數論派的基本哲學體系是“二元二十五諦”。具體包括因中有果論、三德說、三分法量論、解脫觀等等。
數論派認為，世界作為結果總要有壹個最初的根本因，這個根本因就是“自性prakrti”。自性是壹種處於未顯狀態的原初物質。 自性及其轉變由三種成分構成，即是三“德guna”。三德分別是：薩埵sattva、羅傛rajas、多磨tama。薩埵具有喜的本質和照明作用；羅傛具有憂的本質和沖動作用；多磨具有迷暗的本質和抑制的作用。三德間處於相互依存或支配的狀態。當它們互相依存並平衡時，自性處於原初狀態。當三德中的平衡被打破，即某德占上風而支配其他兩德的時候，自性就開始演化或轉變。而三德的狀態決定著事物的形態或特征。
數論派認為自性是壹切事物轉變的根本因，卻不是唯壹的因，認為存在壹個與自性並列的獨立的精神實體——“神我purusa”神我自身不演變出世間事物，卻可以與自性結合，從而使自性開始演化。
自性的演化過程是：首先由自性生出覺；從覺生出我慢；從我慢壹方面生出“十壹根”，另壹方面生出“五唯”；五唯生出“五大”。
自性、神我是二元，加上覺、我慢、十壹根、五唯、五大，合稱二元二十五諦。
覺buddhi，相當於起確定或決定作用的“理性”或“知性”。
我慢abankara，自我意識或主自我。
十壹根ekadasa—indriya，眼、耳、鼻、舌、皮、發聲器官、手、足、排泄器官、生殖器官、心。
五唯panca—tanmatra，香、味、色、觸、聲。
五大panca—mahabhuta，地水火風空。
數論派的“量論”（認識論方面的主要學說）主張有三種“量”。壹者現量，指感官與外物接觸而生的知覺；二者比量，指推理，又分為“有前”（由因推果）“有余”（由果推因）“平等”（同類推理）三種；三者，聖言量，指可靠的人或聖書的意見。 數論派認為，事物（或世間現象）是由某些根本因轉變出來的，如《百論》中說：
“迦毗羅言：從冥初生覺，從覺生我心，從我心生五微塵，從五微塵生五大，從五大生十壹根。神為主，常，覺相，處中，常住，不壞，不敗，攝受諸法。能知此二十五諦，即得解脫。不知此者，不離生死。”（註：《百論》破神品第二。本文中所引《百論》均指含婆數開士釋的《百論》，下同。）
此處所謂“冥初”，相當於“自性”，就是萬有的根本因。從冥初生出“覺”（知覺或知性）。從覺生出“我心”（我慢，即主我性或自我意識）。從我心生出“五微塵”（即“五唯”壹香、味、色、觸、聲）。從五微塵生出“五大”（地、水、火、風、空）。從五大生出“十壹根”（眼、耳、鼻、舌、皮、發聲器官、手、足、排泄器官、生殖器官、心）。除自性及其轉變物外，對自性轉生起作用的還有壹個“神”。它是數論諸諦中的主諦，是常恒的，具有覺相，處於生命現象的中心，常住，不壞，不敗，統攝和領受諸法。顯然，數論派對於事物的“生”是很重視的，詳細描述了“生”的各個環節。這些環節也就是所謂“二元二十五諦”（註：參考《數論頌》2-22及喬荼波陀的相應註釋，並參考姚衛群編著：《印度哲學》，臺灣淑馨出版社，1996年，第115頁。）。 婆羅門教中的數論派在解釋人的意識根本因或解脫主體時則壹般用“神我”這個概念。數論的“神我”梵語為“purusa”，所起的作用或地位與其他婆羅門教派別的“我”或“阿特曼”有相近點，也有不同點，此處不論。
《百論》這樣轉述勝論派有關“神”的觀念：
“優樓迦言：實有神，常。以出入息、視眴、壽命等相故，則知有神。復次，以欲、恚、樂、智慧等所依處故，則知有神。是故神是實有。”（註：《百論》破神品第二。）
《百論》此處說的“優樓迦”是傳說中勝論派的壹個代表人物。勝論派認為，確實存在作為意識或生命現象主體的“神”，因為人有呼吸、眨眼、壽命等現象，還因為人的欲、恚、苦、樂、智慧等要有壹個依止之處。即從這些人們能觀察到的生命或精神現象中可以推論出壹個常恒的主體——“神”。
《百論》中也提到了數論派的觀點：
“外曰：實有神，如《僧佉經》中說，覺相是神。”（註：《百論》破神品第二。）佛教壹般是反對有“神”的。原始佛教就提出了“無我”的基本思想。到大乘佛教後，雖然有些變化，但中觀派還是堅決主張“無我”（無“神”）的。《百論》中對有“神”論的批駁較多，如針對神以覺為相的說法，該《論》破斥說：
“若覺神相，神無常（修妒路）。若覺是神相者，覺無常故，神應無常。譬如熱是火相，熱無常故，火亦無常。”（註：《百論》破神品第二。）
這段話的意思是說，如果覺是神的相，那麽，有神就應有覺，反之亦然。由於覺是無常的，因此神也應無常。那麽外道說的存在著常恒的“神”的理論就不能成立。
《百論》破斥外道“覺是神相”的理論，實際上是把“覺”作為推論“神”存在的有代表性的概念。“覺”的地位或作用大致相當於人們的認識、情感及生命現象。因而，在《百論》中，主要通過對“覺”與“神”的關系的考察來破外道有關“神”存在的理論。此處再看壹段在這方面的更深入的破斥：
“內曰：若爾，覺非神相（修妒路）。覺是無常，汝說神常，神應與覺異。若神覺不異者，覺無常故，神亦無常。復次，若覺是神相，無有是所。所以者何？覺行壹處故（修妒路）。若覺是神相者，汝法中神遍壹切處，覺亦應壹時遍行五道。而覺行壹處，不能周遍，是故覺非神相。復次，若爾，神與覺等（修妒路）。以覺為神相者，神應與覺等，神則不遍。譬如火無熱不熱相，神亦如是，不應有遍不遍相。復次，若以為遍，則有覺不覺相（修妒路）。汝欲令神遍，神則二相：覺不覺相。何以故？覺不遍故。神若墮覺處，是則覺。若墮不覺處，是則不覺。”（註：《百論》破神品第二。）
在這段中進壹步強調，覺不是神的相，因為覺是無常的，而神被認為是常的。如果二者壹樣（或二者是壹個存在另壹個也應存在的體與相的關系），那麽就不能說覺（或這類成分）是神的相。另外，從神是遍壹切處的，不覺則不能周遍等方面看，也不能說“覺是神相”。因此，由“覺”壹類成分（如其他的認知、情感、生命現象等）來推論“神”的存在是不能成立的。 在數論派看來，事物的產生就是由因轉變出果來。果在產生之前就已潛在於因之中，因是果的潛在狀態，果是因的展開或表現形態。因和果在本質上是同壹的。
在勝論派看來，事物的產生是由許多因素和合後實現的。果在產生前不存在於因之中。果雖然由因聚合而成，但因與果在表現形態等許多方面是不同的，因與果在本質上不同。
佛教既不同意數論派的因中有果論，也不同意勝論派的因中無果論。佛教在破斥因中有果論時似站在勝論派的立場上，在破斥因中無果論時似又站在數論派的立場上。但在實際上，佛教對這兩種理論都是反對的。
《百論》中說：
“外曰：諸法非不住，有不失故，無不生故（修妒路）。有相諸法如泥團。從團底，從底腹，從腹咽，從咽口，前後為因果。種種果生時，種種因不失。若因中無果，果則不生。但因變為果，是故有諸法。內曰：若果生故有不失，因失故有失（修妒路）。汝言瓶果生時泥團不失，瓶即是泥團。若瓶果生，是時失泥團因故，是則無因。若泥團不失，不應分別泥團瓶有異。今實見形、時、力、知、名等有異故，有應失。”（註：《百論》破因中有果品第七。）
數論派主張果生時因不失，因為如果因中無果，那麽果就不會生。數論派認為，有形態的事物如同泥團壹樣，泥團從成瓶時瓶的底部到瓶的腹部、咽部、口部，前後是因果關系。在種種果產生時，種種的因不失。如果因中無果，那麽果就不會產生。只有因變為果，才有諸種事物。《百論》針對數論派的這種論證駁斥說，如果果生而因不失，那麽，因若失就會有果的失。實際上，如果作為果的瓶產生時，就應失去作為因的泥團。如果泥團不失，那就不應有泥團和瓶的分別。但實際上，人們看到泥團和瓶（也就是因和果）在形態、生滅的時間、作用、觀念、名稱等方面有差別。因此，應該有因的失。這樣，因中有果或因果同壹的理論也就不能成立了。
針對因中無果論，《百論》中說：
“若因中無果者，何以但泥中有瓶，縷中有布？若其俱無，泥應有布，縷應有瓶。”（註：《百論》破因中無果品第八。）
如果因中無果，那麽為什麽瓶子只能從泥中造出，布只能從線中織出？如果在這兩種因果關系中，果在因中都沒有的話，那就也可以從泥中織出布，從線中造出瓶。這顯然是不可能的。因而因中無果的說法是不能成立的。 佛教壹般是講“無常”的。原始佛教如此，中觀派仍然如此。中觀派認為“法”都是不實在的，“無常”的。因而對外道講的“法”都進行否定。外道似乎也覺得對壹些“有因法”很難反駁佛教的責難，但對於壹些“無因法”則認為應當說是“常”的，或不可破的。《百論》中說：
“外曰：應有諸法，無因常法不破故《修妒路》。汝雖破有因法，不破無因常法，如虛空、時、方、微塵、涅盤。是無因法不破故，應有諸法。”（註：《百論》破常品第九。）
在這裏，外道認為虛空、時、方、微塵、涅盤是不破的無因法，認為這些法是“常”的。《百論》在後面還都壹壹作了具體論證，也針對外道的論證進行了批駁。
關於虛空，《百論》中引述了外道的不少觀點，其中壹個是：
“定有虛空，遍相，亦常，有作故（修妒路）。若無虛空者，則無舉無下，無去來等。所以者何？無容受處故。今實有所作，是以有虛空，亦遍，亦常。”（註：《百論》破常品第九。）
外道的意思是說，虛空肯定有，因為虛空有遍在之相，是常的，是有造作的。如果沒有虛空，那就沒有上下去來等動作的容受處，而實際上又有這些動作。
《百論》對此的駁斥為：
“不然，虛空處虛空（修妒路）。若有虛空法，應有住處。若無住處，是則無法。若虛空孔穴中住者，是故虛空住虛空中，有容受處故。而不然，是以虛空不住孔穴中，亦不實中住。何以故？實無空故（修妒路）。是實不名空。若無空則無住處，以無容受處故。復次，汝言作處是虛空者，實中無作處故，則無虛空。是故虛空亦非遍，亦非常。復次，無相敵無虛空。諸法各各有相，以有相故知有諸法，如地堅相、水濕相、火熱相、風動相、識知相。而虛空無相，是故無。”（註：《百論》破常品第九。）
如果有虛空這種法，那它就應有住處。如果沒有住處，就沒有這種法。如果虛空住在孔穴之中，那麽就是虛空住在虛空之中，因為有容受處。但實際不是這樣，因此虛空不住在孔穴之中，也不住在實在的東西之中。為什麽呢？因為實在的東西無空，無容受之處。再有，虛空不是遍在的，也不是常恒的。而且，由於虛空無相，因此不能說明它實在，更談不上它是什麽恒常的東西。
關於“時”，《百論》中也提到外道的不少論述，其中壹段是：
“有時法，常相有故（修妒路）。有法雖不可現見，以***相比知故信有。如是，時雖微細不可見，以節氣花實等故知有實時。此則見果知因。復次，以壹時不壹時久近等相故可知有時，無不有時，是故常。”（註：《百論》破常品第九。） 《百論》中提到的外道顯然不是主張絕對空無的。他們對佛教中觀派的“空”觀有種種責難。這些責難在中觀派看來屬於歪曲或不能成立。
《百論》中提到外道這些責難佛教：
“汝無成是成（修妒路）。如言室空無馬則有無馬。如是，汝雖言諸法空無相，而能生種種心故，應有無，是則無成是成。”（註：《百論》破常品第十。）