要征服天宇，預示著五院翻天覆地的改革，如果說，“三個令”在五院引起了震動，那麽徐福祥在五院推出的院本部實體化改革、科研生產組織結構調整與運行機制改革、軍民分線改革、三項制度改革、財經管理體制改革等接二連三，把五院推上了在國際競爭的新舞臺。改革家是要冒風險的，徐福祥憑著“定征天宇刺蒼穹”的豪情壯誌，把個人的名利置之度外，他堅信：壹個人的是非功過歷史自有評判。
進入二十壹世紀的第壹年即2000年，五院啟動了經航天科技集團公司批準的《五院本級實體化改造實施方案》，正式遷址位於北京西山腳下的唐家嶺，在院本級形成總體、總裝、整星（船）測試、試驗壹體化的啞鈴型航天型號研制體系，由院本部直接完成航天型號的總體設計和系統集成。更加凸顯了中國空間技術以預先研究、設計、制造、測試為壹體的現代化的航天品制造產業集團形象。壹個初具規模的中國航天城在這裏誕生了，這也是徐福祥壹生中引為自豪的壹項大工程，為中國衛星制造業闊步前進奠定了基礎。航天城已是綠樹成蔭，航天城的居民也從原來的單身臨時住戶發展到今天有幾百家住戶的航天小社區。
這是徐福祥在院本級實體化改革同時的又壹個大手筆。他帶領五院的壹班人，分析了國際國內航天領域的巨大變化。全球經濟壹體化、產業化運作越來越深入地影響著我國空間技術及其市場的發展的形勢，他感到應把五院已經初步具備產業化條件的小型衛星項目推向市場。2001年經集團公司批準，五院控股成立了航天東方紅衛星有限公司，時任國務院副總理的吳邦國親自發來賀信表示祝賀。小衛星生產及其應用作為航天領域重要的高新技術產業，已真正地走上技術、市場和資本有機結合的商業化動作和產業化發展的道路，不僅已成為國內小衛星的競爭強手，還在國際市場上找到了多家合作夥伴。尼日利亞、委內瑞拉等國家正在與我院密切合作，徐福祥現任尼日利亞、委內瑞拉兩顆國際合作衛星的工程總師。
1999年徐福祥靈動的悟性又壹次閃爍。他發現在以往航天器的多次搭載項目中，成果是明顯的，但又都是壹次性的，於是他考慮到該項目有可能發展成為航天技術軍轉民的壹大產業。經過壹番醞釀，他利用正在重新整合的三產總公司，開辟了壹個主要面對航天搭載技術又與當今熱門的生物工程相關的研究機構，並且引進了高級人才，2002年正式成立了中國空間生物試驗室。該試驗室研究出多項成果，僅“天曲益脂康”壹項2005年銷售額就達2個多億；利用空間誘變育種及微生物發酵制備“輔酶Q10”項目取得較大進展；國防科工委的軍轉民項目“利用航天技術制備富硒紅曲”完成驗收，獲得好評。這個試驗室已經引起了集團公司和國防科工委的高度重視，具有廣闊的發展前景。當前五院已完成空間生物實驗室中期擴建及新項目規劃。而派生出的分子生物實驗室也已進入籌建階段，與此相關聯的航天搭載機理研究也提出了項目計劃，並獲得了國家及集團公司的大力支持。這壹切所反映的除了衛星、飛船、市場、掌聲、鮮花以外，同時我們也能看到作為壹位優秀領導者——徐福祥的高瞻遠矚和雄才大略。
改革是痛苦的，改革是艱難的，然而改革給五院帶來的成果也在壹步步地實踐著，隨著歲月的流逝，該成熟的自會飽滿起來。