1925年7月，國民政府正式在廣州成立，統壹各駐粵軍隊為國民革命軍。福軍為第五軍,下轄三師。當時編制如下：
軍長：李福林
副軍長：鄧彥華
第十三師
師長：徐景唐
第十五師
師長：李群
第十六師
師長：練炳章
當中第十三師歸第四軍管制。福軍為地方部隊，野戰能力較低。北伐期間，只有第16師壹部隨右路軍北上，主要為預備部隊，曾進入江西及南京。1927年發生廣州張黃事變，李福林支持張發奎。廣州暴動期間第五軍為主力鎮壓。事件後李福林解職歸田，次年由徐景唐出任軍長。1929年爆發蔣桂戰爭，徐景唐支持桂系，被效忠蔣介石的陳銘樞及陳濟棠部大敗。第五軍被縮編為師，番號停用。
內戰期間
1929年中原大戰爆發前魯滌平部曾用第五軍番號。中原大戰後於1931年停用。
1932年於上海壹二八事變，十九路軍在上海抗日。蔣介石復出後以中央軍第八十七、八十八師編成第五軍，由張治中任軍長投入抗日。事件外交解決後取消番號。
1933年圍剿江西紅軍根據地時，以薛嶽為第五軍軍長，下轄兩師追擊長征中的紅軍。紅軍抵達陜西後取消
抗戰中成立的第五軍
1938年初，裝甲兵團(團長杜聿明)在湖南擴編為第200師，為當時國軍唯壹機械化部隊，之後再擴為新編第十壹軍。1939年2月改用第五軍番號。至年底時，編制為：
軍長：杜聿明
第200師
師長：戴安瀾
榮譽1師
師長：鄭洞國
第96師
師長：余韶
1939年12月底至1940年初，第五軍為昆侖關戰役之主力，以重大傷亡奪回昆侖關，之後第五軍調後方整補。1941年12月日軍偷襲珍珠港後，日本進攻緬甸企圖切斷中國唯壹對外之陸上補給線。國民政府應英國之請於12月底起派出第五軍、第六軍及第六十六軍為遠征軍入緬甸。當時第五軍下轄200師、新編22師(師長廖耀湘)、96師。第五軍軍長同時為遠征軍代理司令長官。由於英軍迅速潰退，加上指揮的混亂和不當，中國軍隊陷入日軍包圍。第五軍中的22師及直屬部隊撤往印度，所受損失較少(入印後22師脫離第五軍建制）；200師及96師翻越滇西縱谷返回雲南，第五軍本部直屬部隊則自野人山返國，途中在原始深林內承受重大損失，部隊減員過半，重裝備重部丟失，200師師長戴安瀾陣亡。
退回雲南的第五軍經過長時間補整，在1944年再次投入緬北戰鬥。1945年改換美械，當時之軍長為邱清泉。抗戰後
抗戰後第五軍駐守武漢，號稱國軍五大主力之壹。1947年初轉調華東，於山東壹帶與***軍作戰。年底改為整編第五師，師長邱清泉，下轄45、96、200旅。1948年恢復軍級番號，駐徐州。11月試圖解第7兵團(黃百韜)之圍未成功，返回徐州。1949年1月在陳官莊被殲滅。之後在後方以第五軍番號重建，最後撤往金門