抗日戰爭勝利後，國民黨發動內戰，昆明市學生掀起反內戰、爭和平，反獨裁，爭民主的鬥爭，蔣介石指使雲南軍警血腥鎮壓，制造了震驚中外的“壹二壹”慘案，激起全國人民的憤怒反抗。馬慧積極參加運動，到街頭書寫和張貼標語，揭露國民黨的法西斯行徑。
民國36年(1947)11月，中***雲南省工委派馬慧回蒙自工作。37年(1948)擔任蒙自縣委副書記，以蒙自文瀾小學校長的公開職務為掩護，開展革命活動，其間，利用其父馬伯周的上層關系和在蒙自的影響，安排壹批中***雲南省工委和滇南工委派來蒙自工作的幹部到蒙自城鄉中小學任教，以教員身份為掩護，開展革命工作。8月，國民黨軍警在蒙自搜捕***產黨員，縣委書記孔永清和壹批已暴露的幹部轉移到山區工作，馬慧接任縣委書記，繼續堅持鬥爭，發展黨、團(民青)員，建立黨團組織，利用各種機會，宣傳中國***產黨的主張，在學生中教唱革命歌曲，這些活動，引起國民黨蒙自軍政當局的註意，曾三次搜她的家，但她早有準備，敵人壹無所獲。38年(1949)7月，國民黨雲南省綏靖公署電令建水專員朱仲翔及蒙自縣長趙生白，謂“蒙自***黨負責人馬慧勢力很大，速緝拿正法”。朱到蒙自找趙並邀教育局長繆光宇會商處理，繆壹律承擔，說馬慧並非***產黨員，願“以身家性命擔保”，趙生白也以“此案查無實據”交差了事。但馬慧的處境已非常危險，遂轉移到革命根據地元江，任中***元江縣委常委、組織部長，兼任四區(豬羊街)區委書記，大多數時間在基層工作。
雲南解放後，1950年，國民黨特務策動該區原國民黨小羊街鄉鄉長劉誌敏叛亂。劉收買區人民政府文書李思麟(許以叛亂“成功”後委他為該區區長)、財經助理員王大漢為內應。1950年5月24日清晨，劉派遣壹夥叛亂分子，擁入小羊街辦事處，用匕首殺死辦事處工作人員，搶走槍支彈藥，同時，在牛街、壩木、垤霞、水龍等地殺害征糧隊員李潔清等，叛亂已成事實。在縣城開會的馬慧不知區內有變，於當天率區人民政府幹部李俊偉(又名李繡媛，女)、吳惠芬(女)、基幹隊員李家聲、縣公安隊戰士白剛、黃存元等乘船經普漂於當晚回到區政府，才得知區內出事，預感到土匪即將攻打區政府，即時作了防禦部署，深夜，土匪果然大舉進攻，叛徒李思麒、王大漢給劉誌敏打開區政府的大門，匪徒壹擁而入，區政府全體工作人員落入匪徒之手，馬慧與區長趙正剛、李俊偉等被匪徒殘酷殺害，暴屍荒野。犧牲時30歲。