石河子大學歷史淵源可追溯至1949年中國人民解放軍第壹野戰軍創建的第壹兵團衛生學校。
1975年8月25日，學校由醫學專科學校升格為醫學院，正式命名為“石河子醫學院”。
1976年，兵團第二醫院護士學校更名為“石河子醫學院護士學校”。
1978年10月26日，遵照教育部的批示正式命名為石河子醫學院。
1959年2月20日，正式啟用農學院印章。4月1日，兵團決定將石河子農業試驗場與石河子園藝隊合並，劃歸農學院建制，改名“兵團農學院實習農場”。11月24日，中國人民解放軍新疆軍區生產建設兵團農學院成立。
1996年9月11日，農業部部屬的石河子農學院與石河子醫學院、兵團經濟專科學校、兵團師範專科學校合並組建成立石河子大學，所屬劃歸新疆生產建設兵團。兵團經濟專科學校建制被取消，轉為“兵團職工大學”，保留“兵團財經學校”校牌，繼續留五家渠辦學，同時，掛牌“石河子大學職業技術學院”。
1997年10月，原兵團經濟專科學校與農八師石河子職工大學合並組建兵團職工大學，同時加掛石河子大學職業技術學院校名。
2000年2月，石河子大學實行中央與新疆生產建設兵團***建，以新疆生產建設兵團為主的領導體制。
3月，撤銷石河子大學奎屯分校暨石河子大學成人教育學院奎屯分院建制，成建制交農七師組建“農七師高級中學”，兵團職工大學五家渠部分並入石河子大學，命名為石河子大學五家渠分校。8月，學校列入西部大開發重點建設大學。
擴展資料
校訓：明德正行，博學多能
1、明德：明，光明，明亮；德，道德、美德。明德，意在使美德發揚光大。
2、正行：正，端正，符合標準；行，行為，行動；正行，意在使行為端正，舉止符合禮儀規範。
3、博學：博，豐富，通曉；學，學問，學識；博學，是指學問廣博精深。
4、多能：多，很多，多種；能，能力，才能。多能，是指具有多方面才能。
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