辦公室、計劃會計部、稽查部、征收管理處、信息技術管理部、業務部；
7個機構:
城市管理部、高新開發區管理部、經濟技術開發區管理部、榮成管理部、文登管理部、乳山管理部和石島管理部的具體職能如下:
①辦公室。協助中心領導全面協調、監督和檢查日常工作；負責中心的文秘、機要、檔案、信息、接待、保密和安全工作；負責起草綜合材料和組織重要會議；負責中心的財務、統計和國有資產管理；負責中心目標責任制的考核；負責中心的人事和勞動管理；負責中心黨建和精神文明建設工作；負責中心的公共事務和後勤保障；組織開展中心對外合作與交流。
（2）會計部門。負責全市公積金財務會計管理政策的制定、實施、檢查和指導；負責住房公積金的會計核算；負責公積金年度財務收支計劃和財務報告的編制、分析和說明；負責會計和統計報表的編制；負責向住房公積金管理委員會報告公積金預算、決算、增值收益分配、呆賬核銷計劃等材料的編制情況；負責中央資金調度管理；負責會計檔案的審核、整理和歸檔。
（3）檢查部分。負責行政執法責任制的落實；對中心內部機構執行財務規定和業務政策的日常監督；監督檢查各管理部門的行政執法情況；立案、查處單位或個人舉報的有關公積金的信訪案件；制定定期或專項檢查計劃，組織實施並報告檢查結果；檢查和處理決定的起草、執行和反饋；收集整理職工反映的熱點、重點問題，制定相應的改進措施和管理辦法；會同有關部門指導和監督管理部門依法依規經營各項住房公積金業務。
⑷信息技術科。落實市政府信息評估工作；制定信息業務相關規章制度，並組織實施、指導、協調、監督和檢查；依托信息網絡系統對業務運行和資金使用方向進行監控和預警；負責管理信息系統軟件的開發、維護、更新和升級；組織編制計算機軟硬件采購計劃和設備招標；負責計算機硬件設備的部署、檢查、維護和使用管理；工作中心業務生成網絡、內部辦公網絡和公共服務網絡的建設和維護；負責計算機信息管理系統的安全和保密；負責政府信息公開工作；完成住房公積金年度結息；制定並實施計算機培訓工作計劃；組織信息技術研究；系統數據的定期備份和技術檔案的建立及安全管理。
（5）征收管理處。組織開展歸集管理業務調研，協助辦公室制定全市公積金歸集管理政策法規；負責市區住房公積金的征繳工作；協助規劃科的工作；監督、檢查和指導各管理部門的征收管理工作；負責處理來信來訪；負責行政執法。
（6）業務部（貸款部）。組織對提取和貸款管理業務的研究，協助辦公室制定全市公積金提取和貸款業務的政策法規；負責市區職工住房公積金貸款管理；協助規劃科的工作；負責指導和監督各管理部的公積金貸款和提取業務；負責審批職工住房公積金的提取；負責轄區內單位的行政審批、行政許可窗口服務。
（7）所有管理部門。城市管理部負責管理市政府直屬區和環翠區各單位的住房公積金業務，而高新區管理部、經濟區管理部和榮成、文登、乳山和石島管理部負責管理各自區域內各單位的住房公積金業務，包括中央、省、市和外國單位。具體職責是:
負責轄區內各單位住房公積金的歸集和征繳；負責行政執法；負責轄區職工住房公積金貸款管理；按時計算收入和支出，按時編制和上報相關報表；負責處理信訪案件；負責轄區內各單位職工住房公積金提取的審批和發放；負責整理歸檔各自公積金業務的會計檔案和貸款檔案；負責轄區內單位的行政審批、行政許可窗口服務；管理城市中心分配的日常辦公費用；負責二手資產和運營設備的安全維護和日常維護；定期組織本部門員工進行政治理論和業務學習；完成領導交辦的其他任務。