1999，高淳縣轄:惜春鎮、磚墻鎮、陽江鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、定埠鎮、椏溪鎮、古城鎮、蒼溪鎮、石墅鄉、胡丹鄉、薛城鄉、鳳山鎮、草堂鄉、青山鄉、下壩鄉和古龍鄉。
2000年，高淳縣轄9個鎮。
根據第五次人口普查數據，全縣總人口為400121，其中各鄉鎮人口（人）為:惜春鎮98824人、古城鎮23738人、東壩鎮40056人、丁埠鎮32563人、雅溪鎮25357人、陽江鎮42642人、古柏鎮69948人、35168人
2002年底，高淳縣轄9個鎮:夏純鎮、磚墻鎮、陽江鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、定埠鎮、雅溪鎮和古城鎮。
2003年，高淳縣行政區劃轄9個鎮壹目了然。
（根據江蘇省2003年底村及以上代碼）
惜春鎮:轄社區居委會（春東、惜春、濱河、南壹、梨園、春安、易貝、北陵、大喬、孝感村、鶴城）；村委會（王村、西社、八字角、姜家、圩峰、寶塔、戴村、鶴城、鋪頭、龍井、漁業、幹村、南塘、沱頭、城東、永華、雙金、新陽、楊家、花奔、傅蓉、泰安、臨城、薛城、興豐、長城。
陽江鎮:轄社區居委會（西鬥門）；村委會（新橋、嘉庚、魯管、雙城、孫旺、東排、王曉、顧北、大嶽、南蕩、楊家灣、高墩、西平、平耕、太平、寶城、永豐、東山、新鄭、永璉、瑞陽、沈李、明光等。
磚墻鎮:轄社區居委會（永城）；村委會（徐賢、毛成、永城、三河、橋灣、北更陳、邊峰、達汗、港口、思源、夾溝、牧溪、鬥門、水碧橋）。
古柏鎮:轄社區居委會（古柏）；村委會（永松、雙寶、後堡、吳家嘴、唐翔、黃家、雙紅、湯唯、韓村、元村、鳳味、代家城、古柏、張江、段雀頭、丁灘、聯合）。
喬奇鎮:轄社區居委會（雙牌石）；村委會（喬奇、中心、和平、茅山、雙友、雙聯、荊溪）。
古城鎮:轄社區居委會（古城鎮）；村委會（古城、雙港、雙泉、尤山、廟港、禪林、振興、曙光、橋頭、蔣山、華聯、草堂、九龍、前進、三龍、苗華、義堡）。
東壩鎮:轄社區居委會（鎮南、鎮北）；村委會（東壩、山莊、新建、裴橋、洪崗、中村、東風、松二鋪、付家灘、童嘉、建設、和縣、樹桐、油子山）。
丁埠鎮:轄鎮東、華義、鎮南、韓橋、新閘、銀杏、豐源、青桂、河南、王新、須賀等村委會。
雅溪鎮:轄社區居委會（雅溪鎮）；村委會（鴨溪、安樂、關旭、石牌、趙村、關西、躍進、永清、尚義、京山、蘭溪、李嶠、松溪、古龍、腰蕩、穆家莊、新塘、王興）。
2004年底高淳縣行政區劃壹覽:轄9個鎮:程春街、惜春鎮、陽江鎮、磚墻鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、古城鎮、鴨溪鎮、丁埠鎮。