學生創業中心管理服務中心以正規化公司制經營，設立六個部門：
行政部：負責制定創業中心各類規章制度；管理學生創業中心的財產物資及網絡平臺；管理檔案、編訂年冊；管理日常開支、統計學生創業中心入駐公司財務量化信息等。
人事部：負責建立健全學生管理服務中心人力資源管理制度包括招聘、培訓、績效考評、獎懲制度及人員調動，並負責中心員工成長體系，以及中心的企業文化建設。
咨詢部：對進駐學生創業中心的各公司進行業務及運營的監督管理與服務；以壹學年為周期開展各類課題的創業教育調研；為所有有誌於創業的大學生提供創業咨詢。
市場部：負責為學生創業中心爭取並提供更多更好的校內和校外的資源，聯系並邀請企業家和創業者參加創業沙龍，創業課程，財經熱點討論等活動，並負責對外走訪，市場調研，信息反饋及各類社會資源和沙龍會員維護
企宣部：負責中心CIS系統（企業形象識別系統）的建立維護，對中心各項品牌活動進行包裝及宣傳推廣；撰寫宣傳文案、制作海報視頻等宣傳用品、活動主持、後期新聞稿發布、公***網絡平臺管理、媒體及各高校相關組織間的聯絡及公***關系維護。
公關部：負責為學生創業中心爭取並提供更多更好的校內和校外的嘉賓資源，聯系並邀請創業者和企業家參加創業沙龍、創業課程、財經熱點討論等活動；負責中心品牌活動之壹——節目錄制工作；維護中心與校內各大學生組織及七校關系；負責媒體、主持的統籌與管理工作以及在各項活動中協調各部門關系；負責沙龍會員維護。