疑點：柯南和灰原的身份是虛構的，他們倆如何登上飛機？應該是因為在TV 345《直面黑色組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件》之後FBI給柯南和灰原的保護計劃中定義的身份。不過不是證人保護計劃，而是和茱蒂壹樣的保護那種。
9、這場處女航行的重頭戲——歡迎酒會就在這種人心惶惶的氣氛中開始，而小五郎與柯南也在會場中展開了壹場推理大賽。原本以為還差壹步就能找到事件的真相，沒想到此時船內的引擎室卻突然發生大爆炸，原來犯人在亞芙蘿蒂號的主要設備上裝置了炸彈。爆炸後搖晃不停的船身讓船員與乘客陷入壹片恐慌，船上600條人命已完全掌握在犯人的魔掌之中。
在無路可逃的海上發生的這場大混亂，也使小蘭面臨了生命危險。犯人的目的究竟是什麼？
柯南與小五郎是否能粉碎犯人的陰謀，順利救出小蘭呢？
而柯南（新壹）與小蘭這段跨越時空的感情牽絆，正是解開這壹連串事件的最大關鍵！
10、在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南壹行人來到了橫濱。壹行人受邀來到奇跡樂園，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、毛利小五郎、少年偵探團，戴上了攜帶炸彈的ID，進入了遊樂園，因此成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。而且，如果他們乘坐他們最喜歡的“超級蛇”過山車，就會脫離感應範圍，ID同樣會爆炸！
“妳能了解失去心愛的人，是什麽樣的心情嗎？工藤。”神秘男子的電腦屏幕上顯示著新壹與蘭的照片。
這名男子居然知道柯南其實就是工藤新壹？！這名男子的真正身份，難道是……
就在同時，“關西的高中生偵探”服部平次的青梅竹馬遠山和葉也進入遊樂場，成為了人質。就在調查到YOU CRY的時候，白馬探也出現了。調查之路頗曲折，三位高中生將壹同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目的同時，也面臨著壹連串的危機：槍戰、追殺、受傷……
之後，他們雖然找出了真相，但是，在與犯人的沖突中，計算機被打壞了！
“ERROR!”“ERROR!”“ERROR!”
居然不能解除ID！現在只有不到15分鐘的時間了！
柯南利用自己的知識，想盡各種辦法，終於找到了“密碼提示”
妳最愛的人是——
柯南毫不猶豫地填入了自己所認為正確的答案。
“答案錯誤，再壹次輸入錯誤系統將會被鎖死。”
唯壹知道答案的那個人已經昏死過去。
離22點的鐘聲越來越近了！
真的沒有辦法了嗎？！
11、太平洋上的美麗小島——神海島。傳說，在很久以前那裏的海底就存在著古代遺跡“海底宮殿”，並且300年前真實存在過的兩名女海盜安·寶妮和瑪莉·麗德曾在那裏遺留了大量的寶藏。
今次的故事就從這神秘的小島開始，在小五郎的帶領下，到神海島度假遊玩的柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課長安排的尋寶遊戲。然而，壹群覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們“treasure追求者”也潛入了這個迷人的小島上，他們中間籠罩著壹種非常詭異的氣氛。小蘭、園子和他們壹起潛水的時候遇到了鯊魚的襲擊，盡管小蘭和園子僥幸逃脫，但其中寶藏獵人中的壹人被鯊魚襲擊死亡。獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，為了探求真相而展開了調查。海底宮殿中究竟隱藏著怎樣的秘密？超越了300年時光的暗號，將由柯南為妳解開！
12、近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有超強樂感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多兇殺的可疑案件。在此期間，堂本先生的四位弟子均被兇手利用爆炸殺害，其實這四位是堂本學院的第壹屆學生，2年前組成鋼琴四重奏至今仍十分活躍。 但只因當初強灌酒於相馬光，導致其後意外墜懸崖死亡，所以遭殺。
音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲，漂流在河流中的船上，蘭等人所在的音樂會場外發生大爆炸，隨著音樂會的進行，堂本音樂廳的23根承重柱被壹根壹根的炸毀。由於音樂場內有隔音、防火效果，眾人在危險中完全不知情。柯南和秋庭利用水庫中的電話撥打了110。順利向警察求助，柯南等人通過屋頂順利進入會場，此時，外圍柱子已經爆炸了20根，在談話之間又是3根，那麽最後只剩會場最後壹次爆炸。憐子小姐為了為柯南拖延時間，阻斷了音樂會，唱出了“奇異恩典”阻止了堂本先生繼續彈奏管風琴鍵阻止了爆炸，此時柯南也接近兇手，拆除了感應器。
此時，高木與佐藤警官也到達了能夠阻擊犯人的地點，但是在與犯人對峙的柯南擋住了射擊軌道，因此無法射擊，而犯人即將引爆最後壹顆炸彈！柯南等人的命運何去何從？
13、若想解決這起事件，必須事先做好覺悟。
為了找出真相，仍需奮戰到底。
“不要過來！小蘭！不可以過來！”
梅雨季剛結束不久，在東京、神奈川、靜岡、長野等地發生了壹***6起殺人事件。
由於被害者身邊都遺留著神秘的麻將牌，因此被認定為由同壹嫌犯或組織所犯下的大範圍連續殺人事件。
“為了維護警察的威信，必須阻止犯人繼續犯案。各位要暫時拋棄管轄區域與爭奪功勞的概念，壹起協助調查這起案件！”
徽章2
在松本警視的號召下，目暮警部與各縣轄區的刑警們壹起參加搜查會議，而偵探?小五郎也前往提供協助。
●為什麽要先誘拐被害者，並在其它地方加以殺害？
●麻將牌是誰留下來的？
●被害者在最後留下的神秘話語“七夕……京……”
在找不出這些謎題答案的情況下，會議只好暫告中斷。
此時，柯南發現壹名從會議地點走出來的刑警，坐上壹臺黑色的保時捷跑車。
“那臺車……難道是琴酒！”
原來是黑衣組織的成員變裝成刑警潛入會議，最後坐上琴酒的保時捷消失無蹤。
襲擊高中生偵探?工藤新壹，並強迫他吃下毒藥的琴酒為什麽會出現？
這壹連串的殺人事件，難道就是黑衣組織幹的？
七夕之日，到來前又出現第7名犧牲者。
黑衣組織設下陷阱，將日本警察玩弄於掌心。
青山老師的M13手繪版海報
黑衣組織的成員突然變得異常活躍，
基安蒂與科恩負責妨礙警方的調查，苦艾酒負責追蹤殺人事件的進展。
琴酒與伏特加計劃暗殺重要人物，另外還出現壹名神秘人物?愛爾蘭酒。
就在警方調查該事件的同時，與柯南、新壹有關的帝丹小學及高中卻遭到不明人士入侵。
正當柯南察覺黑暗組織的陰影正朝著自己逼近之際，第七起殺人事件發生了……
柯南能否在這起事件中存活下去？ 黑暗組織 VS 江戶川柯南！！
14、2009年12月9日發售的《少年SUNDAY》上公開了劇場版第十四部片名——《天空的遇難船》（天空の難破船）又名為《天空的劫難船》。青山老師按照慣例親手畫下了彩色鉛筆版的宣傳海報，不出意料，粉絲們都紛紛把目光放到了基德與小蘭擁吻的鏡頭上，猜疑四起。另外的壹張宣傳圖上更是有小哀被襲擊的鏡頭。為了吸引眼球官方可謂是又下足了猛料啊！2010年3月6日，名偵探柯南劇場版官網更新，M14劇場版預告片也發出90秒的超長預告片。
15、「針對妳這4年傲慢無禮的執政期,在此施下天理不容的警告。我等對妳這個奸臣的死刑，早已萬事具備只欠東風。朝倉知事的生殺大權，早已在我等手中。」
12月的某壹天，獲得連任的東京都知事朝倉先生接到了謎壹般的恐嚇信。信中揚言要將朝倉知事殺害！
同時，阿笠博士和少年偵探團壹行人進入了與東都線平行的隧道中。了解到恐嚇信柯南也在關註著東都線的首發直播。
突然！柯南註意到在隧道中的緊急停車帶有壹個人，但沒有停著車，手裏似乎還拿著什麽...
柯南突然醒悟過來，那個人手上是遙控器！柯南立即察看隧道頂端：壹排的塑膠炸彈！
柯南在阿笠博士停車後，沖進隧道，想要阻止爆炸！可惜炸彈已被啟動，柯南只得打電話給當時在列車上的目暮警官。得到消息後的警官們立即要求列車員停下列車！緊急制動開始！而柯南也站在隧道中央，阻止汽車進入隧道，以免造成更大傷害！
“嘭！嘭！嘭！嘭！”炸彈爆炸，列車掉入了下方的隧道！而前方是個拐角！如果停不下來的話...
"停下來！！"
列車停了下來，沒有掉下去。朝倉知事也安然無恙。
是怨恨朝倉的家夥預謀已久的犯罪嗎? 為了追查不惜造成巨大慘案的危險罪犯，而朝倉知事在出任國土交通大臣期間建造北澤水力發電站的相關者中，難道沒有人充滿怨恨嗎？柯南等人前往大壩的建造地新潟縣……
在慶祝北澤村遷移5周年的紀念典禮上人山人海,呈現了壹副熱鬧繁華的景象。果然,犯人就藏匿在其中。在柯南正要開始調查的時候，竟然在雪原上發現了死因不明的屍體！
同時，在昏迷了8年的立原冬馬蘇醒，給案件的偵破帶來了線索。
在壹步步的探索中，柯南與灰原發現了犯人的陰謀！他要炸毀北之澤水壩！！！
柯南未能阻止炸彈爆炸。在壹陣陣的爆炸中，大堤崩潰了！大量的水傾瀉而出！直接威脅到下遊的北之澤村！柯南用盡全力，在最後關頭引發雪崩改變了水流的方向。村子沒事了，但柯南卻被埋在雪中，無法動彈。
在15分鐘裏，人們能否救出柯南？柯南能否為自己搏得壹絲生機？
16、柯南決定單獨進行調查。就在任何線索都沒有發現，調查陷入僵局的時候，小五郎再次收到犯人的挑戰書！犯人竟然在J聯賽的10個足球館裝上了炸彈！
而且，“解除炸彈的方法，已經寫在這份挑戰書中了。”
犯人所說的解除炸彈的方式究竟是什麽？為什麽會盯上小五郎呢？柯南終於將隱藏在挑戰書中的暗號破解，同時他也知曉了“某件事情”。那就是，隱藏在這壹系列犯罪行動之後的驚天陰謀！
柯南來到東都體育館。案件在這裏開始，在這裏結束。在與犯人對峙中，犯人指出了柯南的推理中的致命失誤！小蘭危在旦夕！
4分鐘，對前鋒的考驗。4分鐘，決定上萬人的生死！
爆炸仍在進行著，盡管犯人已經懺悔。但是，時間無法停止。柯南竭盡全力射門，但是因為壹個吊燈，功虧壹簣。
時間只有2分鐘了！怎麽辦？有著3人高
的廢墟擋在面前，踢不過去！怎麽辦？之前的4分鐘，只剩壹半了！
怎麽辦？足球腰帶裏的球已經用過了，無球可踢！
忽然，少年偵探團的出現，給事件帶來了轉機。通過4人的傳球。大家的信念，都通過球寄托給了江戶川柯南。
“足球的箴言，想起來了。”
時間僅有15秒了。
15秒，奇跡，會發生嗎？
17、薄霧籠罩的京都，壹起攸關日本國家安全的大事件即將發生。壹艘疑似裝載爆炸物的可疑船只靠近舞鶴灣。通過對船上相關數據和零部件的勘察判明，該船很大可能來自海外。此消息壹出，立刻引起全日本上下的恐慌。
就在同壹天，江戶川柯南、毛利小五郎、毛利蘭以及少年偵探團的各位壹同觀摩海上自衛隊組織的對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦“穗高（ほたか）”號艦長，與全國各地聚集來的孩子們壹起，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦帶來的巨大魄力所震撼。
誰知演習中突發意外，原本虛擬的作戰瞬間變成真槍實彈的殺戮。不久，海面上漂浮著的失去左臂的自衛隊隊員壹等海尉笹浦洋介遺體被發現。種種不安與猜測在小蘭和少年偵探們的心中蔓延。另壹方面，海上自衛隊迅速冷靜地穩定事態，但始終不能探明敵人的真實身份和他的目標。就在此時，宙斯盾艦上發現了遇害隊員的左臂，其配戴的手表指針停止在5:30AM。接二連三的異常事件，迫使大阪府警乘坐直升機趕來，與京都當地的同儕協作展開調查。在此期間，神秘的女性自衛隊員藤井七海也登上了宙斯盾艦。
柯南通過隨身攜帶的追蹤眼鏡、新道具衛星電話手表等裝備與灰原哀、阿笠博士取得聯系，此外更得到服部平次和遠山和葉的協助。最強偵探團全方位通力合作，終於發現了這壹系列事件背後的始作俑者——現已秘密潛入軍艦內的某國間諜“X”。在此期間，平次和小蘭等人的生命相繼受到威脅。
X到底有何目的？他的真實身份是什麽？自衛隊員的左臂以及藤井七海的背後又隱藏怎樣的秘密？關系到全日本生死存亡的巨大陰謀，此刻正有條不紊地展開。柯南將於與看不見的敵方間諜進行諜報戰，面臨危浪絕海的緊急任務。此次柯南能否再次守護朋友，協助海上自衛隊保護日本民眾免受戰爭的災禍？
18（未上映）、以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（註：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，壹發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了壹個男人的胸膛。案件發生於壹瞬之間，完全搞不清到底發生了什麽，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。
柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了壹個黑色的身影。“從那麽遠的距離進行狙擊，怎麽可能？！”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算壹起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也卷入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海裏。
於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊（Navy Seals）”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第壹步！與此同時，住在工藤新壹家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來……
特別篇：在維斯巴尼亞王國，女王薩克拉死於獵槍走火事故，而王國的吉爾王子，因母親由於自己的獵槍走火死亡而過度自責，最後以手槍自殺身亡。慘劇的消息迅速傳播，轟動各國新聞界，當然，也傳到了江戶川柯南和魯邦三世耳裏……
女王及王子的死，使公主——米拉將繼承王位成為下屆女王。當米拉女王到日本訪問時，她遇見和她十分相似的蘭。米拉希望自由地玩壹次，而蘭想壹嘗當公主的滋味，因此她們換了衣著，但伯爵─基斯不公布公主失蹤的消息，並把蘭帶回國，而柯南亦偷偷地跟隨蘭上機……這個時候，魯邦準備向“女王皇冠”下手。
慘劇背後隱藏著怎樣的秘密？“平成年代的福爾摩斯，日本警察的救世主”工藤新壹（江戶川柯南）對決“世紀大盜”魯邦三世！ 勝利歸向何方？
特別劇場版（未上映）：滿月之夜的鉆石偷盜事件，犯人擺脫了警察的包圍網華麗地逃走了，江戶川柯南在獨自追捕逃犯時遭遇了石川五右衛門的襲擊，柯南方才明白這次的對手將是魯邦三世。
魯邦之後將目標轉向“幻之秘寶”櫻桃藍寶石。收到魯邦預告函的目暮警部等人，迎來了魯邦三世潛入搜查官錢形幸壹警部，他們開始合力抓捕魯邦三世。魯邦則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子阿朗·斯密斯。他的目的到底是什麽？
與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像——艾米裏翁·瓦力迪。但他卻收到了死亡恐嚇信，要求終止艾米裏翁在日本的演唱會，否則就會喪命。因此艾米裏翁和其經紀人克勞迪婭·貝爾琪求助於毛利小五郎。
對超人氣偶像的恐嚇，幻之秘寶的盜竊事件，柯南認為這兩個事件都與魯邦三世有關。
走投無路的危機在逼近柯南等人。該信任誰，又該懷疑誰？逼近身邊的神秘巨大組織，魯邦真正的目標又是什麽？而柯南又能阻止這個計劃嗎？
因為字數超出最大額，刪了壹點，湊合看看呵~