早在1956，我校就開始了軍事衛生與預防醫學的教學與研究。
1973第壹軍醫大學在基礎部建立了熱療醫學實驗室和瘧疾免疫實驗室。
65438-0993第壹軍醫大學熱帶醫學研究所是在原基礎教育部瘧疾免疫實驗室和熱療醫學實驗室的基礎上成立的。基礎教育部部長耿仁文教授擔任主任，邱教授和教授擔任副主任。
從65438到0996，基礎教育部流行病學、寄生蟲學和軍隊衛生學教研室聯合組建了新的熱帶醫學研究所，俞守義教授任所長，李明教授任副所長。
1999 9月，學校根據軍事鬥爭準備和學科內涵建設需要，將學校基礎部微生物教研室、衛生統計學教研室、衛生勤務教研室、防化醫學教研室、分子免疫研究所等院系合並為熱帶醫學學院，成立第壹軍醫大學熱帶陸軍衛生系， 以陳黎明教授為主任，尹智國教授為政委，鄒飛教授和李明教授為副主任。
18 2003年4月，以軍隊衛生學教研室為基礎，成立了營養與食品衛生學教研室、環境衛生學教研室和衛生毒理學教研室，並將職業衛生與職業病教研室從高溫醫學研究室中分離出來。
2003年6月24日，第壹軍醫大學熱帶軍事衛生系領導班子進行了調整，鄒飛教授為主任，尹智國為政委，李銘教授和許建軍副教授為副主任。
2004年8月24日，根據中央軍委命令，第壹軍醫大學由軍隊序列劃轉廣東省管理，更名為南方醫科大學。
2005年6月6日，南方醫科大學公共衛生與熱帶醫學院在第壹軍醫大學熱帶軍事衛生系的基礎上成立，鄒飛教授任院長，邱副教授任黨委書記。
2006年3月15日，根據校黨委決定，對學院領導班子進行了調整，鄒飛教授任中共公共衛生與熱帶醫學院黨委副書記、院長。
2006年8月23日，根據學校黨委的決定，馮小虎被任命為公共衛生與熱帶醫學學院黨委書記。公共管理學院並入公共衛生與熱帶醫學學院，學生由學校統籌管理。
2007年4月24日，陳和萬被任命為公共衛生與熱帶醫學院黨委委員、副院長。