項目單位要牢固樹立科學發展觀和正確政績觀，統籌好當前發展和長遠發展的關系，做好財務管理和資金使用工作，帶頭執行財經紀律，不侵占、挪用財政專項資金，切實做到依法行政，依法管錢、用錢。以《財政違法行為處罰條例》宣傳為契機，轉變專項資金管理理念，提高對加強專項資金管理重要性的認識。
健全和完善專項資金管理制度。
建立健全對所有項目主體既有約束又有獎懲的科學激勵約束機制。專項資金的範圍、預算編制和執行、項目方式、支出範圍標準、績效預算管理、項目監督機制、獎懲措施等相關專項資金將通過制度化形式確定。建立從政策控制、過程控制到效率控制的支出控制機制。頒布財政專項資金管理條例，確定總體原則；在此基礎上，制定具體項目資金的具體管理辦法，壹個專項資金壹個管理辦法，構建較為完善的專項資金管理制度框架，確保專項資金監督管理有制度可依。
（三）創新專項資金財務監管方式。
壹是建立兩級金融監督管理聯席會議制度。建立以發展改革委、財政、審計、監察等部門為主體參與的專項資金項目財政監督管理聯席會議制度，各行業主管部門有項目第壹時間參與，定期通報掌握的項目信息，解決部門協調中存在的問題，便於各部門及時調整工作方向，避免出現項目多報的情況。同時，在財務部門內部，建立各職能股室共同參與的財務監管聯席工作會議制度，定期通報各自掌握的項目資金使用管理情況，加強項目資金事前事中監控，提高資金使用效率。二是堅持日常監管與專項檢查相結合，實施事前、事中、事後全過程監控。財政部門應改變過去的事後財政監管模式，將監管重點轉移到事前和事中，創新檢查模式，建立內部監督機制，明確各自的監管職責，以達到有效監控的目的。三是依托金財工程，實現賬目在線審核，更新監管手段，采用先進的監督管理方式，實現專項資金從資金撥付、使用、決算、績效評價的全過程監管。
（四）做好財政支出績效評價。
壹是積極開展財政專項資金績效評價，對資金使用實行“跟蹤問效”，進壹步明確管理部門和使用單位的職責，核實和考核預算分配目標完成情況，確保資金安全，提高資金使用效率，提高資金分配的科學性和有效性。二是建立健全績效評價體系。要求項目承辦單位在規定期限內向主管部門書面報告資金使用情況，主管部門匯總後上報財政部門。財政部門和主管部門應當結合項目決算和驗收情況，建立健全財政專項資金績效評價制度和績效評價檔案，提高財政監督的技術含量和工作效率。通過制定相關指標和標準，對項目進行抽樣評估，對承擔單位進行量化評分，為今後專項資金管理提供了可靠依據。三是加強評價結論即評價等次的應用，將部門預算安排與評價等次掛鉤。對績效結果優秀的，優先安排預算，給予重點支持；對績效較差的，暫停安排資金，停止已安排資金的撥付，實現資金安排與績效真正掛鉤。