財經法紀審計的流程劃分為立案、查證和定案三個階段。 立案時，要註意以下幾點：
（1）對不同的違法亂紀行為要區別對待，突出重點。
（2）要考慮時間界限。
立案時，審計機關應根據當時的實際情況，以當時的法律、政策作為衡量標準來考慮是否需要立案。立案依據的來源不同，立案的手續也有所不同。
（1）對於審計機構在財務審計、經濟效益審計中發現的案件，經上級批準後立案；
（2）對於群眾檢舉揭發的案件，核實後立案；
（3）對於上級審計機關及其他部門轉來批辦的案件視同已經立案，無須再辦立案手續。 查證階段也叫取證階段，這是開展財經法紀審計的關鍵階段，是財經法紀審計中極為重要的壹環。查證階段的關鍵是搜集和整理真實有效、確鑿可靠、有充分證明力的審計證據。查證階段的工作依照下列三個步驟來進行：
（1）派員駐點。成立審計工作小組，進駐被審計單位。
（2）搜集證據
（3）整理所搜集的證據，做好編制報告前的準備工作。 定案階段是財經法紀審計的終結階段。定案階段的工作分為結案與處理二個過程。
（1）結案過程。結案過程要做好以下幾件事情：
①根據案情，對可以計量的要計算所造成的經濟損失，對不能計量的，要按社會危害，社會影響予以衡量。
②根據違反財經法紀情節的嚴重性，對照國家有關的法律、政策及標準，論定案件的性質。
③對於已造成的損失和危害，應根據具體情況落實責任。
④通過匯總，整理審計工作底稿和調查詢問表等撰寫審計報告書，做好結案過程的最後工作。
⑤審計人員撰寫出審計報告後，應將審計結果通知被審計單位或違紀責任人，聽取他們的意見。
（2）處理過程
審計報告經上級批準後，審計機關就要作出審計結論和審計決定，對嚴重違反財經法紀的行為進行處理，並交有關部門執行。
財經法紀審計應註意的幾個問題
（壹）違反財經法紀與經濟犯罪的區別
違反財經法紀與經濟犯罪的區分，關系到違紀責任人的罪與非罪的定性問題，意義極其重大。財經法紀包括財經紀律、財經法律和財經法規三部分。
財經紀律是指部門、系統或企業事業單位所制定的要求人們遵守的經濟活動的規則。它通常是指各種規章制度、規定等等，它規定人們應該做什麽或不應該做什麽，引導人們經濟行為的壹致性和規範性。違反財經紀律的行為壹般不會造成嚴重危害，所以，處理也以壹般性的批評教育為主。
財經法律是指由國家立法機關制定或認可，並以其強制力保證實施的，要求人們從事經濟活動必須遵守的行為規範。
財經法規是指由國務院頒布或由國務院批準頒布的具有法律效力的有關經濟方面的規定、條例、實施細則等。違反財經法律、法規的行為統稱為違法行為。違法行為是財經法紀審計的主要對象。
違法行為根據違法情節的程度不同，分為經濟犯罪和壹般違法行為。經濟犯罪是指我國經濟領域內嚴重危害社會利益，觸犯刑律應受刑法處罰的行為。壹般違法行為，則指違法情節輕微、危害不大的行為，它與違反財經法紀的行為壹起構成違反財經法紀的行為。
由上可知，是否觸犯刑律是劃分違反財經法紀與經濟犯罪的界限。
（二）財經法紀審計中的合理性與合法性的矛盾
在財經法紀審計中，要處理合理性與合法性的矛盾，壹方面要依賴於法律、法規本身的嚴密、合理與健全程度，另壹方面審計人員還應遵循下列兩個原則：
1、合法性行為必須強調經濟效益。
2、合理性行為必須強調社會效益。
最後要指出的是，合法性與合理性的矛盾僅是暫時現象，隨著改革的不斷深化，宏觀控制調節機制的完善，國家法律、法規的健全，這種不合理現象將會逐步減少。