兩江總督是清朝獨有的官職，可以說是總督中的總督。他統轄長江下遊江蘇、安徽、江西三省，這個官缺在順治初年設立時稱為江南江西總督，在康熙以後多稱之為兩江總督。
清代天下八督，直隸總督與兩江總督堪稱優中之優，要中之要。直督拱衛京師，距離入閣咫尺之遙。而“江南田賦之供，當天下十之三；漕糈，當天下十之五；又益以江淮之鹽莢、關河之征榷，是以壹省當九州之半未已也”的兩江地區，曾被康熙大贊為“東南財富地，江左人文藪”，兩江總督的重要性在全國各地區中無有能與之抗衡者。
降至晚清，兩江總督的地位愈加凸顯。近半個世紀來，湘淮集團壹直把持此位。開此先河者，非曾國藩莫屬，無怪乎李鴻章說“兩江地大物博，斷非師門莫辦”。
兩江總督到底是多大的官，只需看它的職掌範圍就壹目了然了。
為何說，兩江總督是總督中的總督？只需對比看看這二者間的職權範圍就可知。總督是統轄壹省或數省的最高軍政長官，《清史稿》將其職責概括為“厘治軍民，綜制文武，察舉官吏，修治封疆”。具體而言，有如下6大職權：
1、奏折咨請之權。清總督有單獨奏事之權，凡地方重大政務、重要改革，總督可依據地方情形通過奏折咨請皇帝裁決，皇帝通過朱批指示方略於總督，待君臣密商妥善而後付諸實施。有時皇帝也與軍機大臣商議，或下發九卿會議，然後以廷寄的方法向總督頒發諭旨，令其執行。
2、監督任免文武官吏之權。清總督皆兼都察院右都禦史銜，對地方官員有監督權，體現在：其壹，對所屬文官兩司以下、武官副將以下的各級官員行使考核權；其二，對文職道、府以下，武職副將以下官員的題調權。其三，對所屬官吏的保舉權。此外，科、道行取，也屬於督撫保舉之列。
3、行政事務的處理之權。總督為壹省或數省之軍政首腦，盡管時人認為總督職權偏重於軍事，但對於地方行政事務同樣有處理之權，具體表現在以下幾個方面：
其壹，上奏會計及監督藩庫之權。布政使“為壹省財賦總匯”，其向戶部所作的冬估冊及奏銷清冊都要呈送總督或巡撫審核，而後即咨報戶部。總督還有監督藩庫之權。如總督新任壹地，按例必須盤查藩庫，“將各項款目及收支實數詳細勾稽”；布政使離職交代時，督撫也要親自盤查藩庫，“具結送部”；每年奏銷時，督撫“將司庫錢糧親自盤查”。
其二，刑事審判權。壹省之中，提刑按察使掌刑名按劾之事，但總督和巡撫既為地方司法機關的壹個審級，又審勘核正徒罪以上司府州縣審定的案件，獲得了刑事審判權。
其三，對地方重大興革有壹定程度的自主權。
4、節制綠營軍隊之權。總督是壹方最高軍事統帥，節制轄區內的巡撫、提督、總兵官，主要統馭所管地區的綠營兵。其主要職權統括為節制、調遣兩種職權，具體表現為：監督武官權；題調黜免武員權；疏定營制權；調遣軍隊權。
5、對外交涉權。鹹豐十年，清廷在設立總理各國事務衙門的同時，還設立南北洋通商大臣，由兩江總督和直隸總督兼任，其他總督統管本地區的對外交涉事務，有事照會南北洋大臣。
光緒二十四年，清廷諭令：“各省將軍督撫均著兼總理各國事務大臣，仍隨時與總理衙門王大臣和衷商辦，以期中外壹氣相生，遇事悉臻妥洽。”
各省督撫名正言順地取得了對外交涉權，不僅辦理對外通商、交涉事務，後來凡與洋人有關的事務都在其管轄範圍之內，洋務成為清後期總督職責中第壹要務。
6、轉移風俗、教育向化之權。總督還有對轄區百姓進行思想教育之責，要廣泛宣傳皇帝詔旨及儒家的綱常名教，引導百姓遵循封建道德規範，從而安定封建統治秩序。主要表現在：勸民力農，樹立封建儀型；加強教化，移風易俗；廣勵學業，化導士子。
以上為清代總督***有的職掌，除此之外，兩江總督還有其特殊性，即治理重點在錢糧、漕運、治河、鹽務等方面。署兩江總督彭玉麟就曾說：
“兩江總督以籌畫餉糈、充儲國課為第壹要務。”
故雍正帝說：“此原系第壹繁劇之任，非秉公破面未易振刷。”其地位的重要是不言而喻的。具體表現在：
1、兼管漕務之權。清沿明制，實行漕運制度，設漕運總督駐淮安，總領漕運事務。順治二年，戶部即奏定每年在山東、江蘇等八省歲征漕糧400萬石，並規定有漕省份的總督，在漕糧的征收、監兌、運輸等方面，都有監督糾察的責任。
兩江總督責任更重。首先，兩江為征收漕糧重地，征額巨大，其中江南(包括江蘇、安徽省)1794400石，江西57萬石，占漕糧總數的57％。
其次，各省漕糧須經大運河運抵京通，漕運路線很大壹部分在江蘇，因而，疏通運道、催督漕船、勘查開辟漕運新路線、沿途約束糧船旗丁，以及奏報糧船重運渡黃等等，皆是其職責的重要部分，甚而道光以後漕糧海運，即是在兩江總督統轄、支持之下運行成功的。有時漕運總督出缺，即有兩江總督兼任。
2、兼管河務之權。清初即設河道總督，駐濟寧簡稱“總河”。康熙十六年，移駐清江浦。雍正七年，改總河為江南河道總督，駐清江浦，副總河為河南山東河道總督，駐濟寧，分管南北河道。八年，又增置直隸正、副總河，為河道水利總督，駐天津。自是為北河、南河、東河三總督。其中，以江南河道總督最關乎清王朝統治。康、雍、乾三朝，皇帝講求河務，親自選拔治河人才，指點治河方略，因而對黃、淮、運的綜合治理取得了壹時的效果，減少了水患。而黃、淮、運的治理大多是在兩江地區，因而兩江總督也有兼管之職。
乾隆中期，兩江總督始兼河務。有要工時，兩江總督還必須駐紮清江，親自督率河工。鹹豐十年，由於黃河在五年已改道北行，江蘇境內已無河工，遂裁南河河道總督。
3、兼管鹽務之權。乾隆五十年以後，綱引始現壅滯，商力因之疲乏，鹽務日壞。為整頓兩淮鹽務，道光十年，裁兩淮鹽政，由兩江總督兼理。
自此而後，歷屆兩江總督屢次對兩淮鹽政進行整頓、改革。如道光十二年，陶澍在淮北鹽區的二十九個州縣“壹律變通，改行票鹽”，對淮北鹽務進行了較徹底的改革；道光三十年，陸建瀛在淮南仿淮北改行票鹽，推行鹽政改革，效果明顯。鹹豐、同治間，曾國藩對兩淮鹽務實力整頓，也收到壹時之效。
4、兼任南洋大臣之職。鹹豐八年，五口通商大臣改為兩江總督兼任。總理衙門成立後，五口通商大臣又掌管《北京條約》簽訂後增開的除北方三口外沿海沿江八處通商口岸，由江蘇巡撫兼任。到同治元年二月，此通商事務大臣曾壹度改為專職，但至十二月，仍由江蘇巡撫兼任，並開始有了“南洋通商大臣”名義。
同治四年五月，兼任通商大臣的江蘇巡撫李鴻章署理兩江總督，通商大臣遂變為兩江總督的兼職。直到同治十二年以後，兩江總督兼充辦理通商事務大臣成定制，並簡稱為“南洋大臣”。
南洋通商大臣“掌中外交涉之總務，專轄上海人長江以上各口，其閩、粵、浙三省兼理焉”。也即長江以南各通商口岸，對外交涉事務皆由南洋大臣統轄，各省督撫兼轄。兩江總督例兼南洋大臣的欽差身份，顯示其較其他總督更優崇的地位，在地方總督中其權勢僅次於直隸總督。
後來，南洋大臣還取得了籌辦海防、訓練南洋海陸軍、稽察關稅及舉辦洋務企業等事權。
從上述職掌看，兩江總督無疑是除直隸總督外最重要的總督。
其壹，兩江總督所管糧、漕、鹽及河工無壹不關乎清朝的國家大計，牽動著清朝的財政命脈，關系到朝廷的治亂成敗。
其二，兩江總督的職權是隨著時代的發展變化而不斷得到擴大的，康、雍時期，察吏、緝盜、整頓營伍為其專責，錢糧、漕務等為其兼轄。至乾隆中期，兩江總督始兼河工，以後又兼鹽政及南洋通商大臣，權力日益增大。同治以後兩江總督在江南勢力漸漸擴大，開始被湘系勢力把持。
其三，由於其職掌事關治亂，歷代皇帝都非常重視總督人選，其任用大多由皇帝特簡，尤其江南這塊財賦重地。如康熙帝特簡的兩江總督如於成龍、傅拉塔，範承勛、張鵬翮等等皆是德才皆備的著名清官。
雍正帝首重才能往往破格用人，尹繼善人仕8年，即特簡為兩江，後在乾隆朝又三任兩江，對兩江長達27年的治理卓有成效，在江南享有崇高聲望。
最突出的要數道光帝對陶澍的簡用，道光十年，道光帝特旨授陶澍為兩江總督。陶澍在兩江任上9年，確未辜負道光帝的期許，在漕運、水利、鹽政方面都取得很大的成就，為江淮保障。
總而言之，在地方總督中，兩江總督的權勢僅次於直隸總督，是除直隸總督外最重要的總督。