吳教授的學術貢獻主要有三：壹是推導出我國利用外資與經濟增長的模型，二是提出檢驗“三資企業”績效的指標和方法，三是從咨詢實踐中摸索出能改善本土企業效益的“全能管理模式”。他的碩士論文和另壹篇力作分別獲得中國中青年經濟學家第二屆（1985）和第三屆（1989）論文征文優秀論文獎，博士論文雙獲廣東省高教委和經濟學會論著壹等獎（1998）；其科研活動曾獲海外嶺南基金、富布萊特基金、中英科技基金、中歐教育基金、法國社科基金和香港科技大學基金資助。
近年來，吳教授致力於對民營企業自身及其內化的理論研究和咨詢支持，先後創辦了“中山大學管理論壇”、“中山大學管理沙龍”、“中山大學教授－經理研究會”和“中大管理咨詢中心”，為中山大學服務社會和管理學院開辟“第二課堂”做出有益的嘗試。吳教授正嘗試在科研、教學和咨詢三結合的過程中，探索培養企業家和職業經理人的新路，為MBA和EMBA教育盡早本土化添磚加瓦。
吳能全教授主要研究成果：
專著、譯著及主編書籍
1、《中國特區對地區社會經濟的影響》 黑龍江人民出版社 （1989）
2、《國際企業經營》 中山大學出版社 （1989）
3、《珠江三角洲經濟》 中山大學出版社 （1993）
4、《中日管理比較研究》 中山大學出版社 （1995）
5、《廣東三資企業績效分析》 中山大學出版社 （1995）
6、《經濟行為與制度（新制度經濟學）》 商務印書館 （1996）
7、《升遷捷徑：15個秘訣》 中山大學出版社 （1996）
8、《從面試到經理》 中山大學出版社 （1999）
9、《當代中國工商管理案例研究》 中國人民大學出版社
重要期刊雜誌發表論文
1、《利用外資與經濟增長》中大學報（1983/3） 2、《我國利用外資的理論根據與客觀依據》中大研究生學刊（1983/4） 3、《國際投資的幾種新形式》世界經濟譯叢（1983/5） 4、《試析當前我國利用外資存在的兩大問題》經濟研究參考資料（1984/132） 5、《南朝鮮馬山工業區》港澳經濟（1984/5） 6、《南朝鮮褵裏工業區》港澳經濟（1984/6） 7、《經濟特區大規模調查研究簡介》港澳經濟（1985/6） 8、《香農自由區》世界經濟研究（1985/2） 9、《香港與內地貿易時間序列分析》港澳經濟（1985/1） 10、《35個合營企業的經濟效果分析》經濟研究資料（1985/3） 11、《深圳華為科技工業園的經濟政策》港澳經濟（1985/5） 12、《深圳特區國有企業的改革建議》港澳經濟（1987/2） 13、《略論價格改革》價格月刊（1988/1） 14、《也論我國經濟體制改革的目標模式》理論研究（1988/6） 15、《論中國的國際收支管理》中山大學學報（1989/4） 16、《“三資企業管理”講座》亞太經濟（1990/1-4） 17、《如何將市場經濟決定變成行動》技術經濟與現代化管理（1993/1） 18、《跨國公司的壹般經營特征》國內經濟管理（1993/1） 19、《廣東中外合資企業管理特征分析》中山大學學報（1993/2） 20、《跨國公司內部定價策略》財會通訊（1993/6） 21、《國際企業營銷》現代企業（1994/1-2） 22、《跨國公司的外匯風險和納稅對策》財會通訊（1995/1） 23、《廣東三資企業的投資來源的國別比較》廣東發展導刊（1995/3） 24、《廣東三資企業管理調查頻數分析》管理現代化（1995/3） 25、《試論我國的經濟增長模型》南開經濟研究（1995/5） 26、《對廣東三資企業投資環境的調查分析》南方經濟（1995/6） 27、《香港回歸前關於中產階級的分析》現代與傳統（1995/2） 28、《體制改革與傳統文化》開放雜誌（1995/6） 29、《廣東三資企業的績效比較分析》南方經濟（1995/10） 30、《廣東發展信息產業的作用、影響、問題和建議》南方經濟（1998/5） 31、《民營企業發展中的解釋問題能被解決問題替代嗎?---與孫早、魯政委商榷》 學術研究（2003/9） 32、《漸近主義的管理制度創新—廣州市珠江啤酒集團公司經驗》當代中國工商管理案 例研究(第二輯) 中國人民大學出版社2003 33、《麥當勞全球化擴展與品牌信息化競爭力研究》商訊商業經濟文薈（2004/1） 34、《交易的演進與規制——交易費用經濟學、網絡理論、比較制度的分析路徑之 比較研究》上海經濟研究（2004/4） 35、《論水權的起源及其管理》學術研究（2004/5） 36、《廣東經濟增長中的教育因素貢獻分析》南方經濟（2004/10） 37、《論模塊化思想在現代企業組織中的應用》財經科學（2005/4） 38、《國企經營者選拔機制如何突破“鎖定”狀態》中國人力資源開發（2005/4 39、《人力資本所有權歸屬的界定及其效率分析》生產力研究（2005/5） 40、《從壹個糧食收購案例看三方契約的自我履行》南方經濟（2005/6） 41、《民營企業成長需要什麽樣的商會》廣東民營經濟藍皮書（論文集） 廣東經濟出版社2005 42、《企業人力資源投資和管理政策的戰略選擇》現代管理科學（2006/2） 43、《做企業真的這麽累嗎》銷售與市場（2006/3） 44、《糧食宏觀調控中的信息及激勵》中山大學學報（社會科學）（2006/3） 45、《從適應性角度看勝任素質模型的構建與運用》中國人力資源開發（2006/4） 46、《“海氏測評法”運用中的問題及解決策略》現代管理科學 47、《基礎能力是我們的短板》銷售與市場（2006/4） 48、《某廣播電視臺薪酬體系問題分析及解決策略》中國人力資源開發（2006/5） 59、《中間組織的起源及比較優勢-壹個新的理論分析框架》財經科學（2006/5） 50、《論重視對非正式組織的管理》現代管理科學（2006/5） 51、《企業文化形成機制-對我國民營企業的啟示》現代管理科學（2006/5） 52、《誤區規避與自身修煉》銷售與市場（2006/5） 53、《整合流程管理-壹種贏得客戶的新式方略》西安郵電學院學報（2006/6） 54、《從資源驅動到想象驅動》銷售與市場（2006/7） 55、《企業模塊化思想研究述評》科學管理研究（2006/7） 56、《金融衍生工具的信息披露與風險管理-中航油內控失效的再思考》改革與戰略（2006/7） 57、《小足球拉動大營銷》銷售與市場（2006/8） 58、《個人組織價值觀匹配對組織承諾的影響－不同所有制企業的差異》 商業經濟與管理（2006/12） 59、《企業人力資源管理的主要對象資源》現代管理科學（2007/1） 60、《大股東掠奪行為與國有上市公司治理》當代經濟管理（2007/4） 61、《跨國公司如何塑造企業文化》當代企業家（2007/9）
62、《我國飲用水供水產業引進私人資本相關思考》環境保護（2007/2）
63、《論廣東民營企業成長中的管理創新》廣東民營經濟藍皮書（論文集） 廣東經濟出版社2007
64、《自然壟斷產業國有企業壟斷經營的弊端及其改革》）現代管理科學（2008/1）
65、《組織文化形成強弱的影響因素—不同所有制企業的比較研究》科學學與科學技術管理（2008/6）
64、《企業跨部門溝通的障礙與對策》現代管理科學（2008/6）
65、《突破企業傳統培訓學校的新模式—行動學習》現代管理科學（2008/7）
66、《基於組織嵌入視角的企業知識員工管理》北京工業大學學報（社科版2008/4）
67、《行動學習法在流程優化項目中的應用研究》中國人力資源開發（2008/7）
68、《集團以少勝多—企業文化融入與推廣》中山大學管理案例研究（2007）2008出版
69、《組織文化的定義與研究方法綜述》經濟管理（2009/4）
70、《跨國公司人力資源政策與實踐的轉移理論述評》北京師範大學（2009/增刊）
71、《人口統計特征對組織承諾的影響研究》當代經濟管理（2009/1）
72、《企業性質探討》當代經濟管理（2009/6）
73、《勝任力模型開發新法初探》中國人才（2009/13）
74、《組織文化形成途徑—我國中小型民營企業的跨案例研究》管理世界（2009增刊）
75、《財政交易、意識形態約束與激進公有化：中國1950年代的政治經濟學》經濟研究（2010/2）
76、《組織績效管理水平的測量、評分和分析》中國人力資源開發（2010/1）
77、《多業務單元企業的知識傳承研究》中國人力資源開發（2010/2）
78、《管理學視角下的隱顯知識分類批評》產經評論（2010/6）