(1)辦公室
負責機關會議、保密、文電、信訪、督查、政府信息公開、檔案管理和行政後勤工作；制定審計工作規劃和年度計劃；負責審計信息、統計、綜合調研等工作；管理本機構的財產和財務；聯系特別審計員；負責授權項目計劃的審核。
(2)人事部門
承擔機關及直屬單位的人事管理、機構設置、教育培訓和審計專業技術職稱評審工作；協助管理縣(市)、區審計機關負責人。
(3)法律部
負責起草審計方面的地方性法規和政府規章，參與地方金融政策法規研究，開展審計理論和方法研究；審理相關審計業務事項，承擔機關相關規範性文件的合法性審核，承擔行政復議和行政訴訟工作；組織實施審計法制宣傳教育；按照財務隸屬關系指導縣(市)、區審計機關的法制工作，依法查閱社會審計機關的相關審計報告；組織對全市審計機關的審計服務質量進行監督檢查，糾正違法違規的審計決定；負責全市內部審計機構的管理、業務指導和監督。
(4)財務審計辦公室
制定並組織實施市級預算執行和其他財政收支審計的總體方案；起草市級預算執行和其他財政收支的審計報告，向市人大常委會提出審計發現問題的整改和處理情況的報告；負責市級預算執行情況的審計；負責市財政部門、市地方稅務部門及其直屬單位的財務收支審計；負責匯總審計情況，起草市級預算執行情況的審計報告；負責對縣(市)、區政府預算執行和決算進行審計；負責市級地方稅務機關組織的市級稅收征收，縣(市)、區地稅系統的稅收征管，國庫中心支對地方預算資金收支的審計，並組織相關專項審計調查；指導全市財務審計業務。
(5)行政審計局
組織對市委機關、市人大常委會機關、CPPCC機關、市法院機關、市檢察院機關、其他與市財政有經費關系的黨組織和社會團體的財務收支進行審計；負責對市政府有關部門、直屬機構及其所屬單位的財務收支和相關專項資金進行審計；組織開展相關專項審計調查；指導全市行政審計業務。
(6)農業、資源和環境保護審計局
組織對市政府管理的農業、資源、能源和生態環境保護專項資金進行審計，並開展相關專項審計調查；負責對市政府主管部門管理和社會團體委托市政府管理的農業、林業、水利、資源、環境保護資金的征收、管理和使用情況進行審計；負責審計全市扶貧和農業綜合開發資金的分配、管理和使用情況；組織開展相關專項審計調查；指導全市農業和資源環境審計業務。
(七)固定資產投資審計辦公室。
組織對市政府投資和以市政府投資為主的建設項目的預算執行情況和決算進行審計；負責對市政府有關部門及其所屬單位的財務收支進行審計；對市重點建設項目的預算、概算執行情況和決算進行審計監督；組織對國家直接投資和融資的其他建設項目的審計監督；組織國家審計署和省審計廳授權的建設項目和施工企業的審計監督；組織對國有建築和房地產開發企業的審計監督；組織開展相關專項審計調查；指導全市固定資產投資審計業務。
(8)財務審計辦公室
承擔國家審計署和省審計廳統壹組織實施的國家政策性銀行、全國性商業銀行、國有保險公司、股份制商業銀行和非銀行金融分支機構資產負債損益審計的組織實施工作；負責對市屬地方金融機構和非銀行金融機構的資產、負債和損益進行審計；組織開展相關專項審計調查；指導全市財務審計業務。
(9)企業審計局
負責對市屬國有企業和國有控股企業的直接審計，組織對市屬國有及國有控股企業的審計；組織開展相關專項審計調查；指導全市企業審計業務。
(10)社會保障審計局
組織對市政府及其部門委托其他單位管理的社會保障資金和社會捐贈資金進行審計，開展相關專項審計調查。組織對市政府部門管理和社會團體委托市政府管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保障資金的財務收支，以及各類社會福利、救災、優撫安置和社會捐贈資金的管理和使用情況進行審計；負責對縣(市)、區人民政府管理的社會保障基金的籌集、管理和使用情況進行審計；組織開展相關專項審計調查；指導全市社會保障審計業務。
(11)利用外資審計局
組織對國際組織和外國政府貸款、援助和贈款的財務收支進行審計；向世界銀行和亞洲開發銀行提供經公證的援助和貸款項目審計報告；組織開展對國有資產占控股或主導地位的合資、合作企業和境外企業的審計；組織開展相關專項審計調查；引導全市外資利用審計業務。
黨委
負責局機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢(監察)室
負責局機關和直屬單位的紀檢(監察)工作。