學院設有16個黨政管理部門：校長辦公室（黨委辦公室）、黨委組織部（黨委統戰部）、黨委宣傳部（信息中心、校報編輯部）、人事處（離退休工作處）、系統建設辦公室（發展規劃處、督導室）、教務處（導學中心、示範與骨幹高職建設辦公室）、學生處（黨委學生工作部、畢業生就業指導中心、院團委）、科研處（政策研究室、高等教育研究所、學報編輯部）、招生辦公室（自考辦、奧鵬遠程教育重慶管理中心）、對外合作處（外事處、校企合作處、校友會辦公室）、財務處、監察審計處（紀委辦公室）、保衛處（武裝部、安全穩定辦公室、國家安全領導小組辦公室）、基建處、校區管理辦公室（後勤與資產管理處）、 學分銀行管理中心（學籍管理中心、國家開放大學學分銀行學習成果認證分中心（重慶）） ；10個二級學院：直屬學院（軟件工程學院）、繼續教育學院（開放教育學院、廣播電視中專學校）、兩江學院、旅遊與文化學院（文法學院、基礎教學部）、財經管理學院、機電工程學院、建築學院、電子信息工程學院、汽車工程學院、傳媒藝術學院。 重慶工商職業學院機構設置 （壹）黨政管理部門 1．校（院）長辦公室（黨委辦公室） 2．黨委組織部（黨委統戰部） 3．黨委宣傳部（信息中心、校報編輯部） 4．人事處（離退休工作處） 5．系統建設辦公室（發展規劃處、督導室） 6．教務處（導學中心、示範與骨幹高職建設辦公室） 7．學生處（黨委學生工作部、畢業生就業指導中心、院團委） 8．科研處（政策研究室、高等教育研究所、學報編輯部） 9．招生辦公室（自考辦、奧鵬遠程教育重慶管理中心） 10．對外合作處（外事處、校企合作處、校友會辦公室） 11．財務處 12．監察審計處（紀委辦公室） 13．保衛處（武裝部、安全穩定辦公室、國家安全領導小組辦公室） 14．基建處 15．校區管理辦公室（後勤與資產管理處） 16.學分銀行管理中心（學籍管理中心、國家開放大學學分銀行學習成果認證分中心（重慶）） （二）二級學院 17．直屬學院（軟件工程學院） 18．繼續教育學院（開放教育學院、廣播電視中專學校） 19．兩江學院 20．旅遊與文化學院（文法學院、基礎教學部） 21．財經管理學院 22．機電工程學院 23．建築學院 24．電子信息工程學院 25．汽車工程學院 26．傳媒藝術學院 （三）教輔機構 27．技術與資源中心（遠程教育中心） 28．圖書館（檔案館）