1958年，他在上海國棉十七廠做畢業論文時，研制出水溶性纖維素醚羧甲基纖維素（CMC），為後來國家提出的“工業用無紋”和“紡織上漿用無紋”提供了壹種選擇漿料的途徑。
上世紀60年代，滌棉混紡織物“滌綸”剛開發出來時，織機效率只有30%左右，壹等品率只有15%，無法正常生產。周永元等人在上海國棉二廠開發了玉米澱粉+PVA+CMC的混合漿粕，使織機效率提高到70%以上，壹等品下機率提高到60%以上，使我國滌棉混紡織物產品得以正常生產。這個上漿公式至今仍在使用。
20世紀80年代，周永元在1981和1982年全國紡織經紗上漿經驗交流會上率先提出“變性澱粉漿料”。從65438到0984，周永元課題組研發的“氧化澱粉漿料”通過湖北省紡織工業局鑒定並在沙市投產，取得了良好的效果和經濟效益。也是國內首個“氧化澱粉漿料”商品，獲沙市科技成果二等獎。目前，氧化澱粉漿料已成為中國最常用的漿料之壹。
“六五”期間，周永元課題組參與了由廣西化纖研究所和南寧有機化工廠共同承擔的“六五”國家重點項目“木薯綜合利用”研究。周永元提議以木薯澱粉為原料，以醋酸乙烯酯為變性劑制成澱粉醋酸酯，可作為經紗上漿的漿料。該項目於1986通過了國家科委的鑒定，並由廣西化纖研究所轉移到廣西橫縣澱粉廠進行生產，它也成為中國常用的紙漿之壹。
20世紀90年代，周永元課題組開始研究“接枝變性澱粉漿料”，被稱為第三代變性澱粉。經過多年的研究，解決了四項關鍵技術，使所用的化學材料和接枝工藝能夠實現實際生產，並分別通過了江蘇省和四川省科委和計委的1995鑒定。這種漿料可以高比例使用，以滿足高檔紡織品織造生產的需要，並且化學合成漿料的使用可以顯著減少。經鑒定，該成果達到國際先進水平，填補了國內空白，並在四川射洪嘉豪化工有限公司生產，取得良好效益，獲得四川省人民政府頒發的1995、1996優秀產品二等獎。
近40年來，周永元先後在全國10多個省市進行了40多次學術講座和系統研修班，並經常在全國經紗上漿和漿紗研討會上發布相關信息，為科研成果的推廣應用做出了不懈努力。
此外，周永元在1992中與珠海的企業合作開發的微生化纖維也取得了良好的社會效益和經濟效益，並在1995中獲得廣東省科技進步二等獎。從65438到0960，周永元為紡織專業本科生開設了“漿紗”課程，並編寫了“漿紗”講義。這是全國紡織院校開設的第壹門漿紗專業課，講座結束後被許多紡織院校采用。1964年，周永元編著《機織上漿》壹書，由中國財政經濟出版社出版。經過多年的教學和研究，他在1985撰寫出版了第二部專著《漿料化學與物理》，由紡織工業出版社出版。本書出版後被紡織行業廣泛引用，被全國紡織院校選為專業教材，並以1990獲紡織工業部優秀紡織科技圖書二等獎。此後，周永元在總結教學科研院所40多年積累的資料和經驗的基礎上，編寫了《紡織上漿》壹書，由中國紡織出版社於2004年出版。本書已被紡織工業和紙漿生產的精細化工行業廣泛使用，並被用作國家“紡織上漿和漿紗高級培訓班”的教材。
他還參與主編了教材《紡織加工化學》，由中國紡織出版社出版，編號為1996。他負責撰寫第六章和第七章。
周永元從1985開始指導碩士生，從1991開始指導博士生。有12名研究生和5名博士生已經畢業並正在指導。20世紀90年代初，周永元進入1985學校部並主持學校行政工作後，堅持改革開放，對紡織高等教育進行了多方面的改革。當時，他十分註重學校內部管理體制的改革和教師隊伍的建設，特別是青年教師隊伍的建設。這些改革措施得到了上級部門的肯定和表揚。他多次在上海高校和全國紡織高校書記、校長會議上作專題報告，這也使中國紡織大學成為全國高校教師管理研究會副會長單位。
1979年7月，中國紡織大學校園裏發生了壹起中外學生打架事件。從那以後，學校吸取了教訓。周永源從65438到0990擔任中國紡織大學校長後，他堅持前任校長的正確政策，非常重視加強與國際學生的定期對話和聯系制度。在國際學生事務部的共同努力下，學校與國際學生的關系得到了很大改善，許多國際學生畢業後仍與母校保持聯系。後來，學校能夠成立進出口公司並與非洲開展貿易，這是壹些非洲學生努力工作的結果。壹些留學生也為中國與壹些非洲國家的友好關系發揮了很好的作用。該校留學生工作多次得到中央領導同誌肯定和國家教委表彰。
1990 11-1995 1，周永元擔任中國紡織大學校長時，正巧中國紡織業受到很大損失，當時學校的教育經費非常緊張。然而，為了改革教育，教師隊伍必須穩定。他意識到在這種情況下，他必須改變自己的想法並依靠社會。他主動結識了壹批海內外校友和紡織企業家，結交了壹批朋友。近年來，學校收到國內外校友和朋友的各種捐贈折合人民幣4300萬元，為學校發展發揮了積極作用。他還加強了與世界壹流紡織機械公司的合作和聯系，並獲得了他們捐贈的壹批先進紡織機械，以充實學校的專業實驗室。周永元還積極爭取並順利完成了兩筆世界銀行貸款（550萬美元和654.38+0萬美元）的申報、審批和實施工作。這些設備和相關人才培養對提高中國紡織大學的教育和科研水平發揮了重要作用，後壹筆貸款使學校成為國家重點實驗室。
在周永元擔任校長期間，他還為中國紡織大學進入國家“211項目”做了壹系列準備工作。他多次與國家教委領導及有關部門聯系，多次向紡織處領導申請“211工程”工作計劃，使東華大學成為上海較早進入國家教委“211工程”建設計劃的高等院校之壹，促進了學校的建設和發展。