除財政部、國家稅務總局特殊規定外，簡易征收項目（含“營改增”簡易征收項目）可開具增值稅專用發票。自開票納稅人可自行開具增值稅專用發票，小規模納稅人可向主管稅務機關申請代開增值稅專用發票。
只要妳將成本中用於簡易項目和適用稅率分開核算，適用稅率部分的成本取得專用發票認證通過後均可以抵扣。比如，建築業的新老項目，還有增值稅條例下的適用簡易征收的貨物等等都是分開核算就可以。會計上嚴格按照財會〔2016〕22號新規即可。
同時也需要註意，有部分項目不得抵扣。
目前財政部、國家稅務總局特殊規定不得開具增值稅專用發票的簡易征收項目
1、壹般納稅人銷售自己使用過的固定資產，凡根據財稅〔2008〕170號和財稅〔2009〕9號、財稅201457號等文件規定，適用按簡易辦法依3%征收率減按2%征收增值稅政策的，應開具普通發票，不得開具增值稅專用發票。?
附註：根據國家稅務總局公告2015年第90號文件規定，納稅人銷售自己使用過的固定資產，適用簡易辦法依照3%征收率減按2%征收增值稅政策的，可以放棄減稅，按照簡易辦法依照3%征收率繳納增值稅，並可以開具增值稅專用發票。
2、小規模納稅人銷售自己使用過的固定資產，應開具普通發票，不得由稅務機關代開增值稅專用發票。
3、納稅人銷售舊貨，應開具普通發票，不得自行開具或者由稅務機關代開增值稅專用發票。
4、壹般納稅人的單采血漿站銷售非臨床用人體血液，可以按照簡易辦法依照3%征收率計算應納稅額，但不得對外開具增值稅專用發票（國稅函〔2009〕456號）。
擴展資料：
壹、憑證條件
稅法規定的扣稅憑證有：增值稅專用發票，海關完稅憑證，免稅農產品的收購發票或銷售發票，貨物運輸業統壹發票（或者部分實施“營改增”地區的運輸業增值稅發票）。
另外，根據財稅[2012]15號通知，自2011年12月1日起，增值稅納稅人購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用以及繳納的技術維護費(以下稱二項費用)可在增值稅應納稅額中全額抵減。因此，取得購入增值稅稅控系統增值稅專用發票以及稅控軟件維護費的地稅發票也可以抵扣。
二、時間條件
壹般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票以及其他需要認證抵扣的發票，必須自該專用發票開具之日起180日內認證，否則，不予抵扣進項稅額。
進口貨物：壹般納稅人取得海關完稅憑證，應當在開具之日起90日內後的第壹個納稅申報期結束以前向主管稅務機關申報抵扣，逾期不得抵扣進項稅額；
壹般納稅人取得2010年1月1日以後開具的海關收款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》申請稽核比對，實行“先比對後抵扣”。納稅人取得2009年12月31日以前開具的增值稅扣稅憑證，仍按原規定執行。
小規模納稅人不允許抵扣。
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