①辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會議、內保、保密、檔案、信訪、後勤保障、資產管理和政務公開等工作；負責綜合協調、督查督辦；負責起草重要文件和綜合性文稿；負責信息、宣傳、新聞發布、輿情監測、電子政務等工作。
（2）人事部。負責機關及所屬事業單位人事、機構編制、勞動工資、教育培訓、人才發展、出國（境）管理和績效管理工作；指導國有企業人事管理工作。
（3）財務審計辦公室。制定財務管理、資產管理、審計監督等制度並組織實施；編制部門預算和決算，並負責管理相關資金；協助監督管理相關市級專項資金；承擔內部審計工作；負責全市儲備糧財務信息的收集、整理、分析和上報。
（4）發展戰略與規劃司。研究提出全市重大發展目標、經濟結構調整政策和主要生產力布局建議，組織制定和實施全市發展規劃；協調全市第壹、二、三產業發展的重大事項，協調有關發展規劃和政策；承擔統壹規劃體系建設，統籌規劃和項目立項，銜接市級專項規劃、區域規劃、空間規劃和全市發展規劃；提出新型城鎮化規劃和城鄉融合發展政策建議；承擔國家新型城鎮化綜合試點工作領導小組辦公室日常工作。
（5）法律部門（行政服務部門、行政執法部門）。組織起草與全市國民經濟和社會發展有關的地方性法規草案；承擔本部門依法行政和法治機關建設工作；負責對本機關重大行政決策和規範性文件進行合法性審查；承辦行政復議和行政應訴；推進優化營商環境工作；負責本機關的行政審批工作，並限期完成；指導和協調全市招投標、固定資產節能評估、固定資產投資項目審核和審批等工作。；負責相關行政執法工作；負責與市行政審批局的銜接工作和執法結果反饋。
（6）國民經濟綜合辦公室（政策研究室）。組織制定和執行國民經濟和社會發展年度計劃；研究總量平衡，開展重大政策預研預評估，提出宏觀調控相關政策建議；為建設現代化經濟體系、推動高質量發展提出政策建議並開展相關工作；提出與經濟安全有關的政策建議；參與全市經濟發展的評價和考核。
經濟運行調節辦公室。對經濟運行形勢進行監測、分析、預測和預警並提出相關政策建議，協調解決經濟運行中的重大問題；承擔供給側結構性改革相關工作；統籌協調全市煤電油氣運輸工作，組織應對重大突發事件，提出安排相關物資儲備和利用的建議。
經濟體制改革司。指導推進和綜合協調經濟體制改革；制定並組織實施綜合經濟體制改革方案和相關專項經濟體制改革方案；推進要素市場化配置改革並組織實施市場準入負面清單制度；組織指導國有企業混合所有制、中小城鎮綜合改革和經濟體制改革試點工作，指導、協調和推動行業協會商會改革發展；承擔糧食流通和物資儲備制度改革；承擔南通市陸海統籌發展綜合改革領導小組辦公室、市行業協會商會與行政機關脫鉤改革領導小組辦公室日常工作。
（九）固定資產投資辦公室（重大項目建設辦公室）。負責全市固定資產投資的宏觀管理，並提出深化投融資體制改革的建議；監測和分析全市固定資產投資運行情況，擬定固定資產投資調控目標、任務計劃和政策措施，協調各領域重大固定資產投資規劃布局；對政府投資項目的審批權限提出建議，執行政府核準的固定資產項目目錄；會同有關部門開展市級政府投資建設項目前期研究，編制市級政府投資建設項目年度投資計劃；參與安排市級相關財政專項建設資金；制定全市促進民間投資發展的政策；按照職責分工組織推進政府與社會資本合作；指導本市工程咨詢業的發展；研究提出市重大項目建設的政策措施建議，編制市重大項目年度投資計劃；協調指導重大項目的培育和示範等相關工作；監測分析市重大項目實施情況，負責重大項目協調推進；建立健全重大項目儲備制度；承擔市重大項目建設領導小組辦公室的日常工作。
能源司。負責能源行業管理；制定能源發展規劃、計劃和政策並組織實施；制定能源行業地方標準並組織實施；按照職責開展能源運行調控和應急保障；負責規劃和年度計劃規模內能源固定資產投資項目的審核和上報；負責能源行業節能和石油、天然氣等資源綜合利用工作；組織和指導新能源、可再生能源和農村能源發展；協調能源發展和電力、煤炭生產、經營、運行中的重大問題；履行電力管理和煤炭經營監管職責；承擔市油氣管道保護領導小組辦公室的日常工作。
（xi）基礎設施發展辦公室。研究提出全市基礎產業發展規劃、政策和重大基礎設施布局建議並協調實施；參與綜合交通規劃和公路、水路、鐵路、民航、過江通道、綜合交通樞紐、城市軌道交通等專項交通規劃研究；協調綜合交通發展規劃、專項規劃和年度建設投資計劃與全市發展規劃和計劃的融合與平衡；承擔通用航空產業發展的綜合協調工作；提出總體規劃和綜合交通發展的相關政策建議；負責審查交通投資項目。
（12）利用外資和海外投資司（經濟貿易司）。研究協調利用外資、境外投資和國內外貿易的重大政策；負責國外貸款建設項目的申報和資金使用的監管，負責申報外商投資項目進口設備免稅確認；按照職責分工指導境外投資和管理境外投資項目；配合有關部門提出全市開發區的總體發展規劃；配合有關部門開展南通與國外友好城市的經濟技術合作；負責重要商品的總量平衡和宏觀調控；根據分工，編制全市重要商品和原材料進出口總量計劃並監督執行；會同有關部門實施糧棉進出口計劃；負責起草現代物流業發展規劃和政策並推動實施，協調涉及流通體制改革的重大事項。
13 .農村經濟部。提出農村經濟和生態保護與建設發展、體制改革及相關政策建議，協調有關重大問題；銜接和平衡農業（包括畜牧業和漁業）、林業、水利、氣象、生態和相關農村基礎設施的發展規劃、計劃和政策，提出重大項目布局建議並協調實施；組織編制和推進全市鄉村振興戰略規劃；負責委托承辦的全市脫貧攻堅工作。
（十四）創新和高科技發展司（工業司）。組織制定全市促進創新創業、高新技術產業和戰略性新興產業發展的規劃和政策，推動新興產業創新能力建設和風險投資；推進技術創新和相關高新技術產業化，組織重大示範項目建設；統籌數字經濟發展，實施國家大數據戰略，做好信息化發展規劃與城市發展規劃的銜接平衡；綜合分析和協調工業發展重大問題，研究提出全市工業經濟發展規劃；組織制定和實施綜合性產業政策，制定和協調實施支持實體經濟發展、加快發展先進制造業的政策措施；協調產業發展規劃與全市發展規劃和計劃之間的銜接與平衡；負責審查和上報產業投資項目；會同有關部門提出重大產業項目和相關重大產業項目的布局建議並協調實施；協調重大技術裝備推廣應用和產業基地建設；承擔促進新興產業發展領導小組辦公室日常工作。
服務部門。制定並協調實施全市服務業發展規劃和計劃，協調服務業主要行業發展計劃的銜接和平衡；制定促進全市服務業發展的政策和建議，監測、分析和綜合評價服務業運行情況，綜合協調解決重大問題；加快服務業體制機制創新，大力發展生產性服務業，推動先進制造業和現代服務業融合發展；組織實施服務業集群建設，協調推進總部經濟、重點企業培育和重點項目建設；會同有關部門推進服務業品牌標準化建設；組織和指導服務業人才培養；承擔市服務業發展領導小組辦公室的日常工作。
（16）資源節約和環境保護司。研究分析經濟、社會、資源、環境協調發展的重大戰略問題，制定並組織實施本市綠色發展相關規劃和政策，推動實施可持續發展戰略；制定並協調實施資源節約和綜合利用、循環經濟政策規劃，提出能源消費總量控制目標並組織實施；將環境保護與環保產業和清潔生產推廣相協調；組織協調循環經濟及新產品、新技術、新裝備等重大示範項目的推廣應用。
社會發展部（就業收入分配和消費部）。全面提出並協調實施社會發展計劃和政策；組織實施年度社會發展評估和形勢分析；協調社會事業和產業發展政策及重大改革事項；負責市政府投資社會發展項目的前期研究；統籌推進基本公共服務體系建設，提出並協調落實促進基本公共服務均等化的政策措施；制定人口發展和應對老齡化的規劃和政策；協調指導全市產教融合和健康產業發展；參與推進大運河文化保護、傳承和利用；綜合研判全市就業和人力資源、收入分配、社會保障發展趨勢，提出促進就業、調節收入分配、促進社會保障和經濟協調發展的規劃和政策建議，做好相關規劃和計劃的銜接和平衡；提出並協調落實促進消費體制機制和擴大居民消費的相關政策措施；承擔富民增收領導小組辦公室日常工作。
（18）支持合作辦公室。統籌全市對口幫扶、對口支援和對口合作工作；承擔我市對口支援地區支援業務指導，按分工編制實施相關計劃，協調支持項目資金安排；落實我市參與中國西部大開發和國務院扶貧辦有關工作，牽頭完成東西部扶貧協作年度任務和督導考核工作；承擔對口合作領域相關政策措施的規劃、組織協調、年度評估和制定實施；牽頭組織跨省市經濟合作交流活動；負責國內友好城市（地區）的聯絡、協調和服務工作；負責異地市級商會的管理工作；承擔市對口支援工作領導協調小組辦公室和市合作交流辦公室的日常工作。
（19）財政金融事務部。研究分析全社會資金平衡和財政金融體制改革情況；研究財政協調發展、金融政策和發展規劃、行業和區域政策並提出相關建議；提出直接融資政策建議，負責非上市公司發行公司債券的存續期監管；組織制定促進私募股權投資基金發展的政策措施，推動創業投資和產業投資基金發展，負責創業投資企業的初審和報告備案，對政府出資的產業投資基金實施事中事後監管；協調推進降低企業杠桿率工作。
（二十）長江經濟帶發展司。統籌落實長江經濟帶發展重大國家戰略和省有關部署；研究提出全市推進長江經濟帶發展的重大規劃、重大政策、重大事項和年度工作安排；協調長江經濟帶跨地區、跨部門的重大事項，督促檢查重要工作落實情況；承擔推動長江經濟帶發展領導小組辦公室日常工作。
（二十壹）長三角區域壹體化發展辦公室。協調推進國家長三角區域壹體化發展戰略和省有關安排部署的落實；組織研究全市融入長三角區域壹體化發展的重大問題、重要政策制定和重大規劃；組織開展重大試點示範；與長三角合作共同推進基金項目管理；組織、指導、協調全市參與長三角合作發展工作；負責組織全市在滬對接服務；推進落實區域協調發展相關工作；推動建立城際區域合作機制；承擔市對接服務上海工作辦公室的日常工作。
（二十二）國防與民用技術融合司（經濟與國防協調發展司）。承擔全市軍民融合發展的綜合協調、指導和監督工作，推進軍民融合發展戰略、規劃、方針、政策和決策部署的實施，編制並組織實施全市軍民融合發展規劃和年度計劃；制定國防與民用技術融合發展的政策和措施；匯總提出全市國防與民用技術融合發展總體需求，組織協調軍地需求對接；組織實施國防與民用技術融合發展的重大工程（專項）和重要事項，組織協調相關項目的應用；組織制定促進經濟建設和國防建設協調發展的規劃，協調有關重大問題；協調和組織實施國民經濟動員和裝備動員；統籌國民經濟平戰轉換能力建設；承擔市國防科技工業發展委員會辦公室和市國防動員委員會經濟（裝備）動員辦公室的日常工作。
（23）信用建設部。負責推進全市社會信用體系建設，研究提出社會信用體系管理制度和標準；會同有關部門，組織對全市社會信用體系建設及相關工作進行監督、檢查、考核和評估；在全社會率先推進守信聯合激勵和失信聯合懲戒；組織公共信用信息的歸集和應用管理，培育和發展信用服務市場；負責本市自然人信用管理工作；指導和監督縣（市）區信用體系建設；承擔市社會信用體系建設領導小組辦公室的日常工作。
（二十四）價格管理和成本監審部門。承擔國家和省有關工業品、農產品、交通運輸和房地產價格政策和改革方案的具體實施；制定重要工業品、交通運輸等的定價標準。；貫徹執行國家和省的農產品價格管理政策；組織開展重點行業、重要農產品、重要商品和服務的成本調查；承擔重要商品和服務的成本監審工作。
（二十五）收費管理和物價部門。組織制定重大價格改革中長期和年度計劃，研究提出價格調控目標和政策建議，組織實施價格調節基金等價格調控措施；制定重要的價格管理措施；承擔市級行政事業性收費和政府性經營服務性收費政策和改革方案的制定和實施；制定重要行政和經營服務收費的管理辦法和收費標準；負責清費、降本、減負；負責管理行政審批中介服務收費。
（二十六）價格監測辦公室。組織實施價格監測和報告制度；監測和分析本市重要商品和服務價格、相關成本和市場供求的變化；跟蹤重要經濟政策和措施在價格領域的反映；實施價格預測預警，及時提出政策建議；發布價格監測信息。
（二十七）糧食和物資儲備。執行國家糧食購銷政策和最低收購價政策；實施糧食收購市場準入指導標準；研究提出市級儲備糧油購銷計劃，組織實施和管理輪換計劃；指導政策性糧食購銷和地方儲備糧管理，制定全市糧食市場體系建設發展規劃並組織實施；負責糧食統計工作，承擔糧油市場、糧食流通和物資統計的監測預警；制定物資儲備政策和規章制度並組織實施，研究提出完善物資儲備體系的建議；貫徹國家和省物資儲備目錄，研究提出物資儲備規劃和計劃建議，按照省要求組織實施相關物資儲備和戰略、應急、救災物資儲備的采購、儲存、輪換和日常管理，落實相關動用計劃和指令；組織研究糧食和物資儲備的重要問題；負責糧食和物資儲備的對外合作與交流。
（二十八）倉儲建設與科技司。組織編制糧食流通、加工和物資儲備基礎設施建設規劃，向市和市提出糧食流通和物資儲備省投資和財政資金的方向、規模和安排建議；按照規定權限組織資金申請、項目審核並指導相關項目實施；承擔糧食和物資儲備信息化建設；制定糧食和物資儲備管理政策和制度並組織實施；監督下屬物資儲備單位的安全儲存和生產，監督管理糧食流通和加工行業的安全生產工作；組織制定糧食流通和物資儲備相關標準，制定相關技術規範並監督實施，指導糧食流通和物資儲備科技創新和技術改造。
（二十九）監督檢查司（評價監督司、監督協調司）。制定並組織實施全市糧食和物資儲備監督檢查制度，監督檢查糧食和物資儲備的數量、質量和儲存安全，以及有關法律、法規、規章和其他制度政策的執行情況；依法對市級糧食和物資儲備政策的執行和管理情況進行監督和年度考核；建立健全儲備責任追究機制，組織指導糧食購銷活動的監督檢查；承擔糧食安全責任制考核的具體工作；負責糧食收購資格的年度審核；負責重大戰略規劃、重大政策和重大項目的評估和監督；負責市政府投資或補助（含省級以上專項資金）項目的竣工驗收，對政府投資或融資的重大建設項目開展後評價工作；指導、協調和推進項目建設管理的事中事後監管。
《壹帶壹路》宣傳辦公室。貫徹落實推進“壹帶壹路”建設的國家重大戰略和省有關部署，統籌推進“壹帶壹路”建設的重大問題研究、重要政策制定、重大規劃和年度工作計劃安排；承擔推進國際產能合作和海外重點園區建設的相關工作；組織、指導和協調基礎設施互聯互通、產能和裝備制造、能源資源等領域重大項目的國際合作；推進海洋強國戰略實施；推動沿海地區開發相關工作的實施；組織推進通州灣河海聯動發展示範區建設；承擔推進“壹帶壹路”建設領導小組辦公室的日常工作。
機關黨委。負責機關及下屬單位的黨群工作。
老幹部部部。負責離退休幹部工作。
此外，還應當按照有關規定建立工會和共產主義青年團組織。