第壹、在完善立項方面，規範新增專項資金設立，優化存量資金管理，加強項目庫建設，建立重大專項資金征求意見制度。新增專項資金要按照立項程序進行設立，設立期限為1—3年，其中首次設立的原則上執行期為1年，期滿後自動終止。確需延續的，經績效評價後按立項程序重新報批。清理後保留的省級專項資金實行項目庫管理，提高項目編制質量。
第二、在規範分配方面，健全管理制度，完善分配辦法，嚴格申報管理，優化分配機制，減少分配批次。已立項的專項資金和參照立項管理的專項資金，要修訂完善專項資金管理制度，註重公平性、可操作性、激勵作用和經濟社會效益，減少資金分配隨意性。建立預算信用記錄制度，將違規騙取財政資金的單位和個人給予公布。市縣在項目申報中把關不嚴、資金使用出現重大違法違規的,省級將收回全部資金。項目實施單位和個人弄虛作假騙取財政資金的, 3年內禁止申報省級專項資金。
第三、在加強監管方面，推進績效評價，完善監督制約，強化信息公開，嚴肅財經紀律。建立全過程預算績效管理機制，擴大績效管理覆蓋範圍，強化績效評價結果應用,將績效評價結果作為年度預算調整、專項資金分配和以後年度預算安排的重要依據。完善專項資金信息公開制度，省級主管部門重點公開專項資金目錄、管理制度和分配辦法；市縣部門重點公開專項資金申報情況、分配辦法和分配結果；鄉（鎮）等基層單位重點公開專項資金的政策依據、發放標準、發放形式。加大監督力度，財政、審計和監察部門將加強溝通、協調和配合，建立聯動監督機制，形成監管合力。
具體管理辦法有：
1、《福建省省級財政專項資金管理辦法》（省政府令第131號）
2、福建省人民政府辦公廳關於加強省級財政專項資金管理若幹措施（閩政辦〔2014〕103號）
3、福建省財政廳 福建省農業廳《福建省扶貧開發專項資金管理辦法》
4、福建省財政廳 福建省農業廳《福建省造福工程補助資金管理辦法》閩財農〔2016〕20號
5、福建省紀委、省委組織部、省監察廳、財政廳、審計廳聯合印發《福建省扶貧專項資金使用管理責任追究辦法（試行）》
6、福建省財政廳 福建省住房和城鄉建設《省級宜居環境建設專項資金管理暫行辦法》閩財建[2016]38號
7、福建省財政廳 福建省農業廳《福建省省級糧食產能區增產模式攻關與推廣項目資金管理辦法》閩財農〔2016〕9號
8、福建省財政廳 福建省林業廳《福建省省級財政林業專項資金管理辦法》閩財農〔2015〕35號
9、省財政廳、省水利廳 《福建省省級水利專項資金管理辦法》
10、中***福建省委宣傳部福建省財政廳《福建省文藝發展專項資金管理辦法》
11、福建省財政廳 福建省農業廳《福建省畜禽養殖汙染治理專項資金管理辦法》閩財農[2016]11號
12、省財政廳、省文化廳《福建省非物質文化遺產保護專項資金管理辦法》
13、福建省財政廳、福建省農業廳《農民創業園省級財政專項資金管理辦法》（閩財農〔2016〕10號）
14、福建省財政廳 福建省教育廳《福建省義務教育薄弱學校改造補助資金管理辦法》閩財教〔2015〕36號
15、福建省財政廳《福建省高校創新能力提升計劃項目及專項資金管理辦法（暫行）》
16、《福建省互聯網經濟新增引導資金管理暫行辦法》（閩財建〔2015〕54號）
17、《福建省直保障性住房租金收入管理暫行辦法》 閩財綜〔2015〕40號
18、關於中央及省棚戶區改造專項補助資金使用管理的通知 （閩財綜〔2014〕53號）