專項資金主要支持中央組織科研院所（不含轉制為企業的原中央級科研院所）科技基礎性工作的開展，主要包括：
（壹）基礎數據類：對科技、經濟與社會發展具有重要影響的基本科技數據與資料的采集、鑒定、分析和積累等方面的工作。
（二）基礎標準類：對經濟與社會發展具有重要作用的國家基礎標準和計量、檢測體系維護更新等方面的工作。
（三）種質資源類：對科技及其產業發展具有重要意義及具有我國自然、地理與人文資源特色的動物、植物、微生物等種質資源及各類標（樣）本的采集、鑒定、分析和保存等方面的工作。
（四）其他有關科技基礎性工作。第五條 專項資金的支持方式
專項資金按照批準的項目（任務）采取壹次性補助的支持方式；每個項目的支持額度為30～500萬元；支持額度大的項目，要嚴格控制數量。第六條 專項資金的支出範圍
專項資金的支出範圍包括項目費和組織管理費。項目費主要用於開展科技基礎性工作發生的相關支出，主要包括：原材料及標（樣）本購置費、小型儀器設備購置費及相關業務費等，項目費由項目（任務）承擔單位管理和使用；組織管理費主要用於開燕尾服項目評審（評議）、監督檢查等工作發生的支出，支出預算經財政部核定後，由科技部具體管理和使用。第七條 科技部根據國家科技、經濟與社會發展規劃和科技發展的需要，結合國家財力可能，制定並發布年度《中央級科研院所科技基礎性工作專項資金支持重點》。第八條 項目的申報
（壹）申報的項目必須符合本辦法有關規定，並經過科學論證。
（二）專項資金壹般每年申報壹次。各單位根據科技部發布的《中央級科研院所科技基礎性工作專項資金重點》的要求，按規定的時間和要求填寫《中央級科研院所科技基礎性工作專項資金項目申報書》報送科技部。第九條 項目的審批
（壹）科技部組織專家對申報項目以評審或評議方式進行審查，對專項資金項目及其預算提出意見。
（二）科技部根據評審（評議）意見進行綜合平衡，並會同財政部審定專項資金的支持項目及其預算後，由科技部向科研院所下達專項資金通知。
（三）經批準的項目及其預算壹般不作調整，如有特殊情況確需進行調整時，應按規定的程序重新報批。第十條 項目經費的撥付
專項資金項目及其預算確定後，由科技部將資金撥付到項目承擔單位。第十壹條 由專項資金形成的資產屬國有資產，由項目承擔單位行使使用權。第十二條 項目形成的成果屬國家所有。項目完成後，項目承擔單位應及時總結、驗收。適宜公開的成果應以適當方式向社會公布並為社會***享。特殊項目成果的管理按國家有關規定執行。第十三條 項目承擔單位對項目及其資金的使用與管理。
（壹）承擔單位根據確定的當年支持項目及其預算，制定科技基礎性工作項目實施計劃，嚴格組織管理，並為項目的實施提供必要的條件。
（二）專項資金要與其它資金來源統籌安排，單獨立項核算。
（三）專項資金的使用與管理要嚴格執行國家有關財務制度規定，項目承擔單位財務部門要加強監督檢查，做到專款專用。
（四）項目承擔單位應當按照要求及時向科技部報送年度專項資金使用情況及項目完成情況的總結報告。總結報告將作為以後年度申報專項資金項目資格審查的重要依據。第十四條 專項資金管理部門對項目及資金的監督檢查
（壹）科技部、財政部對項目的工作進展、項目資金的使用管理情況進行定期或不定期的監督檢查。
（二）對弄虛作假、截留、挪用和擠占專項資金等違反財經紀律和財務制度的行為，科技部將收回部分或全部資金，並根據情況采取取消申報單位以後年度的專項資金申報資格等措施。
（三）項目（任務）因故中止，科技部將根據具體情況收回部分或全部資金。