會計方面的問題
1.企業產權和個人財產的界限不清。在我國，合夥企業的所有者和經營者壹般是合夥人本人，因此合夥企業的所有權和經營權不能像大型企業那樣嚴格分離。特別是在鄉鎮合夥企業中，合夥人是經營者，企業和個人家庭的財產往往相互占用。他們認為企業的財產是自己的，只要需要就可以隨意使用。比如有的合夥人把公司暫時閑置的辦公桌椅搬回家使用，甚至有的合夥人把企業的倉庫當成自己的私人車庫等等。這給會計工作帶來了相當大的困難。
2.會計機構和人員配備不規範。合夥企業的會計人員普遍業務素質低，積極性不高，面對層出不窮的新情況往往束手無策。未按《會計法》要求設置會計崗位，導致崗位職責不清，出現問題時推卸責任。據調查，當前合夥企業會計隊伍知識更新滯後，會計核算方法和財務管理理念跟不上形勢發展的需要，特別是成本意識十分淡薄。有的單位會計崗位職責不清，甚至出納既管銀行賬戶又管債權債務。
3.會計方法很簡單。目前，合夥企業只重視會計記賬、核算和報銷，而忽視會計監督和會計分析。從會計數據來源看，對原始憑證的控制不夠嚴格，不合格的發票、收據甚至白條都可以報銷；從資產的管理和核算看，集中表現為管理制度不健全，導致賬實不符，影響資產信息真實性；在負債的核算中，應付賬款的核算時間具有隨意性，導致月末資產和負債的反映不符合真實性和及時性原則的要求；在收入成本的核算中，壹些合夥人為了獲得更多的經濟利益可以進行損益核算，多計少計或多計的現象普遍存在。
4.盈虧分配混亂。目前，合夥企業的分布比較混亂。他們只是沒有按照合理的順序分配利潤和虧損。相當多的合夥企業最終因為收入分配問題而解散。
（二）會計管理中的問題
1.會計制度不完善。壹方面，由於規模較小，壹些合夥企業往往不設立會計機構，將所有會計工作委托給會計師事務所代理；另壹方面，壹些合夥企業雖然設立了會計機構，但形同虛設，無法發揮會計管理作用。
2.會計人員的素質普遍較低。調查發現，除少數成熟的大型合夥企業會計人員具備良好的專業知識外，大多數合夥企業會計人員並非會計專業出身，沒有會計專業職稱。合夥企業中的許多會計人員依靠他們的關系而不是他們的專業水平，甚至有人在沒有取得會計資格證書的情況下非法上崗。他們對新會計準則知之甚少，實際操作技術落後，更新速度慢。大多數會計人員的法律觀念非常淡薄，對基本的會計工作準則、會計法和其他相關法律法規了解不多，財務紀律和自律性較差。隨意篡改、偽造會計憑證、會計賬簿，編制虛假會計報表。
（三）內部控制問題
1.對內部控制系統了解不足。內部控制制度是企業各業務部門或人員在業務經營過程中形成的相互影響、相互制約的動態機制。它是具有控制功能的各種方式、措施和程序的總稱。它絕不等於規章制度，也不等於內部管理，更不等於組織規劃。內部控制的前提是有效性，關鍵是以經營者和員工為主體的內部控制體系。由於壹些合作夥伴的經營者和員工對內部控制制度的理解存在偏差，企業沒有意識到內部控制制度的重要作用，導致企業管理混亂。
2.沒有內部控制系統。在我國，大多數合夥企業的合夥人對會計不熟悉，也不重視會計。他們只知道利潤是最重要的，而內部會計控制系統會阻礙他們的行為和決策。他們認為如果他們想成功，依靠自己對市場的判斷和冒險精神就足夠了。沒有必要制定壹個麻煩的內部會計控制系統，所以他們幹脆不做。上述射陽縣海河鎮面粉廠未建立內部會計控制制度。為了使企業少交所得稅，合夥人故意指示會計師少計算收入，多計算成本和費用。這種現象在合夥企業中普遍存在。
3.內部控制制度已經建立，但執行不力。有些合夥企業制定了完整的內部會計控制制度，但沒有執行。這種情況更可怕。內部會計控制制度的缺失必將引起投資者和監管機構的關註，有關各方將督促企業完善內部會計控制制度並監督其實施。然而，不執行該制度具有很大的欺騙性，容易造成巨大的災難。