嘉靖帝在位45年，是明朝實際統治時間最長的皇帝。 在他執政的前二十年中頗有作為，以不因循守舊的革新精神開創了中興局面，他順應歷史潮流、敢於打破傳統、體恤士農工商、有利社會發展的壹面，還應當看到，他的時代的許多建築，如北京的天地日月四壇，鐘祥的明顯陵、元佑宮等，至今仍顯現著勞動人民藝術創造的風采，為文化的發展做出貢獻；但在嘉靖二十壹年之後日益腐化，朝政日壞，大禮議杖笞群臣、崇奉道教並禍及自身、尋興大獄、誤用佞臣、剛愎自用、局勢動蕩不堪。嘉靖帝是個極其聰明並且自信的皇帝，而且有些自大狂妄，但卻十分小氣，又喜歡亂花錢，也很要面子，能與之打交道的，也只有徐階、嚴嵩這類的官場老手。
嘉靖帝執政的四十五年，是資本主義在中國萌芽的時期，“壹般認為是壹個經濟非常活躍的、農業技術和生產發展的、紡織品和手工業生產大規模發展的時代。”
嘉靖帝和他父親讀聖賢書卻是到了癡迷的程度，在歷史上還是不多見。這也可與他在禮儀之爭時的強硬態度聯系起來，除了與前朝老臣爭權的因素之外，嘉靖帝更在乎的是要為他敬愛的父母爭名分，因此他不顧自己勢單力薄，在群情洶湧之中，毅然要為自己父母爭得更為尊榮的地位。嘉靖帝是個十足的孝子，但他逞壹己的私孝而不顧天下公義，終究太小氣太狹窄，有違寬闊浩蕩的為君之道，後人說他是“中材之主”，似可認作確論。
後世的史家說嘉靖除了他自己和他父母，他沒有愛過任何人。在四十五年的統治中，殺大臣殺言官，他毫不留情，連後宮中都到處彌漫著他的強橫。嘉靖帝與兒子們的關系也說不上融洽，他壹直到死都沒有立太子。可以說在他父母去世後，嘉靖帝已經沒有可以溫馨相處的人。每逢節日和他父母的忌辰，嘉靖帝總要屏退眾人，向父母的靈位長跪，流淚默祝，神情慘楚，讓偷偷窺見的宮女也為之動容，也只在這時，剛強的皇帝才顯出骨子裏的些許溫情與脆弱。 《明世宗實錄》：“神聖不世出之主”；“躬秉聖資， 出撫興運， 鏟奸剔蠹， 丕舉王綱， 肇修人紀。立極建中，,肇修人紀。凡諸大政令之因革，大典禮之制作，鹹稽謀於天，會通古今，經畫自心，毅然獨斷，壹洗俗吏牽跡，經生守文之陋。……君臣奔走以受成，萬姓傾心而向化。卒之幽明協順，中外敉寧，聲教暨於交南，威靈於窮朔。蓋舉我太祖、成祖丕造之光烈,而覲揚之巍巍乎，盛矣！”
《明史》贊曰：世宗禦極之初，力除壹切弊政，天下翕然稱治。顧叠議大禮，輿論沸騰，幸臣假托，尋興大獄。夫天性至情，君親大義，追尊立廟，禮亦宜之；然升祔太廟，而躋於武宗之上，不已過乎！若其時紛紜多故，將疲於邊，賊訌於內，而崇尚道教，享祀弗經，營建繁興，府藏告匱，百余年富庶治平之業，因以漸替。雖剪剔權奸，威柄在禦，要亦中材之主也矣。 史臣：“（世宗）晚年雖不禦殿，而批決顧問，日無停晷。雖深居淵默，而張弛操縱，威柄不移。”
楊維楨：“世宗享國長久。本朝無兩。禮樂文章爛焉具舉。齋居數十年，圖邐天下於掌上，中外儼然如臨，真英主哉！始衷終則，新都（楊廷和），永嘉（張璁），華亭（徐階）功大矣。吏治繁偽。兵政窳惰。民力虛耗，亦由是始。方之漢武帝。功不勝過焉。”
海瑞：“嘉靖，家家乾凈”。
張居正：“正德年間, 政體紊亂。至世宗皇帝以聰明至聖入繼大統，將以前弊政壹切改正，以復我祖宗之舊，正今日所當遵守者。”；“世廟承正德群奸亂政之後，又用威以振之，恢皇綱，飭法紀，而國家神氣為之再揚。”；“世宗禁革外戚封爵, 乃“超世之見，同符二祖，非近代帝王所能仿佛其萬壹者。”；“振耀前猷，茂恢令緒，德總百王，規摹萬世。以永凝佑命，啟昌期，曷有紀極!” ；“臣等竊以為我皇上當英妙之齡, 事事皆祗先猷, 憲章烈祖。則太祖定制與世祖聖諭, 正宜仰稽而效法者。”；“世祖天縱聰明，繼統之後二十年間勵精圖治，孜孜問學，其英謨睿斷，誠有非前代帝王所能及者。”；“乞敕下都察院，查照嘉靖初年所定憲綱事理，再加申飭，秉持公論，振揚風紀，以佐皇上明作勵精之治，庶體統正，朝廷尊，而下有法守矣。”
談遷：“厘革積習，誠雄主也”；“以嚴馭吏、以寬治民；以經術為師，以法律為輔；以嚴明修內治，以安靜治邊防。”
毛澤東：“煉丹修道，昏庸老朽，坐了四十幾年天下，就是不辦事”。
孟森：嘉靖迷信方術，用事之臣都靠迎合邀寵得幸，全國正直之士被壓抑打擊，官僚士大夫的風氣、習尚就此大大惡變。士風敗壞，壹代政治也就沒有希望了。
蔔鍵：“嘉靖朝思想、文化走向繁榮，出現了大批傑出人物和優秀作品。世宗既有倡導引領之力，又有寬容和保護之功”；“家國牽羈，六趣牽纏，世宗的生命旅程因之錯綜蕪雜，也因之增色減色，因之充滿希望與失落，充滿追求與幻滅，充滿期待，也不乏惆悵。”；“要之，這是壹位稟賦甚高的帝王，是壹個學者化的皇帝，壹個有責任心、敢擔當的君主。世宗人品端正，才情卓著，只是多走了些人生和治國的彎路。”
毛佩琦：“實際上在我們看來，明世宗嘉靖皇帝在整個明朝17個皇帝中，他是應該有作為的皇帝，他上朝不久就發動了壹個大禮儀。用現在的話可以說是政治運動吧，這個大禮儀把朝廷上下的官員全部牽扯進去了。”
當年明月：他是明代有史以來最為聰明的皇帝，在明代的十幾位皇帝中間，如果要按智商水平排序，他至少在第三名，他的聰明，絲毫不比朱元璋差，而且非常狡猾，也善於控制大局；嘉靖白天是在潛心修道，晚上他在改奏章，這是他能控制群臣的關鍵。晚上改奏章直到淩晨五點，他才躺下睡壹會兒，他決不放過任何壹個控制群臣的機會。自古以來做皇帝的是有蠢人，但明代沒有蠢皇帝，嘉靖修道是為了多活兩年，因為他掌握了做皇帝的規律，沒有人能動搖他，這是修道的根本。
王家範：“嘉靖帝相信方術到入迷的地步，以至走火入魔。”。 “嘉靖修齋孤居而不忘獨斷朝綱，與其說是“無為”，不如說深得法家之刻薄陰狠，將帝制的專橫發揮到了極致。”
陳寶國：“這個皇帝很有意思，他不穿龍袍，不上朝，但朝中所有的事情都知道，還牢牢把握著軍權和兵權；我在戲裏幾乎沒坐過龍椅，跟《漢武大帝》太不壹樣了，這個皇帝很另類。”