首先，人為地將學生分成了三六九等，“滿足了壹部分，得罪了壹大批”。按學科大類招生後，大二或大三時按照怎樣的程序和標準將學生分流到相關專業呢？不同學校的做法雖然不盡相同，但大多高校的做法都是按照入學後的1~2年的學習成績（學分績點）排名，設定壹定比例進行分流。這樣做的結果是，成績排名靠前的“優秀學生”聚集到“熱門專業”，其他學生分流到“冷門專業”。“單純按照學習成績（學分績點）分流學生貌似公平，但卻必然導致‘冷門專業’越來越冷，學生沒興趣、老師沒幹勁，形成惡性循環。”壹所高校的學生處長這樣說道。其次，加劇了“熱門專業”與“冷門專業”之間的結構性矛盾。就財經類高校而言，在按學科大類招生後進行專業分流時，幾乎所有學生都熱衷於會計學、財務管理、金融學、審計學等少數優勢專業，而這些專業的師資力量、教育教學資源與設施等都與“蜂擁而至”的學生不相匹配，教學質量難免“偷工減料”。難怪有些財經類高校的熱門院系本科生人數多達五六千人之多，而壹些冷門院系則“門庭冷落”，如此景象也讓壹些高校“受不了了，不得不緊急剎車。第三，學生理性選擇專業只是“壹廂情願”。雖說學生經過前1~2年的學習，其對專業方向和自身專長有了更加深入的了解，確有助於其理性選擇專業，但在實際操作中，專業選擇中的從眾行為、父母包辦等現象大量存在，很少有學生真正考慮個人特質與專業職業的適配關系，高校雖也竭力加以引導，但收效甚微。學生紮堆“熱門專業”的結果，必然帶來畢業就業時“千軍萬馬擠獨木橋”的境況。第四，暗箱操作讓專業分流變為“拼爹”。按大類招生以後，每到專業分流的時候，幾乎所有的學校都感到壓力特別大，來自方方面面的幹擾很多，暗箱操作的可能性大大增加。廣東某高校的招生就業處處長介紹說，“壹些學生家長能量很大，他們的孩子入學後學習不算努力、成績卻很優秀，就是為了能夠轉入理想的專業”，正因為此，這位處長從當初按學科大類招生的“最早支持者”變成現在“最大的反對者。”廣西某高校還因此引發激烈矛盾，被學生“告”到教育部。