001 雲霄飛車殺人事件
054 電玩公司殺人事件
128 黑衣組織10億元搶劫事件
129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件★
130 競技場無差別脅迫事件(前篇）
131 競技場無差別脅迫事件(後篇）
170 黑暗中的死角（前篇）
171 黑暗中的死角（後篇）
176 與黑衣組織的再會（灰原篇）
177 與黑衣組織的再會（柯南篇）
178 與黑衣組織的再會（解決篇）
222 人魚再度哭泣（事件篇）
223 人魚再度哭泣（推理篇）
224 人魚再度哭泣（解決篇）
226 格鬥遊戲的陷阱（前篇）
227 格鬥遊戲的陷阱（後篇）
230 謎壹樣的乘客（前篇）
231 謎壹樣的乘客（後篇）
242 元太的災難
258 來自芝加哥的男人（前篇）
259 來自芝加哥的男人（後篇）
269 犯罪的紀念品（前篇）
270 犯罪的紀念品（後篇）
271 急忙掩飾的忽略（前篇）
272 急忙掩飾的忽略（後篇）
274 幽靈屋的真相（前篇）
275 幽靈屋的真相（後篇）
277 英語教師vs西部名偵探(前篇)
278 英語教師vs西部名偵探(後篇)
279 迷宮的陰暗（前篇）
280 迷宮的陰暗（後篇）
284 中華街 雨中的似曾相識(前篇）
285 中華街 雨中的似曾相識(後篇）
286 工藤新壹NY事件（事件篇）
287 工藤新壹NY事件（推理篇）
288 工藤新壹NY事件（解決篇）
289 迷茫森林中的光彥（前篇）
290 迷途森林中的光彥（後篇）
305 看不見的嫌疑犯（前篇）
306 看不見的嫌疑犯（後篇）
307 無聲的證詞（前篇）
308 無聲的證詞（後篇）
309 與黑衣組織接觸（交涉篇）
310 與黑衣組織接觸（追蹤篇）
311 與黑衣組織接觸（決死篇）
312 夕陽染紅的女兒節人偶（前篇）
313 夕陽染紅的女兒節人偶（後篇）
329 金錢買不到的友情（前篇）
330 金錢買不到的友情（後篇）
333 相似的公主（前篇）
334 相似的公主（後篇）
335 東都沖印所的秘密（前篇）
336 東都沖印所的秘密（後篇）
338 4輛保時捷（前篇）
339 4輛保時捷（後篇）
340 洗手間裏隱藏的秘密（前篇）
341 洗手間裏隱藏的秘密（後篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）
345 與黑衣組織正面對決 滿月之夜的二元推理★
346 尋找屁股上的印記！（前篇）
347 尋找屁股上的印記！（後篇）
350 被遺忘的手機（前篇）
351 被遺忘的手機（後篇）
361 帝丹高中學校怪談(前篇)
362 帝丹高中學校怪談(後篇)
371 沈默的航線（前編）
372 沈默的航線（後編）
374 星星與香煙的暗號（前篇）
375 星星與香煙的暗號（後篇）
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(上)
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(中)
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(下)
394 奇異屋宇的大冒險（封印篇）
395 奇異屋宇的大冒險（機關篇）
396 奇異屋宇的大冒險（解決篇）
425 黑暗沖擊！ 被組織的魔爪觸碰的瞬間★
427 超秘密的上學路（前篇）
428 超秘密的上學路（後篇）
429 無法回到從前的兩個人(前篇）
430 無法回到從前的兩個人(後篇）
446 被封印的歐式窗（前篇）
447 被封印的歐式窗（後篇）
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑衣組織的影子 珍珠的流星
466 堅不可摧的雪人（前篇）
467 堅不可摧的雪人（後篇）
479 和服部平次在壹起的3天★
484 黑色照片的行蹤（前篇）
485 黑色照片的行蹤（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開端
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 疾呼
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 擾亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
M5 通往天國的倒計時
赤井秀壹：
漫畫版出場：
File596 第二條線
File597 偽裝的病人
File598 追蹤，然後……
File599 赤井的過去（秀壹和明美的戀情大白於天下……）
File600 大勝負
File601 偽裝
File602 最終手段
File603 任務
File604 姐弟
File605 意外的嫌疑人
File606 十三號星期五
File607 卡邁爾的過去（原來導致秀壹在組織中身份暴露的搜查官就是卡邁爾）
File608 魔法的咒文（秀壹只身赴水無憐奈的約會）
File609 鋼楔（秀壹被水無憐奈壹槍爆頭，並被炸掉屍體，疑似假死……）
TV版出場：
TV230《神秘的乘客 前篇》
TV231《神秘的乘客 後篇》
執行偵察任務時，遇到劫持公車事件，全程舉動十分神秘。
在漫畫和TV中第壹次現身。
事件點評：偵察的目標不得而知（從最後他匯報“目標還沒有出現”來看，應該是在追查與黑衣組織有關人物，但當時賓亞德假扮新出的事情Judy已經知道，所以赤井秀壹應該也知道了，所以目標應該不是賓亞德，個人推測是因為搜查新出（賓亞德假扮）辦公室時候看到灰原的照片，所以在尋找灰原（因為賓亞德也同時在找，所以他跟隨賓亞德尋找灰原的可能極大。但是由於柯南的掩護，灰原在車上似乎只被Judy發現，而事後赤井秀壹與Judy並無明顯交換情報（赤井最後只是回頭看了Judy壹眼）。在這次事件裏，他給人神秘，和與GIN壹樣有些陰險的感覺（青山的把戲）。事件中本來有出手機會，在他將手舉起準備對犯人攻擊時，柯南先用麻醉針將犯人制服。
TV254《本廳刑事戀愛物語4 後篇》
出現在佐藤和白鳥相親的地方，與小蘭擦肩而過，小蘭想起似乎在哪裏見過他。
事件點評：只不過是壹閃而過，根據當時的狀況應該是在監視VERMOUTH假扮的新出。
TV259《來自芝加哥的男子 後篇》
事件中，壹路跟隨綁架上司的假冒警車，但並沒采取行動，事件結束時將JAMES（上司）接走。
事件點評：在劇情後半段才出現，壹開始是跟隨綁架上司的警車，在紅燈處，假警察看到他向車內那酷死人的冷笑表情時，竟然嚇的說不出話來……時候提到自己的戀人，指明要讓她“用血淚償還”。
事件點評：在事件中沒有行動，理由可能有2：不願輕易暴露，或者認為這點小事交給日本警方就可以解決了，依然讓大家進入青山設下的圈套，讓人覺得陰險，可怖。
TV270《犯罪的遺物 後篇》
在片尾曲後出現，在毛利偵探事務所外壹個角落點起了煙，凝視著事務所。左撇子。
事件點評：越發令人懷疑他了。
TV271《急忙掩飾的忽略 前篇》
在開頭處，小蘭上課走神，想起了赤井秀壹。“肯定見過，應該沒錯，可是是在哪裏見的他呢，那個戴黑色針織毛的男人。還有，說不出是什麽感覺，壹想起他就有種失去什麽的感覺，心驚肉跳，和那個時候（新壹離開她）很像的，不祥的預感。”小蘭的這些想法無疑增重了赤井秀壹身份的謎團，是否也預示著，赤井可能不會有美滿的結局？
TV283《中華街 雨中的似曾相識 前篇》
在開頭處，看到雨的小蘭，想起了站在紐約街頭的赤井秀壹。
TV288《工藤新壹紐約事件 解決篇》
打傷莎朗·賓亞所假扮的連環殺人犯（手槍壹槍直接擊中右腹）。遇見毛利蘭（這是他與柯南身邊人最早的接觸），並被看見與身穿“FBI”夾克的美國探員在壹起。
事件點評：在時間上，這是他最早的出場（但不是漫畫或動畫中第壹次）。在事件中，感覺他應該只是在追查連環殺人犯（從對話中看出他並不知道殺人犯是假拌的），但當時應該已經與黑暗組織有聯系（不然貝爾摩德不會費那麽大勁想要殺掉他）。從賓亞德躲起來但是看到赤井秀壹都不敢開槍來說，黑暗組織應該對其極為懼怕。長發，敏銳的觀察力，外表冷漠，和GIN相似的狠勁，在這次事件中展示了出來。
TV308《無聲的證據 後篇》
在片尾曲後出現，與小蘭重逢在下雪的街頭。
TV309《與黑組織的接觸 交涉篇》
在開頭出現，延續上壹集末尾，和毛利蘭再次相遇，在不經意間談到了壹個女孩（明美），引起柯南的警覺。同時蘭把在NY看到他和FBI在壹起的事告訴柯南。
事件點評：香煙，氈帽，幾撮卷發，消瘦的臉龐，讓人更加對他的身份起疑：FBI？黑衣組織？……
TV311《與黑衣組織的接觸 決死篇》
在片尾曲後又出現，當從耳機聽到黑暗組織雇的軟件工程師被殺的消息後，警覺的回頭（也可能是瞥到了人群中的灰原），灰原驚慌的回頭，赤井秀壹已經消失。
事件點評：很多人在這個時候已經很斷定他是黑衣人的爪牙，因為他和灰原似乎有著什麽不為人知的關系（至少應該是認識的）。
TV336《東都顯影所的秘密 後篇》
在事件中派人全程監視跟蹤柯南灰原等人的行動，最後不了了之。
事件點評：在這段時間裏，赤井秀壹雖然出場頻繁，但每次露面時間極短。在這次又讓人不禁擔心起灰原柯南的身份是否暴光。
TV338《4臺保時捷 前篇》
TV339《4臺保時捷 後篇》
當在電視中看到柯南的樣子時，急剎車向酒店開去，值得註意的是在車子裏掛的灰原的照片。
事件點評：咬著香煙冷笑的表情讓人印象深刻， 看著灰原的照片說“太像了”，令人起疑。
TV345《與黑組織的直面對決 滿月之夜的雙重謎案 （兩小時三十分特輯）》
向觀眾展示了其真實身份：FBI特工。事件中，用槍打斷埋伏在集裝箱處CALOVADOS的雙腿（後者在事件最後自殺）。解救了Judy，用霰彈槍打斷身穿防彈衣的VERMOUTH的三根肋骨。
事件點評：不用我多說了，讓人覺得多出了壹只生力軍。當他用戲諧的語氣說出“來復槍，霰彈槍，還有三把手槍，我還以為是個軍火販子呢，不過現在斷了雙腿，作不成交易了。”的時候，其對待黑衣組織成員冷酷無情的酷勁展現無遺。被黑衣組織稱為“銀色子彈”。在其他FBI成員被VERMOUTH用易容術支開後還能回來解救Judy足見其智慧（當然，沒有清掉CALOVADOS的全部武器是致命失誤）。同時，觀眾也了解到1年前NY事件的壹些細節。從此，柯南不再孤單，有FBI的介入，他們更增添了信心。加上赤井秀壹這樣的角色，使人看到GIN時也不象以往那般畏懼。並期待他們兩個人能上演壹場精彩的對決！
TV425 《黑色的沖擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間 》
小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾壹事，便與柯南及蘭壹同前往憐奈的家。小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨壹事。隨後，黑色組織制定了於下午1點在edayP暗殺壹個代號為DJ的人的計劃。密切關註著憐奈的FBI探員朱蒂決定聯手柯南，為了阻止暗殺計劃，就要知道ADP和DJ的意思是什麽，隨即展開了推理。承襲赤井秀壹和青山的壹貫風格，秀壹大人最後時刻登場，解救了GIN等人槍口下的毛利及Judy，柯南等人，用精準的槍法打壞GIN捏在手裏的沾有柯南指紋的竊聽器，險些洞穿GIN左眼，與黑衣組織用狙擊槍進行了槍戰，穿過GIN狙擊槍，擊中了GIN的臉頰及胸膛（GIN穿防彈衣），使GIN被迫下達撤退的指令（有史以來第壹次看見GIN緊張的表情）。
事件點評：除JAMES說出了赤井秀壹女友已經死亡及他的個性之外，精準的槍法，準確的預見能力，以及那句“久違了，我親愛的——宿敵啊”，讓人覺得黑暗組織除了新壹之外，實在是該先考慮把他除掉再說。
TV462 《黑衣組織的陰影 幼小的目擊者》
在開頭處出現，和詹姆斯、朱蒂進行關於水無憐奈的對話。指出水無憐奈=007。
TV492 《紅與黑的碰撞 血緣》
站在水無憐奈病房裏的赤井秀壹，閉上了眼，想起了自己和明美的初次邂逅……（這段是編劇原創）
TV495《紅與黑的碰撞 昏睡》
在杯戶中央醫院，和柯南***同調查英佑的身份，監護水無憐奈。
TV496《紅與黑的碰撞 侵入》
在杯戶中央醫院，和柯南壹起推理出了誰是潛伏在這裏的黑衣組織成員。
TV497《紅與黑的碰撞 覺醒》
驅車追蹤黑衣組織成員楠田陸道，後者知道自己的對手是秀壹後自殺。完整地介紹了宮野明美和秀壹的戀情，秀壹的經典pose（月光下悲傷地看明美的短信）也在這集出現，秀壹迷不可錯過呦~！
TV498《紅與黑的碰撞 攪亂》
醫院附近相繼發生突發集體食物中毒，奇怪氣味引發的人員騷動，火災等3件大事。之後，在醫院的問訊處接到了給James的包裹。郵件委托人是已經自殺的組織同夥楠田，包裹內是壹盆稱作樓鬥草的花。此後，卷入之前3起事件的傷者、病人蜂擁而至，接待大廳FBI無法進行例行搜查，不久便陷入混亂。其間，赤井發現花盆中被放置了炸彈…。
TV499 《紅與黑的碰撞 偽裝》
黑衣組織在炸彈中裝了發信器,在FBI認為炸彈已經安全拆毀時播放經過處理的水無的錄象,將FBI吸引到水無的房間,通過炸彈裏的發信器知道了水無的所在地,並采取行動,赤井和柯南想出妙計應對.
TV500 《紅與黑的碰撞 遺言》
解釋了赤井和柯南想出的妙計的具體行動內容,也解釋了喚醒水無以及同水無商量好讓其回到組織做FBI的臥底,水無提出對英佑采用證人保護計劃的條件,並提出任何時候先執行CIA的任務.
TV501 《紅與黑的碰撞 嫌疑》
回到組織的水無卻受到GIN等人的懷疑,GIN要她將赤井叫出並殺害.
TV502 《紅與黑的碰撞 潔白》
赤井接到來自水無-代號‘基爾’-的會面電話，對應漫畫606到607，赤井和James做交談
TV503 《紅與黑的碰撞 決死》
面對水無憐奈的會面要求，James為了謹慎要和此時外出的朱蒂聯系以商量對策。但是卻被赤井秀壹堅決地阻止。之後，赤井秀壹收到了和水無會面的地點:來葉山，之後，義無反顧地壹個人踏上了不歸之路。
TV504 《紅與黑的碰撞 殉職》