南京大學和東南大學在解放前屬於壹個整體，也就是民國時期的中央大學。當時的中央大學包括文、理、工、醫、農、師大等學科系。
解放後，中央大學因各種原因被拆分。中央大學工學院留在了中央大學原校區，成為了壹所獨立的院校，名為“南京工學院”。經教育部批準後更名為“東南大學”，民國北洋軍閥時期曾為中央大學使用。
中央大學文學院和理學院被勒令離開中央大學校園，遷往南京其他地方成為獨立機構。後來，校園選在金陵大學原校舍內，原是壹所教會學校。解放後解散，騰出校舍辦學，稱“南京大學”。因此，今天南京大學的校園風格實際上是金陵大學的遺產。
除南京大學和東南大學外，中央大學其余學院也遷出建立自己的學校:農學院遷出建立“南京農業大學”和“南京林業大學”；師範學院出來了，成立了“南京師範大學”。
但原工學院水利系分離出來，與交通大學水利系合並，組成了今天的“河海大學”，中央醫科大學組成了第三軍醫大學。此外，藝術系組建了南京藝術學院，表演專業成為中央戲劇學院，美術學成為中央美術學院。
音樂成為中央音樂學院，電子科技大學成立於無線電專業，華東政法大學成立於法學專業，上海財經大學成立於經濟學專業，華東航空學院（現西北工業大學）成立於航空專業，南京信息工程大學成立於氣象學專業。
所以簡單來說，南京大學和東南大學都是中央大學的成員，都是中央大學的“後人”，彼此是“兄弟”。
擴展數據:
1，南京大學的學脈可以追溯到南京國子監孫武永安元年（258年）。南京大學的近代史始於三江師範學堂，建校於1902。此後歷經兩江師範學校、南京師範學校、國立東南大學等歷史時期。從1949更名為“國立中央大學”，是民國時期中國的最高學府。
1950當時叫“南京大學”，沿用至今。1920年，“女禁”在中國全國高等院校中率先開設，引領了男女同校的潮流。中國最早開展現代學術研究，建立了中國最早的現代科學研究實驗室。成為中國第壹所擁有大學自主權、學術自由、文理兼修、農、工、商等專門應用學科，融教學與研究為壹體的現代大學，被國際譽為“東方教育的中心”。
南京大學是中國近代科學的發祥地之壹，是哈佛大學巴氏主義影響下的中國“薛恒學派”的優雅聚集地，被譽為“中國科學社會的大本營和科學發展的主要基地”，是“985工程”首批9所高水平大學中唯壹沒有與其他大學合並的大學。它堅持“內涵式發展”，贏得了“中國最溫和大學”的美譽。
2.東南大學的前身是建校於1902的三江師範學校。1921年，由郭炳文先生發起，在南京師範大學的基礎上成立了國立東南大學，下設工科。後來工科經歷了國立第四中山大學工學院、國立中央大學工學院、國立南京大學工學院等歷史時期。
1952年全國院系調整，以原南京大學工學院為主體，並入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學相關院系，在中央大學原址建立南京工學院；1988年5月，學校更名為東南大學；2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通學院合並，南京地質學校合並組建新的東南大學。
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