（壹）從根本上解決了財政資金多環節撥付、多頭管理、多戶頭存放的弊端，提高了財政資金使用效益
過去單位用款計劃批準後，國庫要壹次將資金撥入單位銀行賬戶，壹方面形成財政資金結余多戶頭分散存放，另壹方面卻造成國庫資金不足，調度困難。實行國庫集中支付後，實現了單位用款計劃與資金撥付相分離，使單位形成的結余體現為用款計劃指標結余，而實際資金結余卻在國庫或國庫集中支付專戶。從陜西省2001年4月份的實際數據看，省級國庫向會計中心集中支付專戶撥款數占實際用款計劃的57%，財政可緩撥經費達43%，較以前國庫結余資金增加7677萬元，加上會計中心集中支付專戶資金余額，實際增加國庫結余資金9533萬元，占用款計劃數的53%。
（二）降低了財政資金運行成本
首先，實行國庫集中支付後，單位未使用資金全部結余在國庫，可減少短期借款或發行國債數量。其次，由過去向多個戶頭撥款變為向壹個戶頭撥款，大大減少了在途資金量，從而降低了財政資金運行成本。從陜西省2001年4月實行國庫集中支付制度的運行結果來看，國庫實際撥款次數僅7次，而在實施前，國庫每月要對170多個賬戶開出撥款憑證300多張。
（三）強化了財政預算的執行，推進了部門預算改革步伐
過去是將資金直接撥入預算單位銀行賬戶，而單位是否按既定的預算執行，執行進度如何，只能在事後檢查監督，容易形成預算和執行兩張皮。2013年每筆支出都處應在相預算指標控制之下，財政可隨時掌握各項預算的實際支出進度，為制定更加合理的部門預算提供準確資料。
（四）真實反映了財政資金的實際支出數，使財政部門對財經形勢做出及時、準確的判斷
按現行總預算會計制度的規定，財政資金的支出數以財政撥款數列報支出。由於財政資金是層層下撥，而單位往往是先把資金要到自己賬戶上後才開展業務，造成大量資金分散於各部門、各單位在商業銀行的賬戶上，各項支出的實際形成有壹定的滯後期，財政總預算列報的支出並不反映財政資金的實際支出數，而且兩者差距很大。財政部門和中央銀行無法全面了解整個財政資金的運轉狀況，給財政預算編制等項工作帶來壹定困難，甚至造成資金的浪費。實行國庫集中支付後，財政總預算支出和單位支出實際上是同時形成的，財政總預算支出能真實反映財政資金的實際支出數，有利於財政部門對財經形勢做出及時、準確的判斷。
（五）有效防止了對財政資金的擠占、挪用和截留，從源頭上預防和遏制了腐敗
實行國庫集中支付後，所有財政資金不再預撥到預算單位賬戶，在預算執行前就對其進行審核，結余都以指標體現，所以擠占、挪用和截留財政資金的可能性大大降低，特別是截留財政資金已不可能。由於預算單位每筆支出均要通過財政的審核，隨著部門預算改革的實施，預算更加細化，從而起到預防和遏制腐敗的作用。
（六）提高了資金到位速度
實行國庫集中支付制度後，對各預算單位來說，省去了國庫向單位撥款程序，國庫處批準單位用款計劃後，直接通過電子網絡傳送到會計中心，會計中心收到用款計劃，單位即可使用資金，可提前資金到位時間3—5天。