根據上述職責，市財政局設21個內設機構。
(壹)辦公室。
綜合協調局機關政務；負責局機關文秘、督辦、機要、保密、調研、檔案、信訪、財務、資產管理、提案議案、信息、宣傳、會務、政務公開、接待管理、財政誌編撰、本局職責配置等工作。
(二)法規稅政處。
起草有關地方性法規、規章和規範性文件；承擔有關規範性文件和行政決定的合法性審核工作；承擔有關行政處罰聽證、行政復議、行政訴訟應訴和其他訴訟工作；承擔法制宣傳教育工作；承擔綜合治稅和稅源調查工作；研究提出稅制改革和稅收政策調整等方面的建議；會同有關部門負責政府部門行政首長財經責任問責工作；參與國家賠償費用審核工作。
(三)預算處。
研究提出地方財政發展戰略，編制中長期財政發展規劃；代編年度全市預決算草案，編制年度市級預決算草案；承擔預算調整事項審核及報批工作；承擔市財政與省財政結算、對區(縣級市)財政總決算的批復等工作；承擔地方政府性債務管理工作；擬訂市對區(縣級市)財政管理體制和財政轉移支付制度；擬訂市級預算定額標準；管理市級財力；推進基本公***服務均等化，調整優化財政支出結構。
(四)部門預算編審處。
承擔部門預算基礎數據庫和專項經費項目庫的管理工作；承擔部門預算工作部署、政策咨詢及相關服務工作；擬訂市級部門預算管理制度，組織實施市級部門預算編審及調整工作。
(五)國庫處。
承擔財政總預算會計工作；承擔市級財政資金、財政代管資金及全市社會保險基金的調度、監管和會計核算工作；承擔代理銀行的財政業務監督工作；承擔市級行政事業單位銀行賬戶開立和變更的審批和備案工作；承擔財政收入退庫工作；承擔國債兌付及相關管理工作；統壹管理市級財政資金賬戶；分析全市預算執行情況；擬訂和組織實施財政國庫管理制度；編制全市財政收支年報、旬報和月報；編制市級財政決算和匯總全市決算。
(六)綜合處。
擬訂全市非稅收入管理制度，承擔市級非稅收入的征收管理，監督管理“收支兩條線”工作；承擔財政票據的管理工作；承擔罰沒財物管理工作；擬訂彩票管理制度，承擔彩票收益分配和彩票監督管理工作；參與行政事業性收費、政府性基金項目和標準的擬訂及報批工作；監督行政事業單位住房基金使用，參與監管住房保障和住房公積金。
(七)行政處。
承擔市委、人大常委會、政府、政協辦公廳等有關部門的預算執行和監督工作；
(八)政法處。
承擔公、檢、法等有關部門的預算執行和監督工作；
(九)教科文處。
承擔教育、科技、文化等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；擬訂相關經費管理制度。
(十)工貿發展處。
承擔交通、國資、經貿等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；承擔有關財政扶持企業發展、技術創新等專項資金、補貼的管理工作；承擔市級國有資本經營預算編制、執行和監督工作；擬訂糧食等重要物資儲備的財政政策；擬訂相關經費管理制度、企業資產和財務管理制度以及國有資本經營預算制度。
(十壹)農業處(掛農村財務管理辦公室牌子)。
承擔農業、林業、水務等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；承擔契稅、耕地占用稅的征收管理工作；承擔農村財務、農業綜合開發管理工作；擬訂相關經費管理制度。
(十二)經濟建設處。
承擔規劃、國土、城建等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；承擔財政性資金投資項目工程預算、結算和竣工財務決算審核工作；擬訂相關經費管理制度，參與工程造價管理；參與城市建設投融資體制改革和財政性資金計劃安排；參與審核財政性資金投資項目工程概算。
(十三)社會保障處。
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；承擔社會保險基金財政監管工作；編制市級社會保障資金預決算，審核全市社會保險基金預決算；擬訂相關經費管理制度；參與社會保險基金收繳、撥付、核算等管理工作。
(十四)外經金融處(掛廣州市世界銀行貸款辦公室牌子)。
承擔外經貿、旅遊等有關部門的預算執行和監督工作；分析反饋預算執行情況，提出加強預算管理的意見；承擔有關涉外收入的監繳和管理工作；承擔地方金融機構財務監管和市屬金融企業國有資產管理工作；承擔政府外債管理工作；承擔非貿易非經營性外匯管理工作；擬訂相關經費管理制度；指導和監督外經貿、外商投資、境外企業執行財務會計制度。
(十五)會計處。
承擔廣州地區會計師事務所和註冊會計師行業監管工作；承擔會計人員從業資格管理工作，指導監督會計電算化工作；管理全市會計工作；組織會計專業技術資格考試；組織高級會計師專業技術資格評審。
(十六)績效評價處。
承擔會計決算工作；擬訂財政支出績效評價管理的有關制度、政策、評價指標體系、評價標準和業務規範；組織實施財政支出績效評價工作；組織開展企業、行政事業單位等會計決算報表匯總和分析工作；提出建立公***資源統計報告制度和建立公***資源數據庫的建議。
(十七)行政事業資產管理處。
承擔市級行政事業單位國有資產配置、處置、出租、出借、對外投資和擔保等事項審批工作；承擔市級行政事業單位國有資產收益的監繳工作；承擔行政單位未脫鉤經濟實體、事業單位創辦的具有法人資格的企業等國有資產管理工作；承擔產權登記、產權界定、產權糾紛調處、資產評估、資產清查和統計報告等工作；擬訂市級行政事業單位國有資產管理制度；擬訂市級行政事業單位實物資產配置標準和相關費用標準，參與提出有關年度預算計劃。
(十八)政府采購監管處。
承擔政府采購方式管理工作；承擔集中采購代理機構考核和社會代理機構的監督檢查工作；承擔全市政府采購電子信息化管理工作；承擔政府采購評審專家庫管理工作；處理政府采購投訴事項；監督管理市級政府采購活動；擬訂全市政府采購政策、制度、政府集中采購目錄及采購限額標準；參與審核市級政府采購預算。
(十九)人事教育處。
承擔機關和直屬單位考核任免、機構編制、人員錄用、人員調配、勞動工資、人事檔案、計劃生育、綜合治理、安全保衛、專業技術資格管理、出國(境)人員政審、報批、外派財務監督人員管理等工作；擬訂本局教育培訓計劃並組織實施。
(二十)黨委辦公室(與機關黨委辦公室合署)。
負責局黨委、機關黨委日常工作；承擔機關和局系統黨建、宣傳、理論學習、思想政治、統戰、僑務、擁軍優屬、精神文明建設、評先等工作；指導工、青、婦等群眾組織工作。
(二十壹)離退休幹部工作處。
負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。