兩所學校各有各的特點，評價好與不好是和個人的觀點和角度不同的，下面介紹壹下二者的主要區別：
壹、學校類別不同
1、南京財經大學
學校類別：財經類。
2、南京工業大學
學校類別：理工類。
二、院系設置不同
1、南京財經大學
18個教學院系（部）。
2、南京工業大學
11個學部，28個學院。
三、學校歷史不同
1、南京財經大學
前身是成立於1956年的糧食部南京糧食學校，1981年升格為南京糧食經濟學院，1993年更名為南京經濟學院。1999年，南京物資學校並入南京經濟學院。2000年，江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理幹部學院並入。2003年4月，經教育部批準，南京經濟學院正式更名為南京財經大學。
2、南京工業大學
2001年5月，原化學工業部直屬的南京化工大學與原建設部直屬的南京建築工程學院合並組建南京工業大學。原南京化工大學的前身可追溯到創建於1902年的三江師範學堂，原南京建築工程學院的前身可追溯到創建於1915年的同濟醫工學堂機師科。
四、學校規模不同
1、南京財經大學
截止2020年，學校擁有仙林、福建路和橋頭3個校區，占地面積3005畝，校舍建築面積95余萬平方米，設有教學學院（部）18個，現有普通本科在校學生16000余人，專任教師近1300人。
2、南京工業大學
截止2020年，學校有丁家橋校區、虹橋校區和江浦校區，總占地面積近4000畝，學校有11個學部、28個學院，有各類學生3萬余人，教職工2900余人。
五、學校特色不同
1、南京財經大學
省屬重點建設大學、省部***建。
2、南京工業大學
省部***建高校（2012年）、卓越工程師教育培養計劃（2010年）、高等學校創新能力提升計劃（2013年）、高等學校學科創新引智計劃（2016年）、江蘇省綜合評價錄取改革試點高校（2017? 年）。
六、主要獎項不同
1、南京財經大學
2010年“國家科技進步獎”壹等獎、2019年江蘇省科學技術獎壹等獎。
2、南京工業大學
全國石油和化工行業新聞宣傳先進單位（2020年1月）、 2013至2016年度全國群眾體育先進單位（2017年8月）、 2019年度南京市園林式單位（2019年11月）。?
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