農業系統各級管理部門及其所屬企業事業單位應當依法實行內部審計制度，以加強內部管理和監督，遵守國家財經法規，促進廉政建設，維護單位合法權益，改善管理，提高經濟效益。第三條農業系統下列單位應當設立獨立的內部審計機構:
審計機關未設派出機構的省（自治區、直轄市、計劃單列市）和市（地）人民政府農業主管部門；縣級人民政府農業主管部門的財務收支數額較大或下屬單位較多。
（2）國有大中型企業。
（三）國有資產占控股或主導地位的大中型企業。
（4）財務收支規模大、機構規格高、下屬單位多的國家事業單位。
國家大型建設項目的施工單位。
其他需要設置內部審計機構的單位。
其他單位應設置專職或兼職內部審計人員。
各省（區、市）和計劃單列市人民政府農業主管廳、局，大中型企業，財務收支規模較大、規格較高、下屬單位較多的事業單位，可以根據需要設置總審計師，協助部門和單位領導管理內部審計工作。第四條內部審計機構在本部門和本單位主要負責人的直接領導下，依據國家法律、法規和政策以及本部門和本單位的規章制度，對本單位及其所屬單位的財務收支、經濟活動和效益進行內部審計監督，獨立行使內部審計監督權，對本單位領導負責並報告工作。第五條審計署駐農業部審計局負責組織領導農業部所屬單位的內部審計工作，指導和監督全國農業系統的內部審計工作。地方人民政府派駐農業主管部門的審計機構負責組織領導所屬單位的內部審計工作，指導和監督本系統的內部審計工作。具體職責是:
（壹）根據法律法規和各級政府及上級要求，起草本系統（行業）內部審計規章制度，經駐地部門批準後發布實施。
（二）指導和監督部門和單位建立健全內部審計機構，配備內部審計人員，完善內部審計制度。
（三）指導和監督下屬部門和單位的內部審計機構和審計人員依照有關法律法規開展內部審計工作，並保證其獨立行使內部審計監督權。
（四）組織本部門、單位、系統（行業）開展內部審計理論研究，培訓內部審計人員。
（五）組織內部審計經驗總結和交流，表彰內部審計先進單位和個人。
（六）根據情況，其審計範圍內的審計事項可以授權或者委托其所屬部門、單位的審計機構進行審計。
內部審計機構應接受本部門審計機構的領導，並接受審計機構的業務指導和監督。第六條部門和單位內部審計機構負責領導所屬單位的內部審計工作，其主要職責是:
（壹）依照國家法律法規和上級主管部門的有關規定，起草本部門、本單位的內部審計規章制度。
（二）指導所屬單位按照規定建立健全內部審計機構，配備內部審計人員，優化審計人員專業結構，完善內部約束機制。
（三）指導所屬單位內部審計機構和審計人員按照有關規定開展內部審計工作，獨立行使內部審計監督權。
（四）組織下屬單位開展內部審計理論研究和培訓內部審計人員。
（五）總結和交流內部審計經驗，表彰內部審計先進單位和個人。
（六）根據情況，審計範圍內的內部審計事項可授權或委托下屬單位進行審計，並可組織專項審計和聯合審計。
部門和單位的內部審計機構應當接受上級審計機構的業務指導和監督。第七條內部審計機構應當對本單位和所屬單位的下列事項進行審計:
財務計劃或單位預算的執行和決算。
（2）財務收支及相關經濟活動。
（三）國有資產的真實、完整和保值增值情況。
（四）綜合或特殊經濟效益。
（五）農業專項資金（含配套資金）的使用和管理情況。
（六）內部控制制度。
（七）承包、租賃、合資、合作項目及法定代表人和單位負責人離任的經濟責任。
（八）建設項目預算、決算。
（九）國家財經法規和部門單位規章制度的執行情況。
（十）其他審計事項。
根據情況，可采用現場審核、提交審核或聯合審核。有必要防止重復審計。