郭元晞從1979年就開始參加了四川省率先開始的擴大企業自主權到首都鋼鐵公司企業承包經營責任制到重慶等城市進行以計劃單列為主要內容的中心城市綜合改革試點到參加國家體改委“358規劃”的研究起草，攀鋼調查、宜賓改革和丘陵農業大縣的改革與發展研究等壹系列重大活動。參加了國家、省、市壹些重要文件的討論和寫作。尤其是為呼籲將重慶列為綜合改革試點城市而與林淩合作寫的《發揮重慶的經濟中心作用》壹文發表後產生了重大影響，並在重慶市綜合改革試點之初擔任常駐代表。
1993年5月參加四川省22戶國有大中型企業改革試點，擔任中***四川省委聯絡員。1995年起4月(中***四川省委1995年13號文件)任命為中***四川省委、四川省人民政府企業改革試點領導小組顧問，由省委抽調設在省經委的企業改革試點辦公室工作3年，1998年5月被任命為四川省德陽市人民政府副市長 ，分管金融、工業、改革和安全生產。2003年回到西南財經大學後，郭元晞除繼續擔任指導博士研究生、碩士研究生和MBA學生的教學工作外，還擔任了四川宜賓五糧液股份有限公司（000858）、成都成商集團股份有限公司（600828）、新疆啤酒花集團股份有限公司（600090）、四川成渝高速公路股份有限公司（601107）、四川綿陽九洲集團、四川老肯科技股份有限公司等企業的獨立董事或顧問。2008年5月12日汶川大地震後，郭元晞擔任了上海對口援建都江堰的專家組成員，與上海有關部門和大學的專家學者交流論證四川都江堰地區的災後重建問題。2011年因國家社會科學基金項目評審2008年度成果驗收而被列入“成果鑒定工作信譽良好專家榜”。