長子：姓名不詳，1903年夭折，不滿周歲。
次子：馬本寅，馬寅初次小的孩子。
三子：馬本初，馬寅初最小的孩子。1945年，不到19歲的馬本初自重慶大學機械系應召入伍，為駐前沿部隊的美軍陸空聯絡小組擔任翻譯。抗戰勝利後，馬本初返校學習，1948年畢業後獲得兩所美國大學的錄取通知書，但他遵從父命留在杭州。文革中，因曾加入國軍而被反復審查。
長女：馬仰班，1953年逝世。
二女：馬仰曹，後赴英國。
二女婿：是中華民國駐英國的代表，1949年後留在英國。
三女：馬仰惠，1918年生。1945年與徐湯莘在重慶結婚。中華人民***和國時期，在北京生活，後來長期擔任馬寅初的生活秘書。
三女婿：徐湯莘
四女：馬仰蘭，在聯合國總部工作，定居美國。
五女：馬仰峰，在上海生活。
馬寅初個人簡介及歷史貢獻
馬寅初（1882年6月24日－1982年5月10日），名元善，字寅初，以字行。漢族，浙江省紹興府嵊縣人，中國當代經濟學家、教育學家、人口學家。
他曾擔任南京政府立法委員，新中國建立後，他曾擔任中央財經委員會副主任、華東軍政委員會副主任、北京大學校長等職。
1957年因發表“新人口論”方面的學說而被打成右派，黨的十壹屆三中全會後得以平反。他壹生專著頗豐，特別對中國的經濟、教育、人口等方面有很大的貢獻，有當代“中國人口學第壹人”之譽。代表作有《新人口論》、《馬寅初文集》、《中國經濟改造》等。