1、“反思中國公***行政學：面對問題的勇氣”，《中山大學學報》2006.02。
2、“公民參與預算：美國的經驗及其借鑒”，《華中師範大學學報》2006.02。
3、“公***預算研究:中國政治學和公***行政學亟待加強的研究領域”（馬駿、於莉），《政治學研究》2005.02。
4、“尼斯堪南模型:理論爭論與經驗證據”，《武漢大學學報》2005.5。
5、“中國的零基預算改革：來自某財力緊張省份的調研”，《中山大學學報》2005.01。
6、“中國地方政府財政風險研究：逆向軟預算約束的視角”，《學術研究》2005.11。
7、“中國省級預算中的政策過程與預算過程” (馬駿、侯壹麟），《經濟與社會體制比較》2005.5。
8、“中國預算改革的目標選擇”，《華中師範大學學報》2005.3。
9、“中國公***預算改革的目標選擇:近期目標與遠期目標”，《中央財經大學學報》2005.10。
10、“新績效預算”，《中央財經大學學報》，2004.08。
11、“官僚組織、交易費用和區別性組合：新的思路”，《中山大學學報》(社會科學版)2004.02。
12、“零基預算：理論和實踐” （馬駿、葉娟麗），《中國人民大學學報》2004.02。中國人民大學資料復印中心《財政與稅收》2004年第12期全文轉載。
13、“中國省級預算中的非正式制度:壹個交易費用理論框架” (馬駿、侯壹麟）《經濟研究》，2004.10。
14、“包稅制的興起與衰落：交易費用與征稅合同的選擇”，《經濟研究》2003.06。
15、“交易費用政治學：現狀與前景”，《經濟研究》2003.01。
16、“公***行政中的街頭官僚理論” (葉娟麗、馬駿），《武漢大學學報》2003年第5期(人大資料復印中心《公***行政》2004年第1期轉載），2003.05。
17、“公***預算理論：現狀與未來” (馬駿、葉娟麗)，《武漢大學學報》2003.03。
18、“公***預算原則：挑戰與重構”，《經濟學家》2003.03。
19、“收入生產、交易費用與憲政體制”，《開放時代》2003年第4期(中國人民大學資料復印中心《政治學》2003年第12期全文轉載)，2003.04。
20、“公***管理：新的研究方向”(馬駿、郭巍青)，《武漢大學學報》2002.01。
21、“新西蘭公***預算改革” （牛美麗、馬駿），《武漢大學學報》2006.06。
22、“中國政府投資決策體制研究：壹個案例研究”（馬駿、周燕），馬駿、侯壹麟主編《公***管理研究》第4卷，上海人民出版社2006年。
23、“中國核心預算機構研究：關於中部某省會城市的案例研究”（馬駿、於莉），《華中師範大學學報》2007.3。
24、“中國預算改革政治學：成就與困惑”，《中山大學學報》2007.03。