揚州大學前身可追溯到1902年由中國近代著名實業家、教育家張謇先生創建的通州師範學校，是壹所歷史悠久、聲譽卓著的百年名校。
學校前身——原江蘇農學院和揚州師範學院便是在南通學院農科和通州師範學校文史科的根基上發展起來的，參與合並的其他4所高校也均有60年以上的獨立辦學歷史。
1902年張謇在南通創辦通海農學堂及通州師範學校；1906年張謇將通海農學堂附設到通州師範學校，成為該校農科；1952年8月全國院系調整，南通學院農科與蘇南文教學院農業教育系、江南大學農藝系合並建立蘇北農學院，即江蘇農學院前身；通州師範學校文史專修科與揚州中學數理專修科、蘇南丹陽藝術學校藝術專修科、蘇北師資訓練學校教育專修科合並建立蘇北師範專科學校，即揚州師範學院的前身。
原揚州師範學院 其前身為蘇北師範專科學校，建於1952年。
1952年暑期開始招收第壹批學生，同時集中了蘇北行署文教處委托私立通州師範學校代辦的文史專修科，揚州中學代辦的數理專修科，蘇南丹陽藝術學校代辦的藝術專修科，以及蘇北師資訓練學校代辦的教育專修科的學生。
1958年夏，中文、數學兩專業開始招收本科生；1959年，揚州師範專科學校並入，蘇北師範專科學校改為“揚州師範學院”。
原江蘇農學院 其前身為蘇北農學院，建於1952年，由原來的南通學院農科、蘇南文化教育學院農教系和江南大學農藝系三部分組成。
張謇先生於1902年創立私立通州師範學校；1906年，通州師範內設農科；1910年，分設初高兩等農校；1912年改為甲、乙兩種農校；1916年，乙種農校停辦，專辦甲種農校；1919年，甲種農校升為農科大學；1928年，農科與醫科、紡科合並，定名為私立南通大學；1930年在民國 *** 重新註冊登記時更名為私立南通學院；1938年農科遷上海；1942年農科遷天長；1947年，農科遷回南通仍為私立南通學院；1952年，農科遷揚州，同蘇南文教學院農教系、江南大學農藝系合並組建為蘇北農學院，3校調整來的教師64人，學生200人，其中南通學院110人，蘇南文教學院38人，江南大學52人。
南通學院副院長兼農科主任馮煥文教授為首任蘇北農學院院長。
蘇南文化教育學院原名江蘇省立教育學院，創建於1928年；江南大學由榮德生及其子榮壹心於1946年創辦。
1971年南京農學院遷揚州，兩院合並定名為江蘇農學院。
1979年南京農學院在原校址恢復建制，江蘇農學院仍在揚州校址辦學。
原揚州工學院 其前身為揚州工業學校，建於1952年。
1952年7月揚州中學工科調整並入工校，同年11月招生1200名；1953年更名為“華東第二工業學校”，隸屬第二機械部領導；1955年西安建築工程學校建築專業教師和學生並入；1956年更名為“揚州建築工程學校”；1958年升格為“揚州工業專科學校”，隸屬江蘇省領導；1961年更名為“揚州農業機械專科學校”，1962年恢復“揚州工業專科學校”校名；1965年，學校劃歸第五機械工業部領導，升格為“揚州工業學院”；1969年學校被迫停辦；1972年，復辦“揚州光學機械學校”，1978年以“南京工學院揚州地區大專班”名義增招300名大專學生；1980年經國務院批準恢復“揚州工業專科學校”，隸屬關系回歸江蘇省；1987年升格為“揚州工學院”。
原揚州醫學院 前身是蘇北衛生行政幹部學校（高郵），1951年遷至揚州，與上海私立惠生高級助產職業學校合並，更名為蘇北揚州助產學校；1953年更名為江蘇省揚州醫士學校；1954年南通醫士學校並入；1956年更名為江蘇省揚州醫士、助產士學校；1958年1月又更名為揚州衛生學校；1958年6月升格為揚州醫學專科學校；1959年8月揚州中醫專科學校並入揚州醫專；1962年6月揚州醫學專科學校停辦；1962年10月省衛生廳決定揚州醫專附設衛校改名為揚州衛生學校，繼續培養中級醫、護人才，“文革”期間停止招生；1976年12月揚州衛校擴建為江蘇新醫學院揚州分院，設3個專科專業5個中專專業；1978年下半年，由於原江蘇新醫學院撤銷，揚州分院經國務院批準，成為高等醫學專科學校；1984年，教育部批準揚州醫專升格並定名為“揚州醫學院”。
原江蘇商業專科學校 其前身是南京商業專科學校，源起於1958年成立的南京市財經學校。
1963年在南京市財經學校的基礎上成立了由省市合辦的南京商業職業學校；1965年夏初經省 *** 批準改建成南京商業專科學校；1965年秋學校再易名為南京半工半讀商業專科學校；1971年學校停辦，1979年恢復南京商業專科學校，改名為江蘇商業專科學校；1982年2月學校遷來揚州，與駐揚的江蘇省商業學校合並建校，成立新的“江蘇省商業專科學校”。
原江蘇省商業學校是1952年10月在私立鎮江新華中學基礎上創建的，原名為蘇南鎮江商業學校。
1953年江蘇建省時改稱江蘇省鎮江商業學校，1955年8月遷來揚州，並改名為江蘇省商業學校。
原江蘇水利工程專科學校 其前身為1950年創建於南京的淮河水利專科學校，1951年1月改歸華東水利部領導，7月改稱華東水利專科學校；1952年10月，壹部分與華東地區其他高校的水利系(科)合並，成立華東水利學院，壹部分改辦中專，定名華東水利學校，1954年10月改由中央水利部領導，1955年7月更名為水利部南京水利學校；1958年7月學校下放江蘇省，同年9月升格為南京水利學院，附設中專部；1960年1月遷校揚州，改稱江蘇水利學院；1962年6月大學部學生調整到蘇北農學院，中專部停辦；同年9月水利電力部接收學校，改為水利電力部揚州水利學校。
1970年1月學校再次下放江蘇省，改稱江蘇省揚州水利學校；1984年4月經江蘇省人民 *** 批準成立“江蘇水利工程專科學校”。
1992年5月19日經國家教委批準，由揚州師範學院、江蘇農學院、揚州工學院、揚州醫學院、江蘇水利工程專科學校、江蘇商業專科學校聯合組建揚州大學。
學校是全國率先進行合並辦學的高校，開創中國高等教育改革先河。
1993年11月16日，學校隆重舉行授暨奠典禮；
1995年5月16日，學校召開幹部會議，正式啟動實質性合並進程；同月，校本部辦公樓落成；
1997年，學校成立經濟管理學院、建築工程學院，原有學院的舊格局被打破；
1997年4月16日，江蘇省和揚州市、揚州大學簽署省市***建揚州大學協議；同年9月，教學主樓奠基，荷花池校區建設拉開序幕；
1998年1月，全國高等教育管理體制改革經驗交流會在揚州大學舉行；
1998年至1999年上半年，學校相繼召開學科建設與科研工作會議、首次教學工作會議、首次學生工作會議，學校工作中心開始轉向教學、科研與學科建設方面；
1999年9月，荷花池主校區教學樓投入使用，中心校區基本建成；
2000年，學校召開後勤改革工作會議和科技產業工作會議，大力推進後勤工作社會化改革和校辦產業改革；
2002年之後，基於學科建設需要，學校又進行院系重組；
2002年，學校與南京師範大學、蘇州大學等八所省屬高校聯建宿遷學院；
2004年，學校以優秀成績通過教育部本科教學工作水平評估；
2008年5月12日，學校在揚州市揚子津科技園建設第八個校區；
2009年9月，揚子津校區正式建成，首批4個學院入駐該校區；
2011年，學校與南京師範大學、南京信息工程大學等6所省屬高校在省內具有進行自主選拔錄取資格；同年，學校被認定為第二批江蘇省、第三批國家級語言文字規範化示範學校；同年學校入選教育部卓越工程師培養計劃；
2012年5月19日，揚州大學迎來110周年華誕；學校舉行建校110周年、在揚州辦學60周年、合並辦學20周年校慶活動；
2013年2月，學校正式成立研究生院；
2014年6月，學校獲江蘇省科學技術廳和教育廳批準籌建省級大學科技園；
2014年10月，學校被列為首批卓越農林人才教育培養計劃改革試點項目高校；
2015年9月，江蘇省人民 *** 和教育部聯合印發《江蘇省人民 *** 教育部關於***建揚州大學的意見》，該校成為新壹批省部***建高校。