2001 3月1日，青海省格爾木市檢察院以涉嫌貪汙罪對8名“野牦牛隊”原隊員依法刑事拘留。3月16日，檢察院正式批準逮捕。這八名成員是:西部工作委員會辦公室原主任金延祖、司機盧、成員尼瑪、嘎仁青、謝洲、賓巴、紮西才仁和鄭丹紮西，其中四人是管理局的受援人。案件起因據說是野牦牛隊在1998山區巡邏時抓獲了4名偷獵者，繳獲了2輛吉普車和94張藏羚羊皮。很快，他們釋放了四名偷獵者和壹輛吉普車，並出售了藏羚羊皮，人均份額超過4000元。在被捕的8人中，有5人在被西部工委合並後被調到可可西裏國家級自然保護區管理局當臨時工。野牦牛隊的前成員認為，他們是在壹年多沒有領到工資、生活極其困難的情況下才這樣做的。在此事上，時任西部工委書記紮巴多傑對他們進行了內部處理，按月從他們的工資中扣除非法收入，到案發時已全部扣除。
涉嫌貪汙壹案尚未塵埃落定，“野牦牛隊”的另壹名成員紮江因涉嫌販賣槍支被檢察院批準逮捕。
與此同時，根據時任可可西裏自然保護區管理局局長蔡嘎的說法，當西部工作委員會存在時，壹些采金者和鹵蟲漁民獲得了許可證。管理局每次在山上巡邏時，都會遇到那些拿著西部工委許可證進山的人，有時甚至由野牦牛隊隊員護送，這使管理局的執法非常被動。“西工委的行為與全面保護可可西裏生態環境的宗旨背道而馳。”