1.前移審計關口，提前介入部門預算編制工作。在財政預算編制完成後向人大提請前，審計部門對報批的預算預先行審查，審查年初項目預算編制是否落實到具體項目和用款單位，預算內外資金結合是否徹底，預算外資金管理是否執行“收繳分離”和“收支兩條線”規定，上年的公用經費、項目結余資金是否納入年初預算管理，是否編入當年的部門預算，是否將預算外收入、事業收入、經營收入、納入預算管理的行政事業性收費收入、政府性基金收入、其他收入全部納入收入預算編制等方面，全面審查預算的科學性、合理性以及預算的細化程度等，並出具審計部門的審查意見，從而做到對預算執行審計的“事前監督”，有效細化預算編制，保證預算編制的科學性、透明性、具體性和可操作性，從起點上進行有效的審計監督。
2.采取有效的審計方法，摸清楚部門預算執行的情況。首先從被審計單位的內控制度入手，了解各項內控制度是否健全，是否真正得到了貫徹執行，通過對內控制度的調查，確定被審計單位容易出現問題以及舞弊的關鍵所在，有利於突出審計重點，減少審計的盲目性；其次以資金流向為主線，追查資金去向，抓住被審計單位預算資金的分配和使用，沿著資金流向，壹查到底，直到搞清楚資金的最終去向為止；三是從賬戶入手，查找可疑線索，對銀行存款對賬單上大額資金的進出情況進行核查，並逐步擴大範圍，查實轉移、挪用資金等違紀違法問題；四是抓住重點，對主要問題查深審透，針對不同單位的不同特點，確定在預算執行中可能出現的問題，進壹步抓住重點，並將其查深查細，徹底摸清資金的全面情況。
二、整合審計資源，實行壹體化審計
1.不斷提高審計人員的綜合業務素質。壹是審計人員要加強黨的政策、法律法規和經濟理論的學習，充分領會黨的相關政策、方針及財經法規;二是審計人員業務上要進行認真系統的專業學習及技能培訓，不斷提高業務水平以及處理問題的綜合分析判斷能力;三是強化審計監督約束機制，督促審計人員在工作中能夠保持客觀公正的立場，避免各種原因而做違法交易的情況，確保審計工作的嚴肅性和公正性，有效發揮審計監督作用。
2.以大局意識統籌審計資源，形成審計合力。壹是對審計人員進行重組，樹立全局觀念和壹盤棋的思想，在審計機關內部打破處室界限，統壹調度審計資源，加強審計機關內部各專業機構的配合和上下內外的協調，按照資金流向，對財政資金的申請、撥付、使用等各個環節開展審計；增強上下級審計機關的溝通交流，根據需要統籌使用上下級審計機關的審計資源；註重利用外部審計資源，包括聘請社會審計人員和有關專家，利用被審計單位內部審計機構的資源和審計結果等。二是在審計計劃安排上，把部門預算執行審計與經濟責任審計相結合、與專項審計相結合、與審計調查相結合，做到內容安排、時間要求的協調統壹，最大限度地發揮預算執行審計的整體效應。三是充分利用預算執行單位的財務核算系統、業務管理信息系統等，收集、整理審計資料，推廣應用審計AO軟件，實現審計手段上層次、上水平，提高財政預算執行審計工作的效能。
三、豐富審計報告內容，凸顯審計監督效應
1.堅持“三不”原則，豐富完善“兩個報告”內容。堅持做到事實不清不用，數據不實不用，定性不準不用的原則，在審計內容上突出重點，既要側重於政府關心的重點，又要側重於人大所關心的熱點，更要重點關註社會民生問題。既要查清問題的來龍去脈，又要分析產生問題的原因和危害性，力求把問題查深查透，在核實問題定性準確的基礎上，對***性、政策性、體制性、內控管理和性質嚴重的違規問題進行專題匯總，並加以分析形成綜合性材料，豐富“兩個報告”內容，同時要把效益審計充實到報告中去，保證審計報告質量。