1、臨床醫學系:臨床醫學系現開設臨床醫學、康復治療技術、中醫康復技術三個專業。臨床醫學專業於2002年開始招生，是我院的傳統專業。康復技術專業是中央財政支持的專業服務行業能力建設項目，2015年開始招生。中醫康復技術是學院與自貢市中醫院聯合開設的專業，於2016開始招生。
2.護理系:護理系是四川衛生康復職業學院最大的專業系，現開設護理和助產兩個專業。護理專業於2002年開始招生，是我院的傳統專業。2012被四川省教育廳批準為省級重點（培育）專業，是我院首個省級重點專業。助產專業創建於2006年，是省級示範性高職院校重點建設專業。
3.藥學部:藥學部成立於2003年，開設有藥學、中藥學、藥品管理、藥物制劑技術4個專業，其中藥學、中藥學為中央財政支持的“增強高職院校專業服務業發展能力”建設項目，藥學為四川省特色專業。
4.醫學技術系:醫學技術系成立於2003年，開設醫學影像技術、醫學檢驗技術、衛生檢驗檢疫技術三個專業。醫學影像技術專業於2003年開始招生，是我院的傳統專業。醫學檢驗技術專業於2004年開始招生，是我院的傳統專業。衛生檢驗檢疫技術專業2016開始招生。
5.基礎醫學與臨床醫學科:成立於2014基礎醫學與臨床醫學科是我院最年輕、最具活力的教學單位之壹。科室主要承擔全院各專業基礎醫學課程和臨床醫學課程的教學任務，同時承擔全院教師的臨床技能培訓和臨床實踐教學任務。
四川衛生康復職業學院附屬醫院
四川衛生康復職業學院還設有部分附屬醫院和教學醫院，如自貢市第四人民醫院、自貢市中醫醫院等。這些醫院也為學院的教學和科研提供了重要的支持和幫助。