1920年2月 陳嘉庚在集美學校創辦水產科，招收舊制小學畢業生，學制四年，漁航兼學。
1921年2月 “福建私立集美學校”總校名定立，內分中實部（包括中學、水產科、商科），師範部，女師部，小學，幼兒園。
1921年9月 水產科與商科合稱為“集美學校實業部”。
1924年1月 水產科改稱為“集美學校水產部”。
1925年1月 水產部改為“集美學校高級水產航海部”，招收初中壹年肄業學生，學制五年，漁航兼學。
1926年5月 陳嘉庚從法國購進壹艘載重為274噸的拖網漁輪，定名為“集美二號”。該輪為中國第壹艘拖網漁輪，也是當時全國最大的漁輪。
1927年3月 改部為校，定校名為“私立集美高級水產航海學校”。
1932年9月 增辦新學制，招收初中畢業生，學制三年，開始編高壹組。
1935年春 校名改為“私立集美高級水產航海職業學校”。
1937年12月 因日寇入侵，學校遷往安溪縣官橋鄉。
1938年1月 集美各中等學校全部遷入安溪文廟，合並辦學，定名為“福建私立集美聯合中學”，水產航海職業學校改為水產航海科。
1939年2月 水產航海、商業、農林等三科脫離“聯合中學”，定名為“福建私立集美職業學校”，移往大田縣城關。
1939年10月 因日寇飛機轟炸，職業學校疏散到大田城外玉田村上課。
1941年8月 獨立為校，恢復原名“私立集美高級水產航海職業學校”（簡稱“集美高水”）。
1942年8月 為便於閩南沿海各縣學生入學，“集美高水”遷到安溪縣城南街王田祖神祠。
1944年2月 福建教育廳因“集美高水”設備完善，將省立水產職業學校委托“集美高水”代管（該校至1946年3 月遷至莆田縣。）
1945年8月 抗戰勝利，學校由安溪遷回集美原址，但原校舍被日寇飛機轟炸破壞嚴重，學校逐步修復校舍。
1947年9月 學校分設漁撈科、航海科兩個專業，但漁撈科只招收壹屆就停辦了，學校主要辦航海科。
1949年9月23日 集美解放。
11月28日 國民黨軍隊飛機轟炸集美，校舍遭到嚴重破壞。學校遷到後溪下店圩借民房續辦。
1950年6月 學校遷回集美原址。
1951年1月 國家教育部電準成立“福建私立集美水產商船專科學校”（簡稱“集美水專”），由“集美高水”負責辦理，招收高中畢業生，開設駕駛專業，學制為三年。
1951年8月 “集美水專”獨立辦校。
設在惠安崇武的“福建省立水產職業學校”並入“集美高水”。
1952年9月 經教育部批準，“集美水專”與廈門大學航務專修科合並成立“國立福建航海專科學校”（簡稱“福建航專”），校址設在集美。
設在福州馬尾的“福建省高級航空機械商船職業學校”航海科並入“集美高水”。
新辦養殖科，招收初中畢業生，學制為三年；並增辦了“航海科工人子弟速成班”（簡稱“航速班”），因文化程度參差不齊，學制定為四年。航海專業新生停招。
1952年12月 經福建省教育廳批準，校名改為“福建省同安私立集美水產航海學校”。
1953年11月 “福建航專”並入由上海航務學院和東北航海學院合並成立的大連海運學院。
1954年9月 增設輪機專業，培養目標是漁業輪機技術員，招收初中畢業生，學制為三年。
1955年2月22日 農業部、高教部、交通部聯合下文，決定集美水產航海學校仍保持私立，漁撈、養殖、輪機三個專業由農業部負責指導，並分配畢業生；航海專業由交通部負責指導，並分配畢業生。
1955年6月30日 經福建省教育廳批準，校名改為“福建省廈門市私立集美水產航海學校”。
1955年秋季 恢復航海專業招生，招收初中畢業生，學制改為四年。
1956年 學校經費開始全部由國家負責（解放初幾年學校經費主要由陳嘉庚負責，部分由國家補助）。
1957年1月 集美水產航海學校歸劃水產部、交通部領導。
1957年秋季 全校四個專業***有27個班級，在校生數達1196人，為建校以來學生數最多的壹年。
1958年3月 由陳嘉庚提議，並征得中央和省裏有關部門同意，集美水產航海學校分為兩個學校，分別定名為“福建省廈門市私立集美水產學校”（該校遷到新校址，歸水產部領導），“福建省廈門市私立集美航海學校”（仍在原址，歸交通部領導）。
1958年6月 交通部將集美航海學校下放給福建省交通廳領導。
1958年秋季 增設“輪機管理”（屬海船方面的）、“汽車技術使用與修理”、“公路與橋梁”三個新專業，招收初中畢業生，學制均為四年。
1960年春季 經省委批準，省交通廳決定在集美航海學校的基礎上，籌建“福建交通專科學校”（簡稱“福建交專”），並開始招收“汽車技術使用與修理”、“公路與橋梁”兩個專業大專班，招收高中畢業生，學制為二年。
1960年8月 集美航海學校的汽車、公路兩個陸上專業劃給“福建交專”，壹並遷往閩侯縣枕峰。
1960年秋季 集美航海學校增辦“船舶修造”、“海上水工建築”兩個新專業，招收初中畢業生，學制為四年。 1961年1月 “海上水工建築”專業改為“船機修造”專業。
1961年10月27日 經省交通廳批準，校名改為“福建集美航海學校”。
1962年2 月 “福建交專”停辦，該校的中專2 個專業並入“集美航海學校”。全校***有6 個專業（駕駛、輪機、汽車、公路、船體修造，船機修造），學制均為四年，在校學生為851人。
1962年秋季 取消“船體修造”和“船機修造”兩個專業，並入輪機專業。公路專業停止招生（至1965年7月最後壹屆學生畢業，該專業停辦）。
1963年8月 集美航海學校重歸交通部領導。
1964年1月 校名改為“集美航海學校”（壹直延用到1978年12月改為大專為止）。
1964年秋季 汽車專業停止招生（至1967年7月最後壹屆學生畢業，該專業停辦）。
1965年6月 交通部將集美航海學校下放給廣州海運局領導。
1965年秋季 廣州海校兩個班在集美航海學校附讀。
1966年6月 開始“文化大革命”，學校停課，處於癱瘓狀態。
1968年9月 軍宣隊進駐學校。
1968年10月 工宣隊進駐學校。
1968年11月 成立集美航海學校“革命委員會”。
1970年5月20日 福建省革命委員會下文決定，撤銷集美航海學校，並入廈門大學。
1970年8月 原集美航海學校教職工，除34名留在廈門大學海洋系及各單位外，其余壹百多人都下放到市區和外地壹些中小學及企事業單位。 1972年初 廈門大學海洋系航海專業遷到原集美航海學校校址，開始舉辦短訓班。
1973年2 月 在航海專業的基礎上，籌辦廈門大學航海系。
1973年7月17日 國務院科教組下文將廈門大學航海系改為“集美航海學校”。
1973年9月 集美航海學校復辦，歸交通部遠洋運輸總公司領導。
1973年秋季 進行復辦後第壹次招生，招收工農兵學員，開設駕駛、輪機兩個專業，學制均為二年。
1974年秋季 增辦英語師資班，學制為二年。
1975年秋季 增辦“船舶電工”新專業，學制為二年。
1976年10月 全校師生慶祝粉碎“四人幫”反革命集團的偉大勝利。
1978年12月28日 經國務院批準，集美航海學校升格為集美航海專科學校，仍歸交通部遠洋局領導。
1979年1月 開辦大專班，招收高中畢業生，開設駕駛、輪機、船電三個專業，學制均為三年。
1979年7月 開始參加全國高校統壹招生。
1979年10月 交通部決定集美航海專科學校由交通部直接領導。
1980年7月 最後壹屆中專生畢業，中專部分結束。
1983年8 月 專業科改為系，航海系設駕駛專業，輪機系設輪機、船電兩個專業。
1984年秋季 開始試辦招收初中畢業生的五年制專科班。
1986年8 月 成立船舶電氣工程系，原船電專業劃歸該系。
1986年9月 成立集美航專夜大學，設船舶電氣管理專業，學制為三年半。
1987年6月 成立“集美航海專科學校校友聯誼會”，組成第壹屆理事會。
1987年秋季 在電氣系增設“海洋船舶通訊與導航”專業，招收高中畢業生，學制為三年。
1989年5月11日 國家教委正式批準集美航專改為集美航海學院。
1989年8月 新建的學院分部開始使用（分部面積為163畝），電氣系遷進分部。
1989年9月11日 舉行“慶祝集美航海學院建立大會”，宣布交通部任命的學院黨政領導班子，學院正式掛牌。
1990年3月 交通部任命集美航海學院院長。 1991年8月 輪機系搬遷到分部。
1994年4月21日 為適應航運事業及市場經濟發展的需要，經交通部教育司批準，學院正式成立“國際航運管理系”。
1994年6月2日 經交通部教育司同意，撤銷“通導系”和“船電系”，保留“航海系”和“輪機系”，新組建“電氣工程系”。
1994年6月30日 國務院學位委員會、國家教委正式批準授予我院“海洋船舶駕駛”專業和“輪機管理”專業學士學位授予權。
1994年10月21日 經國家教委批準，以集美學村五所院校組建的“集美大學”正式成立，我院仍保留“集美航海學院”校名和法人資格。
1998年2月16日 經國教委批準，我院原“工業電氣自動化”、“無線電技術”兩個專業升為本科，專業名稱改為“工業自動化”和“通信工程”，從1998年起開始招收本科生。
1998年7月1日 學院通過了國家海事局對“學院船員教育和培訓質量體系”進行的全面審核，取得了合格證書。
1998年7月6日 交通部和福建省正式簽訂“中華人民***和國交通部、福建省人民政府關於集美航海學院劃轉福建省管理協議書”，從本協議書簽字生效之日起，集美航海學院建制撤銷，並入集美大學，成為集美大學航海學院。
1998年12月19日 省委宣傳部任命集美大學航海學院黨委書記和院長，學院實質性並入集美大學.
2007年10月15日 為了使集美大學水運交通學科專業成為國內外具有較高知名度的學科專業，將集美大學建設成為我國高素質船員教育與培訓的重要基地，福建省人民政府、中華人民***和國交通部***建集美大學水運交通學科及相關實驗室的建設，保持該學科的優勢。支持學校創建福建省重點學科和重點實驗室，並達到全國先進水平。