肖教授1986畢業於中國科學技術大學，被先生主持的中美聯合物理研究生項目錄取。同年赴美國加州大學伯克利分校留學，獲得1992物理學博士學位。之後在伯克利勞倫斯實驗室做博士後研究員。1994年至2006年受聘於香港科技大學，歷任助理教授、副教授、教授。他現為香港中文大學物理系教授。同時，肖教授自2004年以來壹直是中國科學技術大學的客座教授。肖教授從事金屬、半導體等表面/界面物理和薄膜物理研究二十余年，發表論文80余篇，其中Science兩篇，Physical Review Letters 9篇。其作品被同行引用超過1800次。肖教授多次獲得中國科學院海外傑出青年學者、海外知名學者等榮譽。他還擁有兩項美國技術專利。他的研究涉及表面結構、表面吸附、表面膜生長以及表面和界面的電子和機械性質。近年來，他領導的研究團隊解決了肖特基結的壹系列基礎科學問題，為其在光伏太陽能電池中的應用奠定了良好的基礎，如在半導體薄膜上制備金屬電極等。
2008年，在香港中文大學與中國科學院合作協議的框架下，肖旭東教授和雪夜公爵教授在中國科學院深圳先進技術研究院集成技術研究所成立了光伏太陽能研究中心。肖旭東教授任中心主任，2011全職來深院工作。在先進所的大力支持下，光伏中心通過兩年的工作，成功開展了銅銦鎵硒太陽能電池工藝及相關設備的研究，積累了豐富的銅銦鎵硒相關設備的設計和制造經驗，深入了解了設備對銅銦鎵硒太陽能電池工藝的特殊要求，掌握了大面積蒸發鍍膜的設備規律， 為進壹步研發基於線性蒸發器的大面積銅銦鎵硒生長設備奠定了良好的理論和實踐基礎。 光伏中心圓滿完成了中科院支持的“銅銦鎵硒薄膜太陽能電池共蒸發-磁控濺射生長系統”項目，驗收組專家對項目成果給予高度評價，稱“標誌著我國高效薄膜電池研究取得重大進展，為進壹步推進銅銦鎵硒薄膜電池產業化提供了技術基礎。”