1908年5月25日，美國國會通過羅斯福的諮文。同年7月11日，美國駐華公使柔克義向中國政府正式聲明，將美國所得“庚子賠款”的半數退還給中國，作為資助留美學生之用。留下的那部分“實應賠償”，內容包括美國出兵中國的軍費賠償及美在華商人與傳教士的損失賠償。
當時為什麽美國人想用退賠的庚款辦學呢？美國伊裏諾大學校長詹姆士在1906年給羅斯福的壹份備忘錄中聲稱：“哪壹個國家能夠做到教育這壹代中國青年人，哪壹個國家就能由於這方面所支付的努力，而在精神和商業上的影響取回最大的收獲。”“商業追隨精神上的支配，比追隨軍旗更為可靠。”因此他敦促美國政府采取措施通過吸引中國留學生來造就壹批為美國從知識和精神上支配中國的新的領袖。
1908年10月28日，兩國政府草擬了派遣留美學生規程：自退款的第壹年起，清政府在最初的4年內，每年至少應派留美學生100人。如果到第4年就派足了400人，則自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完為止。被派遣的學生，必須是“身體強壯，性情純正，相貌完全，身家清白，恰當年齡”，中文程度須能作文及有文學和歷史知識，英文程度能直接入美國大學和專門學校聽講，並規定他們之中，應有80%學農業、機械工程、礦業、物理、化學、鐵路工程、銀行等，其余20%學法律、政治、財經、師範等。
美國用心良苦的教育計劃，成效卓然。考取庚子賠款（胡適是第二批）而留美的中國學生，在後來的幾十年間成了中國學術界最閃亮的明星，而他們的言傳身教，又深深地影響了後來者。
到了30年代，美國已超過日本，成為中國留學生最多的國家。而同時，美國人在中國建立了12所教會大學，這其中包括赫赫有名的燕京大學。教會醫院則出現了協和醫院，洛克菲勒基金會則資助了中國學者們的農村調查與考古行動。
英國退款
1926年初，英國國會通過退還中國庚子賠款議案（退款用於向英國選派留學生等教育項目），即派斯科塞爾來華制定該款使用細則。當時，胡適是“中英庚款顧問委員會”中方顧問。
蘇俄退款
1917年俄國十月社會主義革命成功後，蘇俄政府宣布放棄帝俄在中國的壹切特權，包括退還庚子賠款中尚未付給的部分。俄國人在中國的特權也將取消，而所有這些的交換條件只有壹個：北洋政府承認新生的蘇維埃政權。 1924年5月，兩國簽訂《中俄協定》，其中規定退款用途，除償付中國政府業經以俄款為抵押品的各項債務外，余數全用於中國教育事業，由中蘇兩國派員合組壹基金委員會（俄國退還庚子賠款委員會）負責處理。
法國退款
法國庚款退還余額總數為39.158萬余法郎，折合美金為7.555萬余元。此項余額總數，按照協定自1924年12月1日起，至1947年止。逐年繼續墊借中法實業銀行，作為該行發行五厘美金公元擔保。而中法實業銀行即以此項美金債權，充作四項費用之用：1．換回遠東債權人所持之無利債券；2．辦理中法間教育及慈善事業；3．代繳中國政府未繳清之股本余額；4．撥還中國政府所欠中法實業銀行貸款。
1920年初，李石曾與蔡元培、吳敬恒，利用庚子賠款，創辦中法大學於北京。先生任董事長，蔡元培任校長。同年冬，蔡元培與先生再度赴法，與法國裏昂市長赫禮歐，裏昂大學醫學院院長雷賓等，合作設立裏昂中法大學協會，決定在裏昂成立中法大學。
其他國家退款
第壹次世界大戰爆發後，英、法、俄等協約國勸說中國參加協約國對德作戰，借此打擊德國在遠東的利益。為此中國曾向各國提出緩付庚子賠款，希望延付10年，日、意、俄等國都表示同意。